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万見
- PDB-3zk2: Crystal structure of the sodium binding rotor ring at pH 8.7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zk2
タイトルCrystal structure of the sodium binding rotor ring at pH 8.7
要素ATP SYNTHASE SUBUNIT C
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / ROTOR RING
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lipid binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit c
類似検索 - 構成要素
生物種FUSOBACTERIUM NUCLEATUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Schulz, S. / Meier, T. / Yildiz, O.
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2013
タイトル: A new type of Na(+)-driven ATP synthase membrane rotor with a two-carboxylate ion-coupling motif.
著者: Schulz, S. / Iglesias-Cans, M. / Krah, A. / Yildiz, O. / Leone, V. / Matthies, D. / Cook, G.M. / Faraldo-Gomez, J.D. / Meier, T.
履歴
登録2013年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
改定 2.02019年1月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / database_PDB_caveat / pdbx_validate_chiral
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
D: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
E: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
F: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
G: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
H: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
I: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
J: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
K: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
L: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
M: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
N: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
O: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
P: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
Q: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
R: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
S: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
T: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
U: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
V: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,71067
ポリマ－195,10622
非ポリマー11,60545
水2,108117
1
A: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
D: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
E: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
F: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
G: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
H: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
I: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
J: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
K: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,59634
ポリマ－97,55311
非ポリマー6,04423
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55050 Å2
ΔGint-501.2 kcal/mol
Surface area34950 Å2
手法PISA
2
L: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
M: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
N: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
O: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
P: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
Q: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
R: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
S: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
T: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
U: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
V: ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,11433
ポリマ－97,55311
非ポリマー5,56122
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53080 Å2
ΔGint-527.7 kcal/mol
Surface area34410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.770, 83.900, 150.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ...
ATP SYNTHASE SUBUNIT C / ATP SYNTHASE F(0) SECTOR SUBUNIT C / F-TYPE ATPASE SUBUNIT C / F-ATPASE SUBUNIT C / LIPID-BINDING PROTEIN


分子量: 8868.433 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) FUSOBACTERIUM NUCLEATUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DK8 / 参照: UniProt: Q8RGD7
#2: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 糖...
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.7 / 詳細: pH 8.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→20 Å / Num. obs: 92330 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 36.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 6.99
反射 シェル解像度: 2.64→2.8 Å / 冗長度: 3.96 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZK1

3zk1


解像度: 2.63→46.998 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2974 4605 5 %
Rwork0.2554 --
obs0.2575 92184 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→46.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13639 0 781 117 14537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02114553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.33319689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.545481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1142584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6296-2.65950.3331110.32862117X-RAY DIFFRACTION72
2.6595-2.69080.41611590.31892826X-RAY DIFFRACTION97
2.6908-2.72360.35591430.31012962X-RAY DIFFRACTION100
2.7236-2.75810.32541570.30132916X-RAY DIFFRACTION100
2.7581-2.79440.33651530.29352968X-RAY DIFFRACTION100
2.7944-2.83260.3471500.29382888X-RAY DIFFRACTION100
2.8326-2.87310.30491610.28642944X-RAY DIFFRACTION100
2.8731-2.9160.37051490.28912936X-RAY DIFFRACTION100
2.916-2.96150.361580.28272957X-RAY DIFFRACTION100
2.9615-3.01010.31851570.28012957X-RAY DIFFRACTION100
3.0101-3.0620.31861500.27412877X-RAY DIFFRACTION100
3.062-3.11760.31371580.27872964X-RAY DIFFRACTION100
3.1176-3.17760.33841570.27022919X-RAY DIFFRACTION100
3.1776-3.24240.31461510.26272969X-RAY DIFFRACTION100
3.2424-3.31290.30221550.25892948X-RAY DIFFRACTION100
3.3129-3.390.31881550.25752949X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.47470.28861600.24962964X-RAY DIFFRACTION100
3.4747-3.56860.32321490.24892914X-RAY DIFFRACTION100
3.5686-3.67360.29141600.23712980X-RAY DIFFRACTION100
3.6736-3.79210.31061530.24432943X-RAY DIFFRACTION100
3.7921-3.92760.25781540.24632921X-RAY DIFFRACTION100
3.9276-4.08480.26891570.23512983X-RAY DIFFRACTION100
4.0848-4.27060.26311560.25392934X-RAY DIFFRACTION100
4.2706-4.49550.26311540.24352956X-RAY DIFFRACTION100
4.4955-4.7770.32531560.2482966X-RAY DIFFRACTION100
4.777-5.14540.2881530.24552998X-RAY DIFFRACTION100
5.1454-5.66240.29891600.24522962X-RAY DIFFRACTION100
5.6624-6.47990.2581570.23122996X-RAY DIFFRACTION100
6.4799-8.15710.19961570.19862992X-RAY DIFFRACTION100
8.1571-47.00510.30891550.24722973X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.4786 Å / Origin y: 0.7787 Å / Origin z: 34.7399 Å
111213212223313233
T0.1464 Å2-0.0107 Å2-0.0615 Å2-0.2079 Å20.023 Å2--0.2802 Å2
L0.0802 °20.011 °20.2259 °2-0.1113 °20.0113 °2--1.1843 °2
S0.0033 Å °-0.0235 Å °0.006 Å °0.0028 Å °-0.014 Å °-0.0147 Å °0.0276 Å °0.0657 Å °-0.0136 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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