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万見
- PDB-3zls: Crystal structure of MEK1 in complex with fragment 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zls
タイトルCrystal structure of MEK1 in complex with fragment 6
要素DUAL SPECIFICITY MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE 1
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants / regulation of Golgi inheritance / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / protein kinase activator activity / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / ERK1 and ERK2 cascade / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / myelination / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / cell motility / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / chemotaxis / MAPK cascade / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / heart development / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / protein kinase activity / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-PYRROLO[2,3-B]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Amaning, K. / Lowinsky, M. / Vallee, F. / Steier, V. / Marcireau, C. / Ugolini, A. / Delorme, C. / McCort, G. / Andouche, C. / Vougier, S. ...Amaning, K. / Lowinsky, M. / Vallee, F. / Steier, V. / Marcireau, C. / Ugolini, A. / Delorme, C. / McCort, G. / Andouche, C. / Vougier, S. / Llopart, S. / Halland, N. / Rak, A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: The Use of Virtual Screening and Differential Scanning Fluorimetry for the Rapid Identification of Fragments Active Against Mek1.
著者: Amaning, K. / Lowinski, M. / Vallee, F. / Steier, V. / Marcireau, C. / Ugolini, A. / Delorme, C. / Foucalt, F. / Mccort, G. / Derimay, N. / Andouche, C. / Vougier, S. / Llopart, S. / Halland, N. / Rak, A.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUAL SPECIFICITY MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1163
ポリマ－38,9171
非ポリマー1992
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.683, 76.683, 221.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 DUAL SPECIFICITY MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE 1 / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE 1 / MAP KINASE KINASE 1 / MAPKK 1 / MKK1 / ERK ACTIVATOR ...MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE 1 / MAP KINASE KINASE 1 / MAPKK 1 / MKK1 / ERK ACTIVATOR KINASE 1 / MAPK/ERK KINASE 1 / MEK 1


分子量: 38916.879 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 37-383 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): SF21
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-92P / 1H-PYRROLO[2,3-B]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID


分子量: 176.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N2O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.7 / 詳細: pH 7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / タイプ: ESRF / 波長: 0.9336
検出器日付: 2011年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9336 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→110.99 Å / Num. obs: 14184 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 61.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.7精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→36.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9416 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.455 / SU Rfree Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.248
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2558. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2558. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 1007 7.14 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 14101 99.51 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1282 Å20 Å20 Å2
2---0.1282 Å20 Å2
3---0.2564 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.304 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 14 61 2541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012528HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173403HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d910SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes64HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes374HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2528HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion317SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2970SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 187 6.73 %
Rwork0.2067 2592 -
all0.2092 2779 -
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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