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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zgb | ||||||
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タイトル | Greater efficiency of photosynthetic carbon fixation due to single amino acid substitution | ||||||
![]() | PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / carbon fixation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Paulus, J.K. / Schlieper, D. / Groth, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Greater Efficiency of Photosynthetic Carbon Fixation due to Single Amino Acid Substitution 著者: Paulus, J.K. / Schlieper, D. / Groth, G. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 730.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 608.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 486.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 509.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 85.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 111472.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE GENE NAME OF THE PROTEIN IS PPCA / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CRYSTALLIZED SEQUENCE ACTUALLY MAPS TO NCBI ACCESSION CODE Z48966 WITHOUT ANY CONFLICTS OR GAPS. ...THE CRYSTALLIZ | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6, 10 % (W/V) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12678 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.71→165.55 Å / Num. obs: 71548 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.71→2.86 Å / 冗長度: 16.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3ZBE 解像度: 2.71→78.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 21.152 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.71→78.72 Å
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拘束条件 |
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