PDB-3x3r: Recombinant thaumatin in the presence of 1.0M PST and soaked 1 hr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3x3r

タイトル

Recombinant thaumatin in the presence of 1.0M PST and soaked 1 hr at 293K

要素

thaumatin I

ソーマチン

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

thaumatin (ソーマチン) / sweet-tasting protein / sweet receptor / mainly beta /

taste protein (味覚) / sweet taste receptor /

aril (仮種皮)

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Masuda, T. / Okubo, K. / Mikami, B.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the recombinant thaumatin in the presence of PST at room temperature
著者: Masuda, T. / Okubo, K. / Mikami, B.

履歴

登録	2015年1月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3x3r.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3x3r.ent.gz	83.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3x3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/3x3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/3x3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3x3oC 3x3qC 3x3sC 3x3tC 4xvbC 3al7 3ald 3aok 3vhf 3wou 3wxs 3x3p C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xvb-d 3x3t-d 6fj9-d 3x3q-d 4c3c-d 2vhk-d 4eka-d 5lh0-d 6yc5-d 3met-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.429, 58.429, 151.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	thaumatin I / ソーマチン分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / プラスミド: pPIC6-pre-TH / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: A1IIJ1, UniProt: P02883*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.05M ADA, 1.0M K-Na TARTRATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 41467 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 67.22
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 6.88 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→28.687 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 9.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1288	2069	5 %
R_work	0.0996	-	-
obs	0.101	41377	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.05 Å² / B_iso mean: 21.4712 Å² / B_iso min: 9.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→28.687 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1551	0	10	159	1720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	2493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	346
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.209	684

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5201-1.5555	0.1389	136	0.0951	2570	2706	99
1.5555-1.5943	0.133	134	0.0885	2556	2690	100
1.5943-1.6375	0.1166	135	0.0781	2562	2697	100
1.6375-1.6856	0.1065	135	0.0737	2573	2708	100
1.6856-1.74	0.1221	136	0.0695	2578	2714	100
1.74-1.8022	0.1215	136	0.077	2586	2722	100
1.8022-1.8744	0.1309	136	0.0768	2579	2715	100
1.8744-1.9596	0.1183	137	0.0698	2610	2747	100
1.9596-2.0629	0.0985	137	0.0761	2594	2731	100
2.0629-2.1921	0.1258	137	0.0892	2608	2745	100
2.1921-2.3613	0.1274	138	0.104	2635	2773	100
2.3613-2.5988	0.1403	138	0.1194	2626	2764	100
2.5988-2.9745	0.1511	141	0.1283	2663	2804	100
2.9745-3.7463	0.1284	142	0.1108	2698	2840	100
3.7463-28.6921	0.1297	151	0.1036	2870	3021	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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