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- PDB-3zn3: N-terminal domain of S. pombe Cdc23 APC subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zn3
タイトルN-terminal domain of S. pombe Cdc23 APC subunit
要素ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8
キーワードCELL CYCLE / TPR
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid separation / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein ubiquitination / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat / Cdc23 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Tetratricopeptide repeat / Cdc23 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Anaphase-promoting complex subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, Z. / Yang, J. / Conin, N. / Kulkarni, K. / Barford, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: The Four Canonical Tpr Subunits of Human Apc/C Form Related Homo-Dimeric Structures and Stack in Parallel to Form a Tpr Suprahelix
著者: Zhang, Z. / Chang, L. / Yang, J. / Conin, N. / Kulkarn, K. / Barford, D.
履歴
登録2013年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22013年5月1日Group: Database references
改定 1.32013年11月13日Group: Database references
改定 1.42019年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4734
ポリマ－33,8711
非ポリマー6023
水21612
1
A: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子

A: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9468
ポリマ－67,7432
非ポリマー1,2046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area5940 Å2
ΔGint-174.8 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.875, 56.875, 154.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8 / 20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN APC8 / CELL UNTIMELY TORN PROTEIN 23 / CDC23


分子量: 33871.359 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 19-301 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O94556
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 200 MM SODIUM FORMATE, PH 7.5, 20% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.83 Å / Num. obs: 20943 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEITデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→154.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.662 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25883 676 3.2 %RANDOM
Rwork0.20568 ---
obs0.20727 20156 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→154.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2010 0 3 12 2025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0061.972764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3865242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30823.85496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.35815376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6091512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 46 -
Rwork0.21 1280 -
obs--98.44 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.0237 Å / Origin y: -4.4639 Å / Origin z: 26.382 Å
111213212223313233
T0.0416 Å2-0.0114 Å2-0.0216 Å2-0.0267 Å20.0021 Å2--0.0152 Å2
L0.5399 °20.0536 °2-0.1481 °2-0.3146 °2-0.1673 °2--0.7948 °2
S-0.0054 Å °0.0425 Å °0.015 Å °-0.0559 Å °0.0074 Å °0.0499 Å °0.0434 Å °-0.0303 Å °-0.002 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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