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万見
- PDB-3zhc: Structure of the phytase from Citrobacter braakii at 2.3 angstrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zhc
タイトルStructure of the phytase from Citrobacter braakii at 2.3 angstrom resolution.
要素PHYTASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Histidine acid phosphatases active site signature. / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Phytase
類似検索 - 構成要素
生物種CITROBACTER BRAAKII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wilson, K.S. / Ariza, A. / Sanchez-Romero, I. / Skjot, M. / Vind, J. / DeMaria, L. / Skov, L.K. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Mechanism of Protein Kinetic Stabilization by Engineered Disulfide Crosslinks
著者: Wilson, K.S. / Ariza, A. / Sanchez-Romero, I. / Skjot, M. / Vind, J. / Demaria, L. / Skov, L.K. / Sanchez-Ruiz, J.M.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHYTASE
B: PHYTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,17428
ポリマ－97,0832
非ポリマー1,09126
水10,413578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-119.5 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.510, 121.510, 129.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 PHYTASE


分子量: 48541.305 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ENGINEERED DISULPHIDE BRIDGE BETWEEN RESIDUES 141 AND 199
由来: (組換発現) CITROBACTER BRAAKII (バクテリア)
発現宿主: ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌) / 参照: UniProt: Q2VY22
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TWO MUTATIONS AT K141C AND V199C. THE OTHER THREE DIFFERENCES OBSERVED IN EACH CHAIN WHEN MAPPED TO ...TWO MUTATIONS AT K141C AND V199C. THE OTHER THREE DIFFERENCES OBSERVED IN EACH CHAIN WHEN MAPPED TO UNIPROT DOES NOT EXIST IN THE SEQUENCE FOR THE NOVOZYMES C. BRAAKII PHYTASE WHEN MAPPED TO THE DATABASE OF PATENT SEQUENCES GENPEPT:114206690

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.92 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 4.0 M SODIUM FORMATE, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35 Å / Num. obs: 49385 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 16.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→35.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 6.292 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THERE ARE TWO INDEPENDENT PROTEIN MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. FOR CHAIN A THERE WAS GOOD ELECTRON DENSITY ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THERE ARE TWO INDEPENDENT PROTEIN MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. FOR CHAIN A THERE WAS GOOD ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 6-116, 120-138, 14-179, 186-201, 208- 410, AND FOR CHAIN B RESIDUES 5-201, 208-222, 224-411.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23726 2466 5 %RANDOM
Rwork0.1948 ---
obs0.19694 46883 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20.59 Å20 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6312 0 58 578 6948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.9719018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0993.00111215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0845844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33624.83294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.626151175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9491543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0217290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3181.54120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0281.51645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59326656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.56632511
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9924.52340
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 188 -
Rwork0.215 3401 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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