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- PDB-3zi5: Crystal STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BFII C-TERMINAL REC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zi5
タイトルCrystal STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BFII C-TERMINAL RECOGNITION DOMAIN IN COMPLEX WITH COGNATE DNA
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*GP)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP)-3'
  • RESTRICTION ENDONUCLEASE
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA-BINDING PSEUDOBARREL FOLD / DNA RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
At1g16640 B3 domain - #30 / Restriction endonuclease BfiI C-terminal domain / Metal-independent restriction enzyme BfiI, DNA binding domain / Metal-independent restriction enzyme BfiI DNA binding domain / At1g16640 B3 domain / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS FIRMUS (バクテリア)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Golovenko, D. / Manakova, E. / Zakrys, L. / Zaremba, M. / Sasnauskas, G. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural Insight Into the Specificity of the B3 DNA-Binding Domains Provided by the Co-Crystal Structure of the C-Terminal Fragment of Bfii Restriction Enzyme
著者: Golovenko, D. / Grazulis, S. / Manakova, E. / Sasnauskas, G. / Siksnys, V. / Zakrys, L. / Zaremba, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of the Metal-Independent Restriction Enzyme Bfii Reveals Fusion of a Specific DNA-Binding Domain with a Nonspecific Nuclease.
著者: Grazulis, S. / Manakova, E. / Roessle, M. / Bochtler, M. / Tamulaitiene, G. / Huber, R. / Siksnys, V.
履歴
登録2013年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESTRICTION ENDONUCLEASE
B: 5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*GP)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP)-3'
D: RESTRICTION ENDONUCLEASE
E: 5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*GP)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0636
ポリマ－52,0636
非ポリマー00
水50428
1
A: RESTRICTION ENDONUCLEASE
B: 5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*GP)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0323
ポリマ－26,0323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10310 Å2
手法PISA
2
D: RESTRICTION ENDONUCLEASE
E: 5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*GP)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0323
ポリマ－26,0323
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.180, 175.180, 35.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 RESTRICTION ENDONUCLEASE / R.BFII


分子量: 18704.820 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA BINDING DOMAIN BFII-C, RESIDUES 193-358 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PROTEOLYTIC FRAGMENT OF R.BFIIK107A SPANNING RESIDUES 193-358
由来: (組換発現) BACILLUS FIRMUS (バクテリア) / 株: S8120 / プラスミド: PET21B-BFIIK107A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9F4C9, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*GP)-3' / UPPER DNA STRAND


分子量: 3703.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP)-3' / BOTTOM DNA STRAND


分子量: 3623.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN SAPRANAUSKAS ET AL. (2000) J. BIOL.CHEM., 275, P.30878

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY MIXING COMPLEX SOLUTION WITH THE CRYSTALLIZATION BUFFER 0.49 M NAH2PO4, 0.91 M K2HPO4 (PH6.9 AT 25C).

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月22日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50.57 Å / Num. obs: 10809 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.97 % / Biso Wilson estimate: 24.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 13.31
反射 シェル解像度: 3.2→3.23 Å / 冗長度: 6.49 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.43 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C1L CHAIN A RESIDUES 200-358

2c1l


解像度: 3.2→43.795 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 1040 9.6 %
Rwork0.1757 --
obs0.1805 10790 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2642 972 0 28 3642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7435324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8821446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2002-3.36890.26521340.20031369X-RAY DIFFRACTION100
3.3689-3.57990.26571330.18831413X-RAY DIFFRACTION100
3.5799-3.85610.25191670.18111342X-RAY DIFFRACTION100
3.8561-4.24390.21871480.1631370X-RAY DIFFRACTION100
4.2439-4.85730.18671410.13811387X-RAY DIFFRACTION100
4.8573-6.11710.19561510.16541415X-RAY DIFFRACTION100
6.1171-43.79910.22221660.20781454X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0106-0.07783.62481.99661.03254.5037-0.06430.4642-0.0810.034-0.15720.1110.0280.27310.16620.2791-0.0120.03130.30120.0110.2968-77.528711.3842.1979
21.1249-0.7398-0.23923.4809-1.5632.3288-0.1661-0.3167-0.0254-0.43440.0151-0.4428-0.0575-0.13140.22390.3375-0.09370.02460.3514-0.05590.2679-70.1810.778-3.0125
37.7678-2.3434-0.15722.3747-2.11649.7925-0.0790.3936-0.5133-0.18590.1877-1.15480.36161.7262-0.02220.4080.05810.01470.440.10240.6768-54.361712.3899-6.3263
44.9508-2.2491-1.34894.20481.37571.544-0.32370.51310.47021.0281-0.0199-0.44390.7668-0.240.32540.3982-0.0518-0.1470.34920.04810.3534-68.968418.2607-3.2259
58.15040.4642-0.39468.8376-5.364.3662-0.2649-0.60131.41191.35040.837-0.7825-1.0160.1841-0.9670.593-0.00520.07550.2455-0.05950.3697-77.332222.97418.9111
66.6371-4.341-4.05824.01274.72666.14090.1230.2189-0.1025-1.01880.1870.2386-0.71430.0272-0.37950.42540.0407-0.01490.37430.06040.3564-65.622511.0849-4.7373
72.5934-1.01272.08652.19130.63153.11780.0059-0.3360.23220.0007-0.0145-0.14210.0074-0.1984-0.05650.2653-0.0360.04830.2688-0.0280.3299-77.323214.83594.0311
85.2282-1.20843.80082.0007-2.05352.8889-0.48480.52060.0147-0.23660.9570.41270.65860.2237-0.32520.31880.0790.16920.45490.04440.505-90.17449.1339.8653
96.4401-3.7566-2.24168.87941.94693.9365-0.33890.4048-0.9652-0.2380.11131.31320.5492-0.20080.26920.4047-0.1088-0.08160.3382-0.02610.2984-85.39955.0221-2.4237
102.2763-2.0291-0.06735.9775-1.24092.0480.67590.59071.239-1.4762-0.09620.7172-0.6942-0.752-0.19680.60860.0721-0.0150.44650.03820.588-92.60219.8725-0.694
115.63962.9879-0.43746.3879-2.00050.6759-0.1354-0.1761-0.3187-0.7791-0.1008-0.4183-0.0229-0.03560.19990.3270.0533-0.00690.38170.01980.2281-62.00792.5981.8878
126.023-0.07431.36190.3743-1.45155.50840.1265-0.23660.1128-0.3254-0.0414-0.46490.19910.1747-0.20690.43460.07990.02860.2621-0.00660.5228-61.98753.04581.4342
131.4734-1.37-0.38894.80272.76792.9713-0.2546-0.1772-0.30250.1086-0.14060.7783-0.56830.11850.12410.41220.01720.02310.34650.07010.4355-65.167641.4521-15.7528
142.57232.7231-1.67923.0237-1.47171.55620.0986-0.1376-0.0057-0.0963-0.09160.04850.12370.24220.00750.43730.0508-0.06910.32190.00620.3309-58.884336.34-11.9348
154.19954.4096-4.85214.9276-5.43275.98620.2274-0.3797-0.7598-0.7989-0.1017-0.9878-0.1830.5419-0.54450.55090.0287-0.11390.3455-0.0890.4701-51.527422.2771-8.2027
165.3777-1.93022.57943.1037-1.04543.2169-1.0535-0.2186-0.00760.00770.64440.0047-0.26140.00670.02310.4105-0.0971-0.06650.29790.0310.3247-61.313430.1957-10.8582
176.37893.1858-7.45088.4495-6.79482.00110.37070.7912-0.44910.44710.35920.65821.079-1.4027-0.5990.8125-0.2374-0.2570.45490.09070.5181-72.746732.3244-23.1638
189.85954.0761.96344.31024.1184.5704-0.1014-0.32210.0525-0.01770.54550.47420.1782-0.4177-0.2470.4927-0.2125-0.01870.45360.16190.5268-58.760630.4246-10.2723
194.33341.4176-1.50613.55441.01721.7490.18870.21170.3383-0.42320.05720.44930.1535-0.2931-0.27280.34630.0002-0.06810.321400.2665-62.171939.0701-17.5229
202.4189-1.43411.11433.8513-0.72533.44710.20860.48540.13360.1554-0.17731.031-0.5285-0.2083-0.23890.4422-0.0671-0.08470.41580.07910.7018-71.919846.4895-16.8297
214.78822.9797-1.5014.5429-0.82592.1038-0.2462-0.14240.3258-0.87380.1555-0.14250.13690.14030.18440.6599-0.05280.06030.1681-0.06080.4292-58.428852.3128-9.7556
223.89023.13570.66056.5921-0.78453.81920.1088-0.44761.8410.0957-0.11721.89910.3364-0.3610.04370.54720.02690.09830.2902-0.01870.739-73.500347.5954-11.879
233.8917-0.50160.23395.7427-2.71681.27220.47950.0239-0.13020.1165-0.5657-0.86-0.15110.3030.12350.461-0.08860.08990.49640.03520.2475-47.808236.232-16.3238
244.587-2.3448-0.55225.4139-0.07053.99530.0892-0.0139-0.5060.1966-0.189-0.38140.24170.22490.09170.3929-0.0588-0.00230.41980.05940.4156-47.926836.045-15.6797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 193:219)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 220:243)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 244:250)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 251:261)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 262:267)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 268:283)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 284:317)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 318:323)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 324:347)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 348:358)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 1:12)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 1:12)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN D AND RESID 193:218)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN D AND RESID 219:243)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN D AND RESID 244:247)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 248:262)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 263:267)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 268:278)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 279:308)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 309:330)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN D AND RESID 331:337)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN D AND RESID 338:358)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN E AND RESID 1:12)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN F AND RESID 1:12)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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