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- PDB-3zfk: N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zfk
タイトルN-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7
要素COLICIN-E7
キーワードHYDROLASE / ARTIFICIAL METALLONUCLEASE / ALLOSTERIC CONTROL
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily ...Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / HNH nucleases / HNH nuclease / His-Me finger superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Colicin-E7
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Toth, E. / Czene, A. / Gyurcsik, B. / Otten, H. / Poulsen, J.-C.N. / Larsen, S. / Christensen, H.E.M. / Nagata, K.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2014
タイトル: A New Insight Into the Zinc-Dependent DNA-Cleavage by the Colicin E7 Nuclease: A Crystallographic and Computational Study.
著者: Czene, A. / Toth, E. / Nemeth, E. / Otten, H. / Poulsen, J.N. / Christensen, H.E.M. / Rulisek, L. / Nagata, K. / Larsen, S. / Gyurcsik, B.
履歴
登録2012年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 2.02018年1月17日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 3.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLICIN-E7
B: COLICIN-E7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,81517
ポリマ－30,6302
非ポリマー1,18415
水3,153175
1
A: COLICIN-E7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8968
ポリマ－15,3151
非ポリマー5817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: COLICIN-E7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9189
ポリマ－15,3151
非ポリマー6038
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.400, 55.400, 73.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 COLICIN-E7


分子量: 15315.240 Da / 分子数: 2 / 断片: COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PGEX-6P / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q47112, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細N-TERMINAL DELETION MUTANT MISSING RNK

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.2
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日 / 詳細: CURVED MULTI-LAYER MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.1 Å / Num. obs: 27490 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 19.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M08

1m08


解像度: 1.7→29.099 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 2700 5 %
Rwork0.2 --
obs0.2017 27490 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 0 57 175 2273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2782984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.027851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005397
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73090.33071380.292575X-RAY DIFFRACTION93
1.7309-1.76420.35141380.28712657X-RAY DIFFRACTION97
1.7642-1.80020.30821420.26362705X-RAY DIFFRACTION96
1.8002-1.83930.2771360.24542605X-RAY DIFFRACTION97
1.8393-1.88210.27451410.2442732X-RAY DIFFRACTION97
1.8821-1.92920.28841420.22682647X-RAY DIFFRACTION97
1.9292-1.98130.26771450.23862744X-RAY DIFFRACTION98
1.9813-2.03960.25111410.22542688X-RAY DIFFRACTION97
2.0396-2.10540.26531380.21122632X-RAY DIFFRACTION98
2.1054-2.18070.25061440.20432732X-RAY DIFFRACTION98
2.1807-2.26790.26091460.19852680X-RAY DIFFRACTION98
2.2679-2.37110.25481410.19952740X-RAY DIFFRACTION98
2.3711-2.49610.21541430.20242714X-RAY DIFFRACTION99
2.4961-2.65230.20981440.19822712X-RAY DIFFRACTION98
2.6523-2.8570.25031420.19732697X-RAY DIFFRACTION99
2.857-3.14420.23441450.18352752X-RAY DIFFRACTION99
3.1442-3.59840.221440.17962716X-RAY DIFFRACTION98
3.5984-4.53090.18131460.16152747X-RAY DIFFRACTION99
4.5309-29.10370.21391440.20212680X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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