PDB-3zix: Clostridium perfringens Enterotoxin with the N-terminal 37 residu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zix

タイトル

Clostridium perfringens Enterotoxin with the N-terminal 37 residues deleted

要素

HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

キーワード

TOXIN / BETA PORE-FORMING-TOXIN / CYTOTOXICITY MUTANT

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Yelland, T. / Naylor, C.E. / Savva, C.G. / Basak, A.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of a C. Perfringens Enterotoxin Mutant in Complex with a Modified Claudin-2 Extracellular Loop 2
著者: Yelland, T.S. / Naylor, C.E. / Bagoban, T. / Savva, C.G. / Moss, D.S. / Mcclane, B.A. / Blasig, I.E. / Popoff, M. / Basak, A.K.

履歴

登録	2013年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zix.cif.gz	712.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zix.ent.gz	594.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zix_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zix_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	3zix_validation.xml.gz	80.9 KB	表示
CIF形式データ	3zix_validation.cif.gz	117.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3zix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3zix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ziwC 4p5hC 2xh6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xh6-1 2xh6-3 2xh6-2 3am2-d 2cv8-d 5x89-d 5kuc-d 4azw-d 6tao-1 5yxg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

B: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

C: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

193 kDa, 6 ポリマー
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1

A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	191.680, 128.290, 137.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 133.81, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN 分子量: 31523.965 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 38-319 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01558
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 分子量: 282.331 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL 37 RESIDUES DELETED, 34GAMG37 PRESENT AT N- TERMINAL IS THE RESULT OF PROTEASE CLEAVAGE ...N-TERMINAL 37 RESIDUES DELETED, 34GAMG37 PRESENT AT N- TERMINAL IS THE RESULT OF PROTEASE CLEAVAGE SCAR FROM PURIFICATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 25 % PEG 1500, 0.1 M SPG BUFFER, PH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日 / 詳細: PT-COATED MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.03 Å / Num. obs: 189121 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XH6

2xh6

解像度: 1.9→47.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9605 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9549 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU R_free Blow DPI: 0.11 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.108

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	9299	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1764	-	-	-
obs	0.1775	185641	98.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5734 Å²	0 Å²	-3.708 Å²
2-	-	0.9007 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4742 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.277 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13271	0	185	1761	15217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13878	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	18843	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4826	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		383	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2005	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13878	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.81
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.86
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1866	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16284	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2407	656	4.84 %
R_work	0.2131	12894	-
all	0.2145	13550	-
obs	-	-	98.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9098	0.2726	0.1915	1.7889	0.3097	1.1554	-0.1777	-0.1536	0.091	0.1423	-0.0077	0.149	-0.1417	-0.1236	0.1854	-0.0571	0.0147	0.0003	-0.0847	-0.0088	0.0068	-30.848	39.1671	-11.307
2	1.5368	1.1579	-0.3517	2.4028	0.3263	1.3269	0.0714	-0.1378	0.0225	0.1644	-0.139	0.3436	0.3136	-0.3192	0.0677	-0.0508	-0.1736	0.1836	-0.039	-0.0385	0.0558	-53.8755	6.3558	-11.7969
3	0.9445	-0.6208	-0.5481	1.2342	0.3729	1.4272	-0.0756	-0.033	-0.0573	-0.1101	0.0428	-0.1422	0.0556	0.2116	0.0328	-0.0711	-0.0331	0.0639	-0.0343	-0.0117	-0.0239	-5.3725	22.2732	-24.9446
4	2.369	-0.5984	-0.036	1.7836	0.538	2.1229	-0.3431	-0.7695	0.15	0.3753	0.2873	-0.049	-0.0939	0.016	0.0559	-0.0491	0.1619	-0.0132	0.1315	-0.0553	-0.1801	-15.8345	38.8909	9.514
5	1.722	0.3938	0.4651	2.5118	-0.4707	1.0052	0.1439	0.134	-0.4697	0.1262	0.0421	-0.5815	0.086	0.1624	-0.186	-0.1052	0.0296	-0.0563	-0.107	-0.1002	0.1083	-59.3067	8.5568	18.7406
6	1.9549	0.2557	-0.0165	2.6144	-0.8106	1.9374	-0.1847	0.4796	0.3484	-0.3708	0.1255	-0.3444	-0.2429	0.1305	0.0592	-0.04	-0.1094	0.1177	0.01	0.0508	-0.0893	-61.7634	40.3681	-5.1991
7	0.8396	0.4101	0.4461	0.8443	0.1649	1.6706	-0.0968	0.2494	0.0493	-0.1272	0.1164	0.0425	-0.1016	0.0035	-0.0196	-0.0315	0.0107	-0.0207	0.0043	0.0001	-0.0859	-79.7416	34.6669	12.4103
8	1.5335	0.3309	0.2603	2.3839	0.1363	1.825	0.0322	-0.2775	0.2197	0.3665	-0.0552	-0.0721	-0.3142	0.1023	0.023	0.0754	-0.0162	-0.032	-0.076	-0.0607	-0.1258	-69.0684	51.9163	46.7872
9	2.1397	0.1257	-0.1775	1.0085	0.5279	1.0948	0.106	-0.289	-0.0202	0.1924	-0.05	0.0548	-0.0452	0.0069	-0.056	-0.0077	0.0042	0.008	-0.0484	0.0293	-0.1152	-72.4873	26.4971	44.3567
10	4.0653	-0.3948	-0.3783	1.8593	0.4919	1.8287	0.1153	0.0565	-0.6083	0.05	0.1802	-0.4726	0.0465	0.6157	-0.2955	-0.2264	0.0657	-0.1102	0.0476	-0.1476	0.0869	-38.2125	9.6015	33.6399
11	1.6732	-0.0001	-0.046	1.479	-0.0846	1.1376	0.0463	0.0995	0.0677	-0.1485	0.0214	0.3208	0.0179	-0.3223	-0.0678	-0.0936	-0.0305	-0.0191	-0.0749	0.0192	-0.0344	-37.5019	12.4383	-30.9469
12	3.3073	0.5137	-0.3164	3.0268	-0.7122	1.4494	-0.0295	-0.4401	-0.6364	-0.166	-0.194	-0.6132	0.2128	0.332	0.2235	-0.1361	0.0518	0.0555	-0.0703	0.1348	0.0916	-1.8533	-3.1848	-22.2249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|34 - 193}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|194 - 319}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{B\|34 - 193}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|194 - 319}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{C\|34 - 193}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{C\|194 - 319}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|34 - 193}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{D\|194 - 319}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{E\|34 - 193}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{E\|194 - 319}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{F\|34 - 193}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{F\|194 - 319}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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