PDB-3zml: Anopheles funestus glutathione-s-transferase epsilon 2 (GSTe2) pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zml

タイトル

Anopheles funestus glutathione-s-transferase epsilon 2 (GSTe2) protein structure from different alelles: A single amino acid change confers high level of DDT resistance and cross resistance to permethrin in a major malaria vector in Africa

要素

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE E2

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ANOPHELES FUNESTUS (カ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.639 Å

データ登録者

Yunta, C. / Albert, A.

引用

ジャーナル: Genome Biol. / 年: 2014
タイトル: A Single Mutation in the Gste2 Gene Allows Tracking of Metabolically-Based Insecticide Resistance in a Major Malaria Vector.
著者: Riveron, J.M. / Yunta, C. / Ibrahim, S.S. / Djouaka, R. / Irving, H. / Menze, B.D. / Ismail, H.M. / Hemingway, J. / Ranson, H. / Albert, A. / Wondji, C.S.

履歴

登録	2013年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zml.cif.gz	184.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zml.ent.gz	144.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zml_validation.pdf.gz	949.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zml_full_validation.pdf.gz	953.8 KB	表示
XML形式データ	3zml_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	3zml_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/3zml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/3zml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zmkC 2imiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2imk-d 2il3-d 4gsn-1 4pbg-1 5ft3-d 2imi-d 6w8h-d 4ri7-d 4ef3-d 2yxv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (13) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE E2

B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE E2

ヘテロ分子

51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.250, 73.040, 129.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE E2 / GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE EPSILON 2 / GSTE2 分子量: 25283.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ANOPHELES FUNESTUS (カ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0XSZ1
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 25% W/V PEG 1500 AND 0.1M PCB, BUFFER PH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→32.48 Å / Num. obs: 58184 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IMI

2imi

解像度: 1.639→32.484 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 18.88 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	5416	5.1 %
R_work	0.1878	-	-
obs	0.1891	57924	96.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.94 Å² / k_sol: 0.365 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0539 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2149 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.839 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.639→32.484 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3483	0	40	577	4100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	3595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.941	4863
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.648	1357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.333	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	625

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.639-1.6576	0.3299	153	0.2455	3263	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6576-1.6771	0.3001	172	0.2435	3328	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6771-1.6976	0.2669	183	0.218	3311	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6976-1.7191	0.2586	169	0.221	3280	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7191-1.7417	0.3029	201	0.2055	3315	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7417-1.7655	0.2578	229	0.2026	3280	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7655-1.7908	0.2351	165	0.1998	3307	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7908-1.8175	0.2266	203	0.1904	3328	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8175-1.8459	0.1979	178	0.1806	3291	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8459-1.8762	0.2209	169	0.1762	3398	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8762-1.9085	0.2291	156	0.2466	3310	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9085-1.9432	0.4764	186	0.4755	3155	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9432-1.9806	0.2439	167	0.1991	3407	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9806-2.021	0.2044	181	0.1689	3315	X-RAY DIFFRACTION	96
2.021-2.0649	0.2223	183	0.1832	3341	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0649-2.113	0.2226	168	0.1762	3388	X-RAY DIFFRACTION	96
2.113-2.1658	0.1946	200	0.1553	3382	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1658-2.2243	0.1976	157	0.179	3399	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2243-2.2898	0.3456	151	0.3485	3244	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2898-2.3637	0.1932	163	0.1537	3439	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3637-2.4481	0.1713	174	0.1504	3491	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4481-2.5461	0.217	180	0.1545	3393	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5461-2.6619	0.1926	198	0.1675	3463	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6619-2.8022	0.2081	194	0.1699	3448	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8022-2.9776	0.1928	177	0.168	3474	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9776-3.2074	0.1923	206	0.1669	3477	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2074-3.5298	0.1756	187	0.1562	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5298-4.0397	0.1725	189	0.1581	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0397-5.0865	0.1408	200	0.1387	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0865-32.49	0.175	177	0.1731	3527	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.321 Å / Origin y: -1.0119 Å / Origin z: -14.7124 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0004 Å²	0.0003 Å²	0.0033 Å²	-	-0.0012 Å²	-0.0142 Å²	-	-	-0.0013 Å²
L	0.0003 °²	0.0003 °²	-0.0002 °²	-	0.0006 °²	0.0008 °²	-	-	0.0007 °²
S	-0.0045 Å °	-0.0012 Å °	0.002 Å °	-0.0007 Å °	-0.0001 Å °	0.0006 Å °	0.002 Å °	-0.0001 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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