[日本語] English
万見
- PDB-3zd4: Full-Length Hammerhead Ribozyme with G12A substitution at the gen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zd4
タイトルFull-Length Hammerhead Ribozyme with G12A substitution at the general base position
要素
  • HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND
  • HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND
キーワードRNA / GENERAL BASE CATALYSIS
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Scott, W.G. / Schultz, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural and Catalytic Effects of an Invariant Purine Substitution in the Hammerhead Ribozyme: Implications for the Mechanism of Acid-Base Catalysis.
著者: Schultz, E.P. / Vasquez, E.E. / Scott, W.G.
履歴
登録2012年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Other
改定 1.22014年9月10日Group: Database references
改定 1.32014年9月17日Group: Database references
改定 2.02022年11月2日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND
B: HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2592
ポリマ－20,2592
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-7.2 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.140, 68.450, 60.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖 HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND


分子量: 13925.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#2: RNA鎖 HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND


分子量: 6333.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 % / 解説: G12A MUTATED AND MODELED IN COOT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.097173
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.097173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.35 Å / Num. obs: 9191 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 53.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GOZ

2goz
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→20.216 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 30.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 907 9.9 %
Rwork0.182 --
obs0.1876 9162 95.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1343 0 31 1374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9382331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.735746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00763
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.33770.37441600.28451396X-RAY DIFFRACTION98
2.3377-2.51790.35051520.29331408X-RAY DIFFRACTION98
2.5179-2.77070.38941570.2841388X-RAY DIFFRACTION98
2.7707-3.17030.30751510.2331410X-RAY DIFFRACTION97
3.1703-3.98920.19171480.14871384X-RAY DIFFRACTION96
3.9892-20.21720.16591390.12831269X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.82291.9530.04232.1739-0.4418.31540.305-0.1505-0.37760.2587-0.5892-0.08711.41820.4680.36370.59970.0597-0.04970.44420.05750.3273-9.534218.601511.6618
20.58961.21460.96856.76551.80261.4247-0.0108-0.0107-0.2627-0.57240.2107-0.942-0.11160.1653-0.25980.3042-0.00410.05820.3588-0.01990.4791-11.21777.3014-8.4746
33.38110.48052.68825.2673.6674.1046-0.6330.40470.265-0.7350.8563-0.1389-0.96380.5514-0.2880.5547-0.15950.02150.48130.05660.4111-17.754510.0028-21.1917
49.4704-2.7584-3.96348.7572-0.23528.66-1.1293-1.70060.36251.0332-0.09250.6589-0.2176-0.91271.1960.49330.028-0.06380.7181-0.18110.5702-18.22215.67950.3312
57.189-3.68084.45028.6537-1.67968.00790.0083-0.39930.2379-0.3373-0.14890.5823-0.5728-1.61940.17460.44010.107-0.16130.6258-0.08080.4785-22.827114.1219-9.8188
65.28893.6852-1.40275.8918-1.13760.3828-1.44550.07481.0929-0.53020.1727-0.3188-2.2335-1.94991.05241.13380.2002-0.37080.9593-0.08640.6167-23.530317.2769-24.8286
72.9146-2.69522.99425.7936-1.34785.47840.3934-0.0758-0.0892-0.5746-0.2651-0.0807-0.7925-0.0265-0.13760.62710.0140.01630.49990.02820.3101-31.38717.4091-32.907
83.9599-1.37782.32831.0698-0.13442.1025-0.0626-0.6905-0.08260.281-0.056-0.0049-0.3903-0.64680.12550.6249-0.0341-0.02380.71580.10840.3262-30.49512.5137-25.5497
90.0526-0.3828-0.43115.18931.5053.05830.2296-0.3693-0.28890.7241-0.2185-0.62080.78-0.664-0.04680.4593-0.0898-0.0010.41720.08250.4521-14.81692.4452-3.7866
106.44162.34630.80414.050.8019.85340.6212-0.3305-0.725-0.102-0.0247-0.6883-0.2298-0.3106-0.54220.34640.0749-0.0350.36380.02170.4943-0.343222.06999.4899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:4)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 5:14)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 15:25)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 26:30)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 31:34)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 35:38)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 39:43)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 1:7)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 8:15)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 16:20)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る