PDB-3ze4: Crystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ze4

タイトル

Crystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase - wild-type

要素

DIACYLGLYCEROL KINASE

キーワード

TRANSFERASE / LIPID METABOLISM / IN MESO CRYSTALLISATION / LIPID CUBIC PHASE / LIPIDIC MESOPHASE / MEMBRANE PROTEIN / MONOACYLGLYCEROL / 7.8 MAG

機能・相同性

機能・相同性情報

diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.702 Å

Model type details

P ATOMS ONLY, CHAIN D, E, F

データ登録者

Li, D. / Lyons, J.A. / Pye, V.E. / Vogeley, L. / Aragao, D. / Caffrey, M.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Integral Membrane Diacylglycerol Kinase.
著者: Li, D. / Lyons, J.A. / Pye, V.E. / Vogeley, L. / Aragao, D. / Kenyon, C.P. / Shah, S.T.A. / Doherty, C. / Aherne, M. / Caffrey, M.

履歴

登録	2012年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年4月3日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2023年3月29日	Group: Database references / Other / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_2 / pdbx_database_status Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.6	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ze4.cif.gz	136.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ze4.ent.gz	111.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ze4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ze4_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ze4_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	3ze4_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	3ze4_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ze3C 3ze5SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4up6-d 6h4x-2 6j7c-d 4ros-d 3tod-d 2ybk-1 3ro8-4 4bis-2 4d2e-1 3cfl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DIACYLGLYCEROL KINASE

B: DIACYLGLYCEROL KINASE

C: DIACYLGLYCEROL KINASE

42.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.970, 74.970, 196.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND RESSEQ 11 OR CHAIN A AND RESSEQ...
2	1	1	CHAIN B AND RESSEQ 11 OR CHAIN B AND RESSEQ...
3	1	1	CHAIN C AND RESSEQ 11 OR CHAIN C AND RESSEQ...

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.5142, 0.8576, 0.009619), (-0.8471, -0.5096, 0.1511), (0.1345, 0.06954, 0.9885)	-93.03, -8.116, 5.143
2	given	(-0.4896, -0.8618, 0.1326), (0.8719, -0.4853, 0.06559), (0.007839, 0.1477, 0.989)	-53.5, 75.43, -2.996

#1: タンパク質	DIACYLGLYCEROL KINASE / DAGK / DIGLYCERIDE KINASE / DGK 分子量: 14252.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) 解説: THE WILD-TYPE GENE WAS SYNTHESIZED BASED ON THE DGKA NUCLEOTIDE SEQUENCE OF ESCHERICHIA COLI K12, WITH ADDITIONAL NUCLEOTIDES ENCODING HIS TAG SEQUENCES AT THE N-TERMINUS. プラスミド: PTRCHISB_DGKA_WILD-TYPE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WH1061 / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

#1: タンパク質

DIACYLGLYCEROL KINASE / DAGK / DIGLYCERIDE KINASE / DGK

分子量: 14252.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
解説: THE WILD-TYPE GENE WAS SYNTHESIZED BASED ON THE DGKA NUCLEOTIDE SEQUENCE OF ESCHERICHIA COLI K12, WITH ADDITIONAL NUCLEOTIDES ENCODING HIS TAG SEQUENCES AT THE N-TERMINUS.
プラスミド: PTRCHISB_DGKA_WILD-TYPE / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WH1061 / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.16 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 詳細: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE ...詳細: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE CELSIUS WITH THE 7.8 MONOACYLGLYCEROL (7.8 MAG) AS THE HOSTING LIPID.

結晶

マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.16 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03306
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日 / 詳細: K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03306 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→39.23 Å / Num. obs: 7069 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 130.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZE5

3ze5

解像度: 3.702→39.226 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3118	333	4.7 %
R_work	0.2848	-	-
obs	0.2862	7069	96.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 150.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.702→39.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2458	0	0	0	2458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2499
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.795	3405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.044	850
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	403

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	451	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	451	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
1	3	C	343	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.7016-4.6624	0.325	157	0.3028	3363	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6624-39.2278	0.3063	176	0.2763	3373	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.916	1.587	1.4313	0.862	0.7664	0.6879	-0.9293	-0.6451	2.4374	-0.469	-0.5254	0.2201	-1.1222	-0.7439	-0.3126	1.4275	0.5253	0.0174	1.4829	0.3819	1.4305	-69.1004	28.1841	15.9771
2	0.0359	-0.0601	0.0331	0.1061	-0.0608	0.0312	0.0786	0.2373	-0.8514	-1.0608	1.2221	1.0523	1.1092	-0.9254	0.0126	1.8479	0.3162	-0.1006	1.5312	0.0846	1.0787	-63.1984	12.7771	15.0365
3	0.3455	0.4269	-0.2524	0.5269	-0.3134	0.1831	-1.3517	0.1189	-0.7963	-1.3989	1.5755	-0.4174	0.697	0.6337	-0.006	1.9878	0.2769	0.1692	1.6765	0.3733	1.701	-55.0282	7.15	20.2831
4	2.975	1.0642	-1.8491	0.4582	-0.8298	1.8956	-0.4091	-1.6446	-0.9914	0.8465	0.6253	0.7133	-1.2961	-0.1778	-0.1582	1.2348	0.4822	0.2496	1.0613	0.1812	1.6679	-54.3123	14.2812	39.3475
5	0.0796	0.1533	0.0046	1.6242	-3.4985	9.9206	0.1383	-0.1791	0.1852	-0.7137	0.6136	-0.5882	1.6594	-0.8447	0.2963	0.9031	0.4887	0.2496	1.111	0.165	0.8159	-51.1688	16.9993	21.4484
6	1.3618	0.9691	-1.3629	0.7043	-0.9559	1.3759	-1.4176	0.7891	-2.3586	-1.5787	0.9573	-0.6751	2.2057	1.444	-0.0694	1.676	0.1577	0.0479	2.1565	-0.3554	1.1111	-49.3636	14.459	-1.7017
7	7.3223	1.8729	1.5199	0.4796	0.3918	0.3144	0.1004	2.2074	0.6042	-0.5639	1.1807	-1.1984	-1.0134	0.2064	0.1544	2.9975	0.5029	0.5096	1.6473	-0.2449	1.4082	-40.6738	15.3635	7.2886
8	0.9806	0.0035	-0.0079	0.1078	-0.2502	0.6172	-0.0765	0.9188	-0.6717	-0.529	-0.2627	0.1373	0.2421	0.2054	-1.5171	0.8978	1.3263	0.0204	0.5646	-0.317	1.1679	-42.9454	14.0278	27.408
9	0.1106	0.0928	0.1323	1.004	-1.0249	1.7825	-0.4401	-0.1692	-0.2539	-0.1766	-0.3456	0.3792	0.2005	0.2932	-2.1656	1.7539	1.2023	-0.0571	0.0461	0.7633	0.773	-42.9166	12.839	43.3136
10	0.241	0.3047	-0.2491	1.7073	0.6327	0.9535	-0.1789	-0.1396	-0.5357	-0.9324	-0.0006	-0.5447	-1.4867	0.6251	0.0571	1.4444	0.275	0.0731	1.7915	0.5111	1.172	-43.5985	39.4433	12.8263
11	1.0967	-0.2334	0.1274	1.5927	-0.1561	2.9228	0.5172	-0.007	-0.3747	0.2569	0.7267	0.2144	0.3498	0.2481	0.226	2.1584	0.8686	-0.1583	0.5539	0.1161	0.8308	-55.561	38.4799	30.7327
12	2.0242	0.2888	-0.666	0.3019	-0.4618	0.6453	-0.4002	-0.014	-0.0718	0.5355	0.2351	0.394	-0.222	-0.7418	-0.0012	1.2096	0.4519	-0.0441	0.9308	0.0212	0.5875	-52.6914	27.956	15.4786
13	2.3732	0.926	2.6385	3.4491	2.6336	8.3477	-0.1856	-0.1535	0.2655	1.4404	-1.1235	0.5491	1.1829	-1.0276	-0.4338	1.3342	0.472	0.2131	0.6132	0.1234	0.972	-58.8382	25.0791	28.7914
14	0.5614	0.5521	-0.0915	0.5918	-0.047	0.0569	0.614	0.9956	-0.98	0.0667	0.9218	0.4811	0.6297	1.0462	0.0026	1.2047	0.2716	-0.0913	2.3538	0.1034	1.7	-30.6461	24.5359	29.1579
15	3.3489	0.262	-0.8137	3.1697	-1.5285	1.6821	-1.0852	0.3597	0.2274	0.5158	-0.1178	-0.8416	-1.083	2.3514	-0.0349	0.9544	0.3429	-0.015	1.364	0.0173	0.9091	-41.6678	28.9114	20.0409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 7:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 18:27)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 28:37)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 38:57)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 58:77)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 78:87)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 88:97)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 98:112)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 113:120)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 8:29)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 30:51)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 52:91)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 92:120)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 28:51)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 52:119)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)