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- PDB-3zdr: Structure of the Alcohol dehydrogenase (ADH) domain of a bifuncti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zdr
タイトルStructure of the Alcohol dehydrogenase (ADH) domain of a bifunctional ADHE dehydrogenase from Geobacillus thermoglucosidasius NCIMB 11955
要素ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN OF THE BIFUNCTIONAL ACETALDEHYDE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / BIFUNCTIONAL ALCOHOL/ALDEHYDE DEHYDROGENASE / BIOETHANOL
機能・相同性
機能・相同性情報


acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / alcohol metabolic process / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase, C-terminal domain / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase, C-terminal domain / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde-alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS THERMOGLUCOSIDASIUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.504 Å
データ登録者Extance, J. / Crennell, S.J. / Eley, K. / Cripps, R. / Hough, D.W. / Danson, M.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of a Bifunctional Alcohol Dehydrogenase Involved in Bioethanol Generation in Geobacillus Thermoglucosidasius
著者: Extance, J. / Crennell, S.J. / Eley, K. / Cripps, R. / Hough, D.W. / Danson, M.J.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references / Structure summary
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN OF THE BIFUNCTIONAL ACETALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9474
ポリマ－48,6931
非ポリマー2543
水48627
1
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN OF THE BIFUNCTIONAL ACETALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN OF THE BIFUNCTIONAL ACETALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8938
ポリマ－97,3862
非ポリマー5076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-127.2 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.721, 96.588, 58.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN OF THE BIFUNCTIONAL ACETALDEHYDE DEHYDROGENASE / ACETALDEHYDE DEHYDROGENASE (ACETYLATING) / ADHE BIFUNCTIONAL DEHYDROGENASE


分子量: 48693.152 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 457-867 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL ADH DOMAIN, STARTING AT RESIDUE 459
由来: (組換発現) GEOBACILLUS THERMOGLUCOSIDASIUS (バクテリア)
株: TM242
解説: THE NCIMB 11955 STRAIN ENGINEERED BY TMO RENEWABLES LTD TO INCREASE ETHANOL PRODUCTION.
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: F8CW95, acetaldehyde dehydrogenase (acetylating), alcohol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細NON-PUBLISHED GENOME. THE PROTEIN COMES FROM A DIFFERENT STRAIN OF GEOBACILLUS, HENCE THE NUMBERING MISMATCH.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.0, 0.1 M AMMONIUM SULPHATE, 0.3 M SODIUM FORMATE, 11.5% (V/V) PEG2K MME, AND 3-3.5% (V/V) PGA-LM (30% GLYCEROL CRYOPROTECTANT)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.29 Å / Num. obs: 13897 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RRM

1rrm


解像度: 2.504→48.294 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 696 5 %
Rwork0.1744 --
obs0.1774 13863 93.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.504→48.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3182 0 12 27 3221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7134465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1231227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5037-2.6970.31211190.21262307X-RAY DIFFRACTION83
2.697-2.96840.28951530.20272385X-RAY DIFFRACTION87
2.9684-3.39780.25621510.19392712X-RAY DIFFRACTION97
3.3978-4.28050.23011310.15962835X-RAY DIFFRACTION100
4.2805-48.3030.21181420.16542928X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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