PDB-3zd5: THE 2.2 A STRUCTURE OF A FULL-LENGTH CATALYTICALLY ACTIVE HAMMERH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zd5

タイトル

THE 2.2 A STRUCTURE OF A FULL-LENGTH CATALYTICALLY ACTIVE HAMMERHEAD RIBOZYME

要素

HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND
HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND

キーワード

RNA / CATALYTIC RNA / IN-LINE ATTACK / HAMMERHEAD RNA / STEM-LOOP INTERACTION / URIDINE TURN / A-FORM HELIX

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Martick, M. / Scott, W.G.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2006
タイトル: Tertiary contacts distant from the active site prime a ribozyme for catalysis.
著者: Martick, M. / Scott, W.G.

履歴

登録	2012年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2012年12月12日	ID: 2GOZ
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Other
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zd5.cif.gz	82.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zd5.ent.gz	63.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zd5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zd5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zd4 3zp8
類似構造データ	3zp8-d 3zd4-d 2oeu-d 3gjo-1 5n5p-1 3ivn-1 6jef-d 5n5p-2 7d7x-d 1t8b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND

B: HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND

20.4 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.886, 69.210, 60.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: RNA鎖	HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND 分子量: 13941.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ENZYME STRAND WAS OBTAINED BY T7 RNA TRANSCRIPTION / 由来: (合成) Schistosoma mansoni
#2: RNA鎖	HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND 分子量: 6491.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: SUBSTRATE STRAND WAS OBTAINED BY SOLID-PHASE CHEMICAL SYNTHESIS 由来: (合成) Schistosoma mansoni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	O2'-METHYLYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (OMC): CLEAVAGE SITE SUBSTRATE ANALOGUE INHIBITOR GUANOSINE-5'- ...O2'-METHYLYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (OMC): CLEAVAGE SITE SUBSTRATE ANALOGUE INHIBITOR GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE (GDP): 5 PRIME END OF TRANSCRIBED SEQUENCE. 5-BROMO-URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (5BU): USED FOR MAD PHASING

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 % / 解説: ALL VALUES SAME AS 2GOZ
結晶化	温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: THE ENZYME AND SUBSTRATE WERE MIXED IN EQUIMOLAR AMOUNTS IN A SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 5.5, 1.5 MM EDTA. THE COMPLEX WAS FORMED BY INCUBATING THE MIXTURE AT 95C FOR 2 MIN., THEN AT ...詳細: THE ENZYME AND SUBSTRATE WERE MIXED IN EQUIMOLAR AMOUNTS IN A SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 5.5, 1.5 MM EDTA. THE COMPLEX WAS FORMED BY INCUBATING THE MIXTURE AT 95C FOR 2 MIN., THEN AT 65C FOR 2 MIN., AND FINALLY AT 27C FOR 5 MIN. 1 MM MGCL2 WAS INCLUDED IN THE MIXTURE BEFORE THE FINAL INCUBATION STEP. A 10 MG/ML CONCENTRATION OF RNA WAS USED FOR THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.5M (NH4)2SO4, 100 MM MES PH 6.5, AND 35% PEG 3350. AFTER MIXING THE RESERVOIR SOLUTION, THE SALT AND PEG PHASES WERE ALLOWED TO SEPARATE, AND ONLY THE SALT PHASE WAS USED FOR THE DROPS. THE CRYSTALS GREW IN HANGING DROPS OF 2 MICROLITERS AFTER 12 MONTHS OF INCUBATION AT 28C. THE CRYSTALS WERE WASHED IN THE SALT PHASE OF THE RESERVOIR SOLUTION PRIOR TO CRYO-FREEZING.

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 % / 解説: ALL VALUES SAME AS 2GOZ

結晶化

温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: THE ENZYME AND SUBSTRATE WERE MIXED IN EQUIMOLAR AMOUNTS IN A SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 5.5, 1.5 MM EDTA. THE COMPLEX WAS FORMED BY INCUBATING THE MIXTURE AT 95C FOR 2 MIN., THEN AT ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.919, 0.920, 0.9266

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.919	1
2	0.92	1
3	0.9266	1

反射

解像度: 2.2→55.73 Å / Num. obs: 9712 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 43.18 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.9

反射シェル

解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
ADSC		データ削減
MOSFLM		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20.22 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 25.51 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS MODEL BASED ON OUTPUT FROM TLS MOTION DETERMINATION SERVER. TO REPLACE 2GOZ COORDINATES (DATA REMAIN THE SAME). CORRECTED ANTI TO SYN BASE CONFORMATION OF C8 IN CHAIN A. IMPROVED TLS AND WATER MODELS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	935	9.7 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.1805	9615	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1346	0	34	1380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937	2337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.306	744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	63

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2004-2.3162	0.306	141	0.2441	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3162-2.4611	0.2735	144	0.2366	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4611-2.6507	0.3087	124	0.2468	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6507-2.9168	0.3115	116	0.253	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9168-3.3372	0.2504	135	0.1929	1254	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3372-4.1983	0.1994	137	0.147	1239	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1983-20.2209	0.133	138	0.1273	1222	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2525	3.7274	-1.4449	5.9746	-4.3063	8.1616	-0.0481	-0.2587	-0.2765	-0.238	0.5956	0.1284	1.479	-0.2624	-0.661	0.5529	-0.0185	-0.0203	0.4116	-0.064	0.3284	-9.4762	18.8698	11.7237
2	0.1185	2.1936	0.811	3.4935	2.0312	0.0587	-0.0296	0.0249	-0.1988	-0.586	0.15	-0.8705	-0.2272	0.1963	-0.1333	0.3748	-0.0208	0.0732	0.3427	-0.0166	0.4996	-11.2335	7.2618	-8.4889
3	1.161	-1.4915	0.2145	0.8835	0.8948	1.4751	-0.2676	0.3754	0.4036	0.1056	0.2926	-0.2755	-0.4368	0.7151	-0.0777	0.6297	-0.1779	0.0322	0.6993	0.0433	0.5237	-18.2368	10.2441	-21.6235
4	4.393	-1.4466	-1.0017	1.262	0.621	5.5628	-0.6095	-1.4966	-0.0746	0.901	-0.458	0.0125	-0.1193	-1.0944	0.697	0.4701	-0.1401	0.0522	0.6644	-0.0378	0.672	-18.2041	15.791	0.2597
5	7.7184	-1.8808	2.4962	2.0765	0.5637	3.2916	0.2971	0.1801	-0.6982	0.1852	0.0797	0.5144	-0.9466	-0.6731	-0.1671	0.3956	0.0378	-0.1072	0.6957	-0.0582	0.4378	-22.8821	13.9208	-9.7629
6	3.7046	1.1976	1.2242	3.6976	-2.0981	2.577	-0.7316	-0.3674	0.4529	-0.0315	0.2016	-0.2399	-1.7445	-0.7544	0.5146	0.9536	-0.001	-0.1477	0.5902	0.0682	0.5295	-23.8178	17.1293	-25.1717
7	1.9145	-1.2449	0.7325	2.3512	0.1903	2.0369	-0.2403	0.2234	-0.0918	-0.3927	0.1205	0.022	-0.0439	0.5354	0.0781	0.5127	-0.0212	0.0421	0.4467	0.075	0.3924	-31.708	7.8629	-33.0374
8	0.507	-1.0476	0.3118	0.818	-0.6756	1.2216	-0.3777	0.1473	0.2175	-0.0535	0.1307	-0.194	-0.689	0.0862	0.0967	0.6174	-0.0624	-0.0321	0.4516	0.0405	0.3581	-30.5658	12.8975	-25.8106
9	-0.1116	-0.3328	0.0103	3.0746	-0.282	0.6162	0.0456	-0.1905	0.4418	0.5737	-0.4214	-0.4682	0.047	-0.0405	0.3955	0.4262	-0.058	-0.0383	0.3767	0.0474	0.5244	-14.9224	2.3326	-3.8181
10	2.0548	-0.7013	-1.3473	1.7338	1.4534	3.9355	-0.0634	0.0029	-0.5053	0.0372	-0.0266	-0.1175	0.8374	-0.0763	-0.0151	0.4093	-0.0295	-0.0215	0.35	0.049	0.4702	-0.2282	22.1563	9.4133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:14)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 15:25)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 26:30)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 31:34)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 35:38)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 39:43)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 1:7)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 8:15)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 16:20)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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