PDB-3zky: Isopenicillin N synthase with substrate analogue AhCmC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zky

タイトル

Isopenicillin N synthase with substrate analogue AhCmC

要素

ISOPENICILLIN N SYNTHASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SYNTHASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / B-LACTAM ANTIBIOTIC / OXYGENASE / PENICILLIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Daruzzaman, A. / Clifton, I.J. / Rutledge, P.J.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: The Interaction of Isopenicillin N Synthase with Homologated Substrate Analogues Delta-(L-Alpha-Aminoadipoyl)-L-Homocysteinyl-D-Xaa Characterised by Protein Crystallography.
著者: Daruzzaman, A. / Clifton, I.J. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.

履歴

登録	2013年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zky.cif.gz	151.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zky.ent.gz	120.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zky_validation.pdf.gz	997.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zky_full_validation.pdf.gz	1008.7 KB	表示
XML形式データ	3zky_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	3zky_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/3zky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/3zky	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3zkuC 1bk0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bu9-d 1odn-d 4kba-3 1hb1-d 2vbp-d 1obn-d 2jb4-d 1w06-d 2vcm-d 1hb2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ISOPENICILLIN N SYNTHASE

ヘテロ分子

38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.705, 71.290, 100.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ISOPENICILLIN N SYNTHASE / IPNS 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) プラスミド: PJB703 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

-
非ポリマー , 5種, 242分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-WT4 / N-[(5S)-5-amino-5-carboxypentanoyl]-L-homocysteyl-S-methyl-D-cysteine 分子量: 395.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₆S₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.46 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 1.0M LITHIUM SULPHATE, 76MM TRIS/HCL (PH8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月3日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→23 Å / Num. obs: 60499 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BK0

1bk0

解像度: 1.45→23.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.683 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18231	2400	4 %	RANDOM
R_work	0.1647	-	-	-
obs	0.16542	58028	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.564 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→23.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2645	0	37	238	2920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.019	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.313	1.947	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.547	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.038	24.759	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.512	15	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.183	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	179	-
R_work	0.172	4221	-
obs	-	-	99.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.9829	-6.4838	-16.878	17.3835	9.6332	24.7942	0.0486	0.2166	-0.0536	-0.0148	-0.2953	0.7222	-0.0068	-1.1145	0.2466	0.0502	0.0124	-0.0556	0.1192	-0.013	0.1157	-7.9616	42.987	-7.8037
2	3.3692	-1.591	-1.7381	4.707	0.8406	3.2489	-0.1655	0.088	-0.2136	-0.2237	0.0399	-0.0404	0.2162	0.018	0.1256	0.0894	-0.022	-0.0015	0.0595	-0.008	0.0307	7.1552	26.8342	-17.7622
3	0.7693	0.3409	-0.2544	0.887	-0.5046	1.5722	-0.0456	0.103	0.0364	-0.0692	0.0232	-0.0077	0.0131	-0.0548	0.0224	0.052	-0.0051	-0.0148	0.0675	0.0101	0.0338	5.8939	33.5034	-16.6383
4	0.6656	0.6243	2.1732	0.8565	2.0784	7.5291	0.0439	-0.1229	-0.0129	0.1049	-0.0323	0.0326	0.0419	-0.2941	-0.0116	0.0456	-0.0132	0.0061	0.072	0.0135	0.0263	5.5473	21.1852	9.551
5	4.162	0.6459	-0.3229	5.4725	0.5979	3.3303	0.0266	0.0566	-0.1484	0.0914	0.0084	-0.128	0.0316	0.0948	-0.035	0.059	0.0176	-0.0192	0.0842	-0.0151	0.0416	16.3505	30.6606	20.6813
6	3.2237	-1.4864	0.9789	2.3422	0.5293	6.5428	-0.0601	0.0222	0.1105	0.0231	0.1432	-0.1266	-0.1665	0.5617	-0.0832	0.0334	-0.0197	-0.0016	0.0969	-0.0217	0.0327	22.1988	35.5484	19.4342
7	1.5614	-0.3808	-0.456	0.6947	0.179	0.7886	0.0027	-0.123	0.071	0.0237	0.0153	-0.0335	-0.0401	0.0325	-0.018	0.0508	-0.0001	-0.0182	0.0484	-0.0049	0.0425	19.0847	31.5156	10.4206
8	2.0762	1.3794	-0.4126	1.9637	-0.0613	1.0008	0.0426	-0.1759	0.0077	0.1486	-0.0584	0.0066	0.0788	0.0483	0.0158	0.0635	0.0156	-0.0032	0.067	0.0047	0.056	19.6455	23.3496	10.4696
9	0.1199	-0.2174	0.5112	0.9644	-1.1392	2.621	-0.0174	0.0409	0.0139	-0.0861	-0.0161	-0.0481	0.0242	0.051	0.0335	0.0483	-0.016	-0.0025	0.0633	0.011	0.0307	15.5262	29.2412	-10.4949
10	2.0289	0.3287	4.1327	1.6694	-0.4653	9.4937	0.0608	0.1976	-0.0291	-0.1859	-0.0909	-0.0617	0.1404	0.4494	0.0301	0.0773	0.0195	-0.0106	0.0965	0.0163	0.0296	22.5951	34.1704	-16.4259
11	6.8837	-1.551	0.6277	3.9132	-1.2485	3.8777	0.0272	0.2138	0.2604	-0.0922	-0.0668	-0.3003	-0.0189	0.2569	0.0395	0.0258	0.0056	0.0046	0.0438	0.0038	0.0376	25.775	28.6288	-5.886
12	7.4874	0.0953	-4.7996	0.5408	0.003	3.3872	0.0769	-0.0715	0.1038	0.0309	-0.0462	0.0445	-0.0721	-0.0529	-0.0308	0.0355	0.0034	-0.0158	0.0549	-0.0078	0.0419	10.5668	31.7942	6.5562
13	0.9655	0.5217	-0.3335	6.2124	-2.826	2.3674	0.0365	-0.1363	0.0756	0.5267	-0.0058	-0.0242	-0.3203	-0.0934	-0.0308	0.0623	0.0093	0.0057	0.0451	-0.0327	0.0556	-4.4464	43.1326	14.4173
14	1.0786	-0.2515	-0.7255	1.3106	0.5557	0.8569	0.0453	-0.0613	0.0802	0.0365	-0.0427	0.0785	-0.0487	-0.0429	-0.0026	0.034	0.0025	-0.014	0.0485	0.0008	0.0365	6.3335	38.6623	0.5676
15	2.934	1.5607	-0.2038	5.905	-0.3949	1.9037	0.0197	0.1166	0.2181	-0.2871	-0.0676	0.2345	-0.0228	-0.0447	0.0479	0.0291	0.0236	-0.0171	0.056	-0.0013	0.0551	-3.4058	41.7954	-3.2915
16	1.5612	0.4414	-0.2458	1.3483	-0.0039	0.9314	0.0255	0.0865	0.1336	-0.0791	-0.0036	0.0136	-0.1076	-0.0096	-0.0219	0.0641	0.0086	-0.0053	0.053	0.0144	0.0417	11.2533	40.9264	-9.8059
17	0.5697	-0.1712	-0.4054	0.4785	-0.0694	0.5263	0.0094	-0.0348	0.0536	0.0274	-0.0187	0.0295	-0.0336	-0.0222	0.0093	0.0481	-0.0039	-0.0104	0.0588	-0.0113	0.0561	6.4266	37.086	2.683
18	3.602	-1.9659	6.0021	3.6761	-7.218	15.9865	-0.0687	0.5468	-0.0055	0.3479	-0.0205	-0.0568	-0.646	0.5112	0.0892	0.235	-0.0082	-0.0005	0.1168	-0.0046	0.0081	21.8733	47.2153	-17.9982
19	0.5984	-0.4753	0.0653	4.9053	-1.7715	2.6292	0.0481	-0.0452	0.1537	0.0175	-0.1499	-0.2529	-0.246	0.2302	0.1018	0.0362	-0.0282	-0.0029	0.027	0.0043	0.0772	24.1487	46.8454	-5.2735
20	1.4905	-1.4751	-3.2172	3.8984	1.1893	8.5818	-0.1826	-0.4023	0.1336	0.0019	1.0518	0.5154	0.372	0.2931	-0.8692	0.0724	-0.0058	-0.0436	0.3139	0.1491	0.186	14.1731	45.6963	8.8134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	22 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	68 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	78 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	87 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	120 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	144 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	167 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	175 - 179
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	180 - 190
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	191 - 208
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	209 - 227
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	228 - 245
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	246 - 266
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	267 - 290
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	291 - 305
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	306 - 319
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	320 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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