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万見
- PDB-3zed: X-ray structure of the birnavirus VP1-VP3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zed
タイトルX-ray structure of the birnavirus VP1-VP3 complex
要素
  • CAPSID PROTEIN VP3
  • RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRUS MORPHOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=13 icosahedral viral capsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral genome replication / virion component / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTP binding / structural molecule activity ...T=13 icosahedral viral capsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral genome replication / virion component / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTP binding / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
VP1, C-terminal extension domain / Infectious bursal virus vp1 polymerase fold / Infectious bursal virus vp1 polymerase domain / Helix Hairpins - #300 / Birnavirus RNA-directed RNA polymerase, palm domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, palm domain superfamily, Birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain superfamily, Birnavirus / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), palm domain ...VP1, C-terminal extension domain / Infectious bursal virus vp1 polymerase fold / Infectious bursal virus vp1 polymerase domain / Helix Hairpins - #300 / Birnavirus RNA-directed RNA polymerase, palm domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, palm domain superfamily, Birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain superfamily, Birnavirus / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), palm domain / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), thumb domain / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), C-terminal / RdRp of Birnaviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Helix hairpin bin / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Viral coat protein subunit / Helix Hairpins / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Structural polyprotein / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bahar, M.W. / Sarin, L.P. / Graham, S.C. / Pang, J. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of a Vp1-Vp3 Complex Suggests How Birnaviruses Package the Vp1 Polymerase.
著者: Bahar, M.W. / Sarin, L.P. / Graham, S.C. / Pang, J. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
履歴
登録2012年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
D: CAPSID PROTEIN VP3
E: CAPSID PROTEIN VP3
F: CAPSID PROTEIN VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,14215
ポリマ－368,6316
非ポリマー5119
水19,9791109
1
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
E: CAPSID PROTEIN VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9554
ポリマ－122,8772
非ポリマー782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-4.2 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
2
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
F: CAPSID PROTEIN VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0475
ポリマ－122,8772
非ポリマー1703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-3.8 kcal/mol
Surface area31230 Å2
手法PISA
3
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
D: CAPSID PROTEIN VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1396
ポリマ－122,8772
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-8.2 kcal/mol
Surface area38080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.270, 341.870, 59.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9944, -0.006196, 0.1051), (-0.005245, 0.9999, 0.009326), (-0.1051, 0.008723, -0.9944)-58.84, -55.01, 0.5366
2given(-0.9862, 0.06055, -0.1539), (-0.04017, -0.9904, -0.1323), (-0.1604, -0.1243, 0.9792)-114.2, -113.3, -15.93
3given(-0.9918, -0.05551, 0.1155), (-0.04569, 0.9952, 0.08602), (-0.1198, 0.08004, -0.9896)-58.61, -55.06, -0.2593
4given(-0.9841, 0.08372, -0.1567), (-0.05822, -0.9853, -0.1607), (-0.1679, -0.149, 0.9745)-112.7, -114.1, -18.2

-
要素

#1: タンパク質 RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / RDRP / PROTEIN VP1 / VP1 POLYMERASE


分子量: 95632.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス)
株: JASPER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P22173, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 CAPSID PROTEIN VP3


分子量: 27244.477 Da / 分子数: 3 / Fragment: VP3 C-TERMINAL PEPTIDE RESIDUES 735-972 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス)
株: JASPER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P05844
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350 AND 0.2M POTASSIUM FLUORIDE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月30日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→68.4 Å / Num. obs: 123796 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 46.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YI9

2yi9


解像度: 2.2→59.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9539 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9392 / SU R Cruickshank DPI: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.265 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.186
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 6202 5.01 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.181 123689 99.63 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2703 Å20 Å20 Å2
2--2.0945 Å20 Å2
3----7.3648 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.308 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18145 0 24 1109 19278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0118590HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9925322HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8552SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes493HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2643HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18590HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2496SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22269SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 461 5.17 %
Rwork0.2287 8451 -
all0.2302 8912 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99650.1981-0.12630.7242-0.07030.5688-0.03350.0514-0.0444-0.02530.06270.06110.035-0.0131-0.0292-0.0590.0090.018-0.06970.0289-0.1294-43.9457-75.81479.3
21.8348-0.2969-0.11081.6226-0.23510.62210.10410.12710.2856-0.03740.06010.2374-0.1714-0.0136-0.1642-0.1904-0.00240.0375-0.18980.02-0.0637-15.5582-20.9081-7.3043
32.67351.0980.44751.77420.25170.52420.13210.2335-0.38320.16250.082-0.19540.04210.0528-0.2142-0.23660.0393-0.0087-0.16450.0103-0.1154-74.9532-35.97918.9643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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