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- PDB-3zbq: Protofilament of TubZ from Bacteriophage PhiKZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zbq
タイトルProtofilament of TubZ from Bacteriophage PhiKZ
要素PHIKZ039
キーワードVIRAL PROTEIN / FTSZ / TUBULIN / TUBZ / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phage tubulin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PHAGE PHIKZ (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Aylett, C.H.S. / Lowe, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Tubulin/Ftsz-Like Protein Tubz from Pseudomonas Bacteriophage Phikz
著者: Aylett, C.H.S. / Izore, T. / Amos, L.A. / Lowe, J.
履歴
登録2012年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22013年6月12日Group: Database references
改定 2.02018年1月24日Group: Atomic model / Source and taxonomy / カテゴリ: atom_site / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHIKZ039
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7442
ポリマ－37,3011
非ポリマー4431
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.494, 66.243, 52.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PHIKZ039 / PHUZ


分子量: 37300.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHIKZ (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q8SDC3
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.92 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG3K, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.51 Å / Num. obs: 40924 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.393 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R4V

3r4v


解像度: 1.7→48.51 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 2957 5.1 %
Rwork0.168 --
obs0.1698 30081 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 28 312 2806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.013445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.01933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004447
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72790.30261070.31592259X-RAY DIFFRACTION84
1.7279-1.75770.3541260.31092432X-RAY DIFFRACTION89
1.7577-1.78960.34071330.28682562X-RAY DIFFRACTION96
1.7896-1.82410.31051530.26432664X-RAY DIFFRACTION100
1.8241-1.86130.30651510.25032689X-RAY DIFFRACTION100
1.8613-1.90180.24151800.22432647X-RAY DIFFRACTION100
1.9018-1.9460.24341640.21782654X-RAY DIFFRACTION99
1.946-1.99470.28351290.1982695X-RAY DIFFRACTION100
1.9947-2.04860.26461210.19122684X-RAY DIFFRACTION100
2.0486-2.10890.22871350.16982735X-RAY DIFFRACTION100
2.1089-2.1770.21471320.16942704X-RAY DIFFRACTION100
2.177-2.25480.20961420.16122681X-RAY DIFFRACTION100
2.2548-2.3450.20911450.1482691X-RAY DIFFRACTION100
2.345-2.45180.19341360.15682708X-RAY DIFFRACTION100
2.4518-2.5810.20481280.15022683X-RAY DIFFRACTION100
2.581-2.74270.21251450.1512719X-RAY DIFFRACTION100
2.7427-2.95440.19141360.15422650X-RAY DIFFRACTION100
2.9544-3.25170.16151670.15072665X-RAY DIFFRACTION100
3.2517-3.72210.15091440.132690X-RAY DIFFRACTION100
3.7221-4.68880.15951350.12592700X-RAY DIFFRACTION100
4.6888-48.52950.17051480.16242680X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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