PDB-3zmd: Crystal structure of AbsC, a MarR family transcriptional regulato...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zmd

タイトル

Crystal structure of AbsC, a MarR family transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor

要素

PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

キーワード

TRANSCRIPTION / MARR-FAMILY / WINGED HELIX MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Stevenson, C.E.M. / Kock, H. / Mootien, S. / Davies, S.C. / Bibb, M.J. / Lawson, D.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Absc, a Marr Family Transcriptional Regulator from Streptomyces Coelicolor
著者: Stevenson, C.E.M. / Kock, H. / Mootien, S. / Davies, S.C. / Bibb, M.J. / Lawson, D.M.

履歴

登録	2013年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zmd.cif.gz	265.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zmd.ent.gz	215.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zmd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zmd_validation.pdf.gz	489 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zmd_full_validation.pdf.gz	493 KB	表示
XML形式データ	3zmd_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	3zmd_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/3zmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/3zmd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1m7g-1 4o2z-d 2fxa-1 6e4b-2 2x4q-2 2x4q-1 1e96-d 3tfz-3 5lyh-d 4ylj-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

B: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

C: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

D: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

ヘテロ分子

82.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

B: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

D: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.648, 120.483, 144.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	A	A	7 - 154	27 - 174
2	1	GLN	GLN	B	B	7 - 154	27 - 174
1	2	GLY	GLY	A	A	7 - 153	27 - 173
2	2	GLY	GLY	C	C	7 - 153	27 - 173
1	3	GLN	GLN	A	A	7 - 154	27 - 174
2	3	GLN	GLN	D	D	7 - 154	27 - 174
1	4	GLY	GLY	B	B	7 - 153	27 - 173
2	4	GLY	GLY	C	C	7 - 153	27 - 173
1	5	GLN	GLN	B	B	7 - 154	27 - 174
2	5	GLN	GLN	D	D	7 - 154	27 - 174
1	6	GLY	GLY	C	C	7 - 153	27 - 173
2	6	GLY	GLY	D	D	7 - 153	27 - 173

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / ABSC 分子量: 20514.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A TWENTY RESIDUE HIS-TAG WAS APPENDED AT THE N-TERMINUS OF THE WILD-TYPE SEQUENCE, BUT THIS WAS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. RESIDUE NUMBERING IS RELATIVE TO THE FULL-LENGTH WILD-TYPE SEQUENCE. 由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア) 株: M145 / プラスミド: PET15B-ABSC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9L2B5

#1: タンパク質

PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / ABSC

分子量: 20514.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A TWENTY RESIDUE HIS-TAG WAS APPENDED AT THE N-TERMINUS OF THE WILD-TYPE SEQUENCE, BUT THIS WAS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. RESIDUE NUMBERING IS RELATIVE TO THE FULL-LENGTH WILD-TYPE SEQUENCE.
由来: (組換発現)

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
株: M145 / プラスミド: PET15B-ABSC / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9L2B5

-
非ポリマー , 5種, 357分子

#2: 化合物	ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	2-HYDROXYBENZOIC ACID (SAL): SALICYLATE WAS NOT DELIBERATELY ADDED TO THE PROTEIN AT ANY STAGE, BUT ...2-HYDROXYBENZOIC ACID (SAL): SALICYLATE WAS NOT DELIBERATELY ADDED TO THE PROTEIN AT ANY STAGE, BUT THIS LIGAND WAS CONSISTENT WITH THE OBSERVED ELECTRON DENSITY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 / 詳細: SEE REFERENCE 1., pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.49
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.49 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.11 Å / Num. obs: 56091 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 38 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→44.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 7.337 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24282	2794	5 %	RANDOM
R_work	0.21477	-	-	-
obs	0.21617	53215	99.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4712	0	41	343	5096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.951	6721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.583	3	8264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.801	5	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.078	23.425	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.828	15	904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.695	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4895	0.16
1	2	B	4895	0.16
2	1	A	4842	0.15
2	2	C	4842	0.15
3	1	A	5033	0.14
3	2	D	5033	0.14
4	1	B	4877	0.16
4	2	C	4877	0.16
5	1	B	5007	0.14
5	2	D	5007	0.14
6	1	C	4979	0.13
6	2	D	4979	0.13

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.458	196	-
R_work	0.426	3608	-
obs	-	-	98.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.8123	-10.3962	7.3531	13.179	-5.5073	7.2821	0.1181	0.4789	-0.1122	-0.4461	-0.2891	0.0138	0.0395	0.2712	0.171	0.1138	-0.0445	0.0059	0.0704	-0.0146	0.0312	13.4197	51.8583	57.4542
2	9.0764	7.5842	2.6986	11.6245	-1.0485	4.5589	0.1215	0.0156	-0.4579	-0.5068	-0.0752	-0.1153	0.59	-0.1207	-0.0463	0.2565	0.0355	0.0121	0.1448	0.0334	0.1107	10.642	78.1515	48.5975
3	12.3544	-2.7693	3.0348	3.5171	-0.9449	3.7636	-0.0215	0.3998	-0.5473	-0.4669	-0.056	-0.1351	0.8064	0.2321	0.0775	0.3374	0.0442	0.088	0.1845	-0.0081	0.164	17.6701	77.1309	41.8726
4	0.975	1.699	-1.794	4.367	-3.6284	3.4901	0.1287	-0.0661	0.155	-0.0824	0.0902	0.1239	-0.1606	0.0397	-0.2188	0.1846	-0.0246	0.0027	0.1589	-0.0186	0.0727	8.6522	77.4232	52.7418
5	25.0413	0.4655	-19.7504	6.9513	2.9584	31.5979	0.2066	-1.1355	0.6277	-0.1943	-0.1488	-0.334	-1.3338	0.7276	-0.0579	0.0882	0.0029	-0.0241	0.1675	0.0291	0.1392	21.5953	64.3477	63.7928
6	11.0972	-9.3433	-7.593	10.6431	7.2301	6.7504	0.3388	0.5407	0.2318	-0.4431	-0.3518	-0.135	-0.3238	-0.323	0.0131	0.1293	-0.0133	0.0151	0.0967	0.0655	0.0738	13.0304	67.4229	58.2375
7	4.0827	0.9696	0.0974	2.8605	0.5469	3.6983	0.0721	-0.0657	0.5863	0.0406	-0.0358	0.3133	-0.3572	-0.365	-0.0363	0.1677	0.054	-0.0125	0.0833	-0.0012	0.1423	10.9481	45.0543	44.4214
8	19.3654	5.3155	-1.9008	2.733	-3.0309	5.1338	-0.3197	0.605	0.1747	-0.3311	0.4221	0.0991	0.4731	-0.5543	-0.1024	0.2796	0.0268	-0.009	0.1174	0.0511	0.0769	12.2441	40.3757	35.9135
9	0.5157	0.9325	1.5423	3.3463	2.6819	4.6717	0.0704	-0.1098	-0.0145	0.0157	-0.0854	-0.1123	0.2171	-0.2512	0.015	0.0637	0.0077	0.0083	0.1703	0.074	0.0566	17.377	43.8681	52.3656
10	15.142	0.7167	7.3187	7.2062	-0.5866	26.4495	0.1322	-0.2821	-0.6489	-0.2732	-0.08	0.2218	0.9458	-0.0687	-0.0522	0.082	-0.0006	-0.0578	0.068	-0.0223	0.1357	3.3259	54.6569	61.534
11	8.0331	-7.3652	5.1584	9.2842	-4.6842	4.2914	0.2585	0.4252	-0.1368	-0.493	-0.1844	0.2107	0.2712	0.2239	-0.074	0.0982	-0.012	-0.0022	0.1099	-0.021	0.0454	11.2016	115.266	58.5427
12	4.6424	0.7937	0.7212	4.5199	-0.0526	4.1329	0.0175	0.0816	-0.6529	-0.0604	-0.0291	-0.3448	0.4877	0.0472	0.0116	0.1976	-0.0075	0.0478	0.0821	0.0304	0.1424	13.6193	137.128	45.2968
13	21.8019	12.3065	5.5063	16.3902	0.0748	9.8593	-0.5857	-0.2849	0.1761	0.0687	0.1664	-0.7359	-0.3476	0.4716	0.4193	0.3218	0.0402	0.0669	0.176	0.0062	0.1207	22.4574	146.7201	39.9761
14	1.079	1.5762	-2.2436	5.7477	-5.2877	5.8693	0.0675	-0.0537	0.1292	0.3931	0.2232	0.2425	-0.3773	-0.0639	-0.2907	0.1367	0.0126	-0.0146	0.1073	-0.0118	0.0256	3.8423	135.2382	57.3365
15	14.8132	1.7778	-4.6168	7.034	-2.3882	17.5394	0.023	-0.5979	0.7299	-0.0451	0.1528	-0.1631	-0.9451	0.6844	-0.1758	0.1243	-0.0175	-0.015	0.0894	-0.0008	0.1114	22.645	126.6683	63.5676
16	13.1147	-10.7542	-8.2262	11.7404	6.9273	7.21	0.0838	0.2753	0.2243	-0.2646	-0.0603	-0.0823	-0.144	-0.1966	-0.0236	0.1137	-0.0196	-0.012	0.0496	0.0316	0.0294	12.7246	129.075	59.5267
17	4.0004	0.2955	-1.0688	3.907	-0.0593	4.1489	0.1532	-0.1329	0.3131	0.1015	-0.175	0.4816	-0.3233	-0.3088	0.0218	0.1533	0.0376	-0.0197	0.1097	-0.06	0.1363	11.6888	105.236	46.0419
18	31.3255	8.1024	5.6783	3.5155	2.1885	4.0472	-0.055	-0.2741	-0.727	0.0308	-0.0274	0.2428	0.1153	-0.4762	0.0824	0.1325	0.0181	0.0128	0.0884	0.0197	0.1476	9.8824	95.6896	43.5729
19	2.5779	-0.5948	0.2231	4.1578	3.0242	6.854	0.0136	0.0556	-0.1844	0.0381	0.2288	-0.2185	0.242	0.1471	-0.2424	0.0107	0.007	-0.0036	0.1007	-0.0012	0.0342	23.7662	111.757	61.7917
20	26.5719	1.7329	19.8123	5.3792	0.199	29.2489	0.2088	-0.9665	-0.5429	-0.0776	-0.0958	0.4686	0.9648	-0.322	-0.113	0.063	0.0151	0.0417	0.1343	0.0248	0.1615	3.5697	116.6339	65.5651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	62 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	91 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	139 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	7 - 35
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	36 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	82 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	95 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	140 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	6 - 38
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	39 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	90 - 101
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	102 - 139
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	140 - 154
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	7 - 35
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	36 - 89
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	90 - 113
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	114 - 138
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	139 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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