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- PDB-3zfe: Human enterovirus 71 in complex with capsid binding inhibitor WIN51711 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zfe
タイトルHuman enterovirus 71 in complex with capsid binding inhibitor WIN51711
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / EV71 / PICORNAVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / Irregular / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SPHINGOSINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Plevka, P. / Perera, R. / Yap, M.L. / Cardosa, J. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure of Human Enterovirus 71 in Complex with a Capsid-Binding Inhibitor.
著者: Plevka, P. / Perera, R. / Yap, M.L. / Cardosa, J. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2012年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,13112
ポリマ－94,6594
非ポリマー4738
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,707,884720
ポリマ－5,679,511240
非ポリマー28,373480
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 476 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,65760
ポリマ－473,29320
非ポリマー2,36440
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 571 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)570,78872
ポリマ－567,95124
非ポリマー2,83748
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)594.500, 594.500, 594.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.742488, 0.309416, 0.59409), (0.358155, 0.566058, -0.742472), (-0.566037, 0.764065, 0.309454)-274.5155, 344.6636, 281.5975
3generate(0.858823, -0.39532, -0.325731), (-0.135845, 0.437319, -0.88897), (0.493895, 0.807735, 0.321859)224.22945, 500.85931, 115.89023
4generate(0.566162, 0.742345, -0.358254), (-0.764006, 0.309457, -0.566115), (-0.30937, 0.594248, 0.742381)116.23511, 465.46707, 74.43829
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23generate(-0.473721, -0.856032, 0.206801), (0.680446, -0.206691, 0.703017), (-0.55905, 0.473769, 0.680412)245.11075, -239.57776, 155.99689
24generate(-0.493759, -0.807792, -0.321925), (0.858922, -0.395254, -0.32555), (0.135712, -0.437274, 0.889013)478.62802, 224.12402, 93.63434
25generate(-0.473721, 0.680446, -0.55905), (-0.856032, -0.206691, 0.473769), (0.206801, 0.703017, 0.680412)366.34119, 86.38939, 11.608
26generate(-0.206891, -0.473563, 0.856098), (-0.702911, 0.680589, 0.206582), (-0.680495, -0.559009, -0.473698)-140.89661, 55.50121, 842.13208
27generate(-0.395135, 0.325802, -0.858881), (0.437426, 0.888905, 0.135929), (0.807768, -0.321968, -0.49377)541.14124, -108.43706, 600.81073
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34generate(0.325863, 0.858828, 0.3952), (0.888955, -0.136051, -0.437286), (-0.321767, 0.493829, -0.807812)-204.40164, 232.36978, 787.46436
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42generate(-0.473299, 0.630607, 0.615048), (-0.418116, -0.775374, 0.473212), (0.775321, -0.033163, 0.630673)-154.12793, 105.61368, 58.28876
43generate(-0.135778, -0.493862, -0.858852), (0.437138, -0.807805, 0.395378), (-0.88907, -0.321734, 0.325583)622.42883, 21.20088, 478.77054
44generate(0.630442, -0.615147, 0.473391), (-0.77551, -0.473106, 0.417984), (-0.03313, -0.630656, -0.775336)-69.86113, 138.43236, 894.15125
45generate(0.325863, 0.888955, -0.321767), (0.858827, -0.136051, 0.493829), (0.3952, -0.437286, -0.807812)113.43176, -181.70166, 818.53723
46generate(0.959713, 0.208316, 0.188562), (0.208316, -0.977856, 0.020044), (0.188562, 0.020044, -0.981857)-109.12086, 247.75259, 860.37756
47generate(0.358357, 0.565997, -0.742421), (0.565997, -0.764142, -0.309337), (-0.742421, -0.309337, -0.594215)344.62048, 312.867, 869.05017
48generate(0.03322, 0.630549, 0.775419), (0.630549, -0.615179, 0.473205), (0.775419, 0.473205, -0.41804)-299.68591, -69.78859, 456.09204
49generate(0.20908, -0.269247, 0.940082), (-0.269247, -0.940027, -0.209329), (0.940082, -0.209328, -0.269054)-268.64255, 414.63776, 464.28043
50generate(0.558984, -0.47391, -0.680368), (-0.47391, -0.855926, 0.206809), (-0.680368, 0.206809, -0.703058)438.51331, 245.11948, 834.06775
51generate(-0.593966, 0.742538, -0.309534), (0.742538, 0.357953, -0.566099), (-0.309534, -0.566099, -0.763987)262.64655, 239.82343, 919.78992
52generate(-0.702845, 0.680594, 0.206788), (0.680594, 0.558903, 0.473681), (0.206788, 0.473681, -0.856058)55.39807, -247.62341, 735.3761
53generate(-0.418305, -0.775267, 0.47322), (-0.775267, 0.033286, -0.630732), (0.47322, -0.630732, -0.614981)105.62242, 536.2124, 748.62756
54generate(-0.26935, -0.940039, -0.209138), (-0.940039, 0.209461, 0.269099), (-0.209138, 0.269099, -0.940111)414.569, 130.17398, 863.18567
55generate(-0.76387, 0.30949, -0.56628), (0.30949, -0.594282, -0.742304), (-0.56628, -0.742304, 0.358152)465.51697, 520.01465, 478.32224
56generate(-0.940052, 0.209271, 0.269202), (0.209271, -0.269144, 0.940069), (0.269202, 0.940069, 0.209196)130.15715, -268.67935, 179.92221
57generate(-0.856139, -0.206684, 0.47358), (-0.206684, -0.702977, -0.68049), (0.47358, -0.68049, 0.559115)86.48868, 582.90393, 228.15616
58generate(-0.615114, -0.473291, -0.630548), (-0.473291, -0.417927, 0.775427), (-0.630548, 0.775427, 0.033041)586.396, -74.0612, 413.52957
59generate(-0.977795, -0.020072, -0.2086), (-0.020072, -0.981857, 0.18856), (-0.2086, 0.18856, 0.959652)383.63538, 205.74115, 21.04047
60generate(-0.981918, -0.188244, 0.020038), (-0.188244, 0.959713, -0.208604), (0.020038, -0.208604, -0.977795)305.8855, 126.90628, 916.18195

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 VP1


分子量: 32832.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VIRION OF HUMAN ENTEROVIRUS 71
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
Variant: ISOLATE MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#2: タンパク質 VP2


分子量: 27800.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VIRION OF HUMAN ENTEROVIRUS 71
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
Variant: ISOLATE MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26524.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VIRION OF HUMAN ENTEROVIRUS 71
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
Variant: ISOLATE MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7501.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VIRION OF HUMAN ENTEROVIRUS 71
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
Variant: ISOLATE MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2, UniProt: B2ZUN0*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: THE CRYSTALLIZATION DROPS WERE PREPARED BY MIXING 0.83UL OF EV71 AT 2MG/ML IN PBS WITH 0.17UL OF 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS PH8.5, 30% V/V PEG 400. THE WELL SOLUTION CONTAINED 1.8M SODIUM ...詳細: THE CRYSTALLIZATION DROPS WERE PREPARED BY MIXING 0.83UL OF EV71 AT 2MG/ML IN PBS WITH 0.17UL OF 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS PH8.5, 30% V/V PEG 400. THE WELL SOLUTION CONTAINED 1.8M SODIUM ACETATE AND 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9787
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30.4 Å / Num. obs: 692970 / % possible obs: 74.9 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 3.05
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / % possible all: 35.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AED

4aed


解像度: 2.7→30.4 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: NA / σ(F): 0.5
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2402 --
obs0.2402 692970 74.9 %
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6501 0 28 0 6529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005233
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28602
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINS
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.4099 34593 -
obs--35.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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