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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zhz | ||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium tuberculosis DXR in complex with a fosmidomycin analogue | ||||||
![]() | 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / RV2870C / DOXP/MEP PATHWAY ISPC | ||||||
機能・相同性 | ![]() terpenoid biosynthetic process, mevalonate-independent / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / cobalt ion binding / NADPH binding / manganese ion binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bjorkelid, C. / Jansson, A.M. / Bergfors, T. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dxr Inhibition by Potent Mono- and Disubstituted Fosmidomycin Analogues. 著者: Jansson, A.M. / Wieckowska, A. / Bjorkelid, C. / Yahiaoui, S. / Sooriyaarachchi, S. / Lindh, M. / Bergfors, T. / Dharavath, S. / Desroses, M. / Suresh, S. / Andaloussi, M. / Nikhil, R. / ...著者: Jansson, A.M. / Wieckowska, A. / Bjorkelid, C. / Yahiaoui, S. / Sooriyaarachchi, S. / Lindh, M. / Bergfors, T. / Dharavath, S. / Desroses, M. / Suresh, S. / Andaloussi, M. / Nikhil, R. / Sreevalli, S. / Srinivasa, B.R. / Larhed, M. / Jones, T.A. / Karlen, A. / Mowbray, S.L. #1: ![]() タイトル: The 1.9 A Resolution Structure of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose 5-Phosphate Reductoisomerase, a Potential Drug Target. 著者: Henriksson, L.M. / Bjorkelid, C. / Mowbray, S.L. / Unge, T. #2: ![]() タイトル: Structures of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose- 5-Phosphate Reductoisomerase Provide New Insights Into Catalysis. 著者: Henriksson, L.M. / Unge, T. / Carlsson, J. / Aqvist, J. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A. #3: ![]() タイトル: Design, Synthesis, and X-Ray Crystallographic Studies of Alpha-Aryl Substituted Fosmidomycin Analogues as Inhibitors of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose 5-Phosphate Reductoisomerase. 著者: Andaloussi, M. / Henriksson, L.M. / Wieckowska, A. / Lindh, M. / Bjorkelid, C. / Larsson, A.M. / Suresh, S. / Iyer, H. / Srinivasa, B.R. / Bergfors, T. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Larhed, M. ...著者: Andaloussi, M. / Henriksson, L.M. / Wieckowska, A. / Lindh, M. / Bjorkelid, C. / Larsson, A.M. / Suresh, S. / Iyer, H. / Srinivasa, B.R. / Bergfors, T. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Larhed, M. / Jones, T.A. / Karlen, A. #4: ![]() タイトル: Structural Studies on Mycobacterium Tuberculosis Dxr in Complex with the Antibiotic Fr-900098. 著者: Bjorkelid, C. / Bergfors, T. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 851.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 856.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41599.867 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-389 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P64012, UniProt: P9WNS1*PLUS, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase #2: 化合物 | ChemComp-FM7 / [( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.95 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH MX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→31.29 Å / Num. obs: 36278 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3.9 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.36 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.536 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→81.24 Å
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拘束条件 |
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