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- PDB-3zjx: Clostridium perfringens epsilon toxin mutant H149A bound to octyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zjx
タイトルClostridium perfringens epsilon toxin mutant H149A bound to octyl glucoside
要素EPSILON-TOXIN
キーワードTOXIN / PORE FORMING TOXIN / ENTEROTOXEMIA / AEROLYSIN FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 - #60 / Epsilon toxin / Proaerolysin, chain A, domain 3 / Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Epsilon-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS D (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bokori-Brown, M. / Kokkinidou, M.C. / Savva, C.G. / Fernandes da Costa, S.P. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / Basak, A.K. / Titball, R.W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Clostridium Perfringens Epsilon Toxin H149A Mutant as a Platform for Receptor Binding Studies.
著者: Bokori-Brown, M. / Kokkinidou, M.C. / Savva, C.G. / Da Costa, S.P. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / Moss, D.S. / Basak, A.K. / Titball, R.W.
履歴
登録2013年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Data collection
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPSILON-TOXIN
B: EPSILON-TOXIN
C: EPSILON-TOXIN
D: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,88812
ポリマ－128,3394
非ポリマー1,5498
水8,269459
1
A: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4723
ポリマ－32,0851
非ポリマー3872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4723
ポリマ－32,0851
非ポリマー3872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4723
ポリマ－32,0851
非ポリマー3872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4723
ポリマ－32,0851
非ポリマー3872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.709, 123.709, 127.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2109-

HOH

21D-2100-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA14 - 2943 - 287
21GLYGLYBB14 - 2943 - 287
12GLYGLYAA14 - 2943 - 287
22GLYGLYCC14 - 2943 - 287
13ILEILEAA14 - 2953 - 288
23ILEILEDD14 - 2953 - 288

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9998, 0.0218, 0.0002), (-0.0218, -0.9998, 0.0023), (0.0003, 0.0023, 1)-63.38, 178.4045, 63.4298
2given(-0.9998, 0.0218, 0.0002), (-0.0218, -0.9998, 0.0023), (0.0003, 0.0023, 1)-63.38, 178.4045, 63.4298
3given(0.4802, 0.8772, -0.0008), (0.8772, -0.4802, -0.0012), (-0.0015, -0.0001, -1)-63.4127, 178.6186, 170.6061

-
要素

#1: タンパク質
EPSILON-TOXIN


分子量: 32084.779 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS D (ウェルシュ菌)
株: NCTC 8346 / プラスミド: PHIS PARALLEL II / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7D8R1
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.85 M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE AND 0.5% (W/V) OCTYLGLUCOSIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.373
11-K, -H, -L20.135
11K, H, -L30.361
11-h,-k,l40.131
反射解像度: 2.4→21.56 Å / Num. obs: 85072 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UYJ

1uyj


解像度: 2.4→21.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.01 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27543 4258 5 %RANDOM
Rwork0.2467 ---
obs0.24817 80521 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.565 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.39 Å20 Å20 Å2
2--11.39 Å20 Å2
3----22.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→21.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8443 0 100 459 9002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.028685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.94911840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.908318324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23351094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.326.231390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.696151376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3911520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8625.2774397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8625.2764396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3587.8975481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3587.8975482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1395.5554288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1355.5534273
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8178.2176335
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.26342.3879241
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.26242.3889242
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A144430.07
12B144430.07
21A145090.08
22C145090.08
31A141170.09
32D141170.09
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.632 346 -
Rwork0.708 5890 -
obs--98.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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