PDB-3x3h: Crystal Structure of the Manihot esculenta Hydroxynitrile Lyase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3x3h

タイトル

Crystal Structure of the Manihot esculenta Hydroxynitrile Lyase (MeHNL) 3KP (K176P, K199P, K224P) triple mutant

要素

(S)-hydroxynitrile lyase

キーワード

LYASE / Hydroxynitrilase

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-hydroxynitrile lyase / aliphatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / aromatic (S)-hydroxynitrile lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Manihot esculenta (キャッサバ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Cielo, C.B.C. / Yamane, T. / Asano, Y. / Dadashipour, M. / Suzuki, A. / Mizushima, T. / Komeda, H. / Okazaki, S.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystallographic Studies of Manihot esculenta hydroxynitrile lyase Lysine-to-Proline mutants
著者: Cielo, C.B.C. / Yamane, T. / Asano, Y. / Dadashipour, M. / Suzuki, A. / Mizushima, T. / Komeda, H. / Okazaki, S.

履歴

登録	2015年1月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2016年3月2日	ID: 3RKT
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3x3h.cif.gz	393.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3x3h.ent.gz	327.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3x3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/3x3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/3x3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rksC 1dwpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rks-1 1yb6-1 6coi-d 1scq-1 2g4l-1 3c6x-1 1dwq-d 4yk7-3 1e89-d 1y7i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: (S)-hydroxynitrile lyase

B: (S)-hydroxynitrile lyase

C: (S)-hydroxynitrile lyase

D: (S)-hydroxynitrile lyase

E: (S)-hydroxynitrile lyase

F: (S)-hydroxynitrile lyase

G: (S)-hydroxynitrile lyase

H: (S)-hydroxynitrile lyase

234 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: (S)-hydroxynitrile lyase

F: (S)-hydroxynitrile lyase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: (S)-hydroxynitrile lyase

E: (S)-hydroxynitrile lyase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: (S)-hydroxynitrile lyase

H: (S)-hydroxynitrile lyase

ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 2 ポリマー
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4

D: (S)-hydroxynitrile lyase

G: (S)-hydroxynitrile lyase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.040, 84.210, 134.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 258 / Label seq-ID: 1 - 258

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	(S)-hydroxynitrile lyase / (S)-acetone-cyanohydrin lyase / Oxynitrilase 分子量: 29312.488 Da / 分子数: 8 / 変異: K176P, K199P, K224P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Manihot esculenta (キャッサバ) / 遺伝子: HNL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52705, (S)-hydroxynitrile lyase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25%(v/v) PEG 3350, 0.1M Tris/HCl (pH 8.5), 0.2M Ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月11日
放射	モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.88→100 Å / Num. obs: 41899 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DWP

1dwp

解像度: 2.88→15.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 16.684 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23785	2100	5 %	RANDOM
R_work	0.20427	-	-	-
all	0.20597	41899	-	-
obs	0.20597	39489	95.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.037 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→15.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16544	0	0	0	16544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	16976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	16112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.506	1.95	23080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.44	3	37152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.376	5	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.566	24.536	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.869	15	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.743	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	19016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	3880

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17123	0.06
1	2	B	17123	0.06
2	1	A	17112	0.07
2	2	C	17112	0.07
3	1	A	17090	0.06
3	2	D	17090	0.06
4	1	A	16945	0.07
4	2	E	16945	0.07
5	1	A	16888	0.07
5	2	F	16888	0.07
6	1	A	16997	0.07
6	2	G	16997	0.07
7	1	A	16874	0.07
7	2	H	16874	0.07
8	1	B	17076	0.07
8	2	C	17076	0.07
9	1	B	16961	0.07
9	2	D	16961	0.07
10	1	B	16908	0.08
10	2	E	16908	0.08
11	1	B	16821	0.08
11	2	F	16821	0.08
12	1	B	16902	0.08
12	2	G	16902	0.08
13	1	B	16769	0.08
13	2	H	16769	0.08
14	1	C	17015	0.07
14	2	D	17015	0.07
15	1	C	16825	0.08
15	2	E	16825	0.08
16	1	C	16833	0.08
16	2	F	16833	0.08
17	1	C	16904	0.07
17	2	G	16904	0.07
18	1	C	16787	0.08
18	2	H	16787	0.08
19	1	D	16771	0.08
19	2	E	16771	0.08
20	1	D	16820	0.08
20	2	F	16820	0.08
21	1	D	16886	0.07
21	2	G	16886	0.07
22	1	D	16777	0.08
22	2	H	16777	0.08
23	1	E	16841	0.08
23	2	F	16841	0.08
24	1	E	16979	0.07
24	2	G	16979	0.07
25	1	E	16842	0.08
25	2	H	16842	0.08
26	1	F	17122	0.06
26	2	G	17122	0.06
27	1	F	16789	0.08
27	2	H	16789	0.08
28	1	G	16862	0.07
28	2	H	16862	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.882→2.954 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	105	-
R_work	0.309	2183	-
obs	-	-	73.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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