PDB-3zk1: Crystal structure of the sodium binding rotor ring at pH 5.3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zk1

タイトル

Crystal structure of the sodium binding rotor ring at pH 5.3

要素

ATP SYNTHASE SUBUNIT C

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ATP SYNTHASE / ROTOR RING

機能・相同性

機能・相同性情報

proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting two-sector ATPase complex, proton-transporting domain / proton-transporting ATP synthase complex / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lipid binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

FUSOBACTERIUM NUCLEATUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schulz, S. / Meier, T. / Yildiz, O.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: A New Type of Na(+)-Driven ATP Synthase Membrane Rotor with a Two-Carboxylate Ion-Coupling Motif.
著者: Schulz, S. / Iglesias-Cans, M. / Krah, A. / Yildiz, O. / Leone, V. / Matthies, D. / Cook, G.M. / Faraldo-Gomez, J.D. / Meier, T.

履歴

登録	2013年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月18日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zk1.cif.gz	727.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zk1.ent.gz	608.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zk1_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zk1_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	3zk1_validation.xml.gz	75.1 KB	表示
CIF形式データ	3zk1_validation.cif.gz	100.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/3zk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/3zk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zk2C 2wgmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wgm-1 2wgm-2 2wgm-3 1yce-2 1yce-1 2wgm-4 1yce-3 3zk2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (8) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

B: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

C: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

D: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

E: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

F: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

G: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

H: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

I: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

J: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

K: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

L: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

M: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

N: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

O: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

P: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

Q: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

R: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

S: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

T: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

U: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

V: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

ヘテロ分子

208 kDa, 22 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

B: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

C: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

D: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

E: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

F: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

G: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

H: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

I: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

J: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

K: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

M: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

N: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

O: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

P: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

Q: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

R: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

S: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

T: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

U: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

V: ATP SYNTHASE SUBUNIT C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.770, 83.900, 150.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 22分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUV

#1: タンパク質	... ATP SYNTHASE SUBUNIT C / ATP SYNTHASE ROTOR RING / ATP SYNTHASE F(0) SECTOR SUBUNIT C / F-TYPE ATPASE SUBUNIT C / F-ATPASE ...ATP SYNTHASE ROTOR RING / ATP SYNTHASE F(0) SECTOR SUBUNIT C / F-TYPE ATPASE SUBUNIT C / F-ATPASE SUBUNIT C / LIPID-BINDING PROTEIN 分子量: 8868.433 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) FUSOBACTERIUM NUCLEATUM (バクテリア) プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DK8 / 参照: UniProt: Q8RGD7

#1: タンパク質

...
ATP SYNTHASE SUBUNIT C / ATP SYNTHASE ROTOR RING / ATP SYNTHASE F(0) SECTOR SUBUNIT C / F-TYPE ATPASE SUBUNIT C / F-ATPASE ...

分子量: 8868.433 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

FUSOBACTERIUM NUCLEATUM (バクテリア)
プラスミド: PTRC99A / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DK8 / 参照: UniProt: Q8RGD7

-
糖 , 2種, 25分子

#3: 糖	... ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₄₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 3種, 345分子

#2: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₇NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.3 / 詳細: pH 5.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 158380 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.35 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 33.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 8.65
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.31 % / R_merge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WGM

2wgm

解像度: 2.2→29.747 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	7909	5 %
R_work	0.2076	-	-
obs	0.209	158186	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.747 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13640	0	875	321	14836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	14648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.097	19811
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.925	5552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	2606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3251	259	0.3085	4926	X-RAY DIFFRACTION	98
2.225-2.2512	0.3255	263	0.2882	5001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2512-2.2786	0.2933	263	0.2714	5004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2786-2.3074	0.2713	263	0.2576	4991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3074-2.3378	0.2635	264	0.2417	5004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3378-2.3698	0.2491	262	0.2341	4990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3698-2.4037	0.2641	263	0.2368	5000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4037-2.4395	0.2558	263	0.2335	4982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4395-2.4776	0.2849	264	0.2313	5016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.5182	0.2481	264	0.2215	5017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5182-2.5616	0.2625	263	0.213	4998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5616-2.6082	0.2403	265	0.2033	5035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6082-2.6583	0.228	262	0.1974	4986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6583-2.7125	0.2289	264	0.1882	5013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7125-2.7715	0.2099	262	0.1857	4978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7715-2.8359	0.2113	264	0.1793	5008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8359-2.9067	0.2233	265	0.1855	5032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9067-2.9853	0.2242	263	0.1963	5000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9853-3.073	0.2592	265	0.2079	5035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.073-3.1721	0.2506	263	0.2042	4999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1721-3.2853	0.2391	263	0.2014	4990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2853-3.4167	0.2519	265	0.2037	5036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4167-3.572	0.2296	266	0.1961	5057	X-RAY DIFFRACTION	100
3.572-3.7599	0.1937	262	0.1866	4997	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7599-3.995	0.202	266	0.191	5057	X-RAY DIFFRACTION	99
3.995-4.3026	0.1949	262	0.1893	4964	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3026-4.734	0.2159	263	0.196	4995	X-RAY DIFFRACTION	99
4.734-5.4155	0.2693	265	0.2129	5046	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4155-6.8094	0.2402	268	0.2288	5081	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8094-29.7502	0.2179	265	0.209	5039	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 53.0919 Å / Origin y: 8.8351 Å / Origin z: 34.4729 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1469 Å²	0.0017 Å²	0.023 Å²	-	0.1408 Å²	0.0157 Å²	-	-	0.2172 Å²
L	0.1032 °²	0.0203 °²	0.2443 °²	-	0.1157 °²	0.0179 °²	-	-	1.0197 °²
S	0.0114 Å °	-0.0218 Å °	-0.0022 Å °	0.0206 Å °	-0.004 Å °	-0.0057 Å °	0.0248 Å °	0.0542 Å °	-0.0076 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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