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- PDB-3x3b: Crystal structure of the light-driven sodium pump KR2 in acidic state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x3b
タイトルCrystal structure of the light-driven sodium pump KR2 in acidic state
要素Sodium pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / light-driven sodium pump
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Dokdonia eikasta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kato, H.E. / Inoue, K. / Abe-Yoshizumi, R. / Kato, Y. / Ono, H. / Konno, M. / Ishizuka, T. / Hoque, M.R. / Hososhima, S. / Kunitomo, H. ...Kato, H.E. / Inoue, K. / Abe-Yoshizumi, R. / Kato, Y. / Ono, H. / Konno, M. / Ishizuka, T. / Hoque, M.R. / Hososhima, S. / Kunitomo, H. / Ito, J. / Yoshizawa, S. / Yamashita, K. / Takemoto, M. / Nishizawa, T. / Taniguchi, R. / Kogure, K. / Maturana, A.D. / Iino, Y. / Yawo, H. / Ishitani, R. / Kandori, H. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural basis for Na(+) transport mechanism by a light-driven Na(+) pump
著者: Kato, H.E. / Inoue, K. / Abe-Yoshizumi, R. / Kato, Y. / Ono, H. / Konno, M. / Hososhima, S. / Ishizuka, T. / Hoque, M.R. / Kunitomo, H. / Ito, J. / Yoshizawa, S. / Yamashita, K. / Takemoto, M. ...著者: Kato, H.E. / Inoue, K. / Abe-Yoshizumi, R. / Kato, Y. / Ono, H. / Konno, M. / Hososhima, S. / Ishizuka, T. / Hoque, M.R. / Kunitomo, H. / Ito, J. / Yoshizawa, S. / Yamashita, K. / Takemoto, M. / Nishizawa, T. / Taniguchi, R. / Kogure, K. / Maturana, A.D. / Iino, Y. / Yawo, H. / Ishitani, R. / Kandori, H. / Nureki, O.
履歴
登録2015年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年5月27日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1336
ポリマ－32,8951
非ポリマー1,2385
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子

A: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,26612
ポリマ－65,7902
非ポリマー2,47610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_885-x+3,-y+3,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.582, 81.544, 233.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Sodium pumping rhodopsin


分子量: 32894.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N0DKS8
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4
詳細: 42% PEG200, 0.1M sodium acetate pH 4.0, 0.05M MgCl2, lipidic cubic phase, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 18137 / Num. obs: 17741 / % possible obs: 97.8 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.29-2.43196.2
2.43-2.59199.9
2.59-2.8199.9
2.8-3.071100
3.07-3.42199.8
3.42-3.95199.8
3.95-4.83185.5
4.83-6.78199.6
6.78-50196.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DDL

3ddl


解像度: 2.3→40.561 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1516 8.65 %RANDOM
Rwork0.2072 ---
obs0.2107 17533 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2142 0 57 57 2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0053044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.163782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004374
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.37420.32931370.254145199
2.3742-2.45910.30741350.23661441100
2.4591-2.55750.27211390.23411458100
2.5575-2.67390.26591370.20731442100
2.6739-2.81480.25751380.20871459100
2.8148-2.99110.23541390.1981469100
2.9911-3.2220.28291380.20981460100
3.222-3.54610.27231400.20131473100
3.5461-4.05880.23431420.2054150399
4.0588-5.11210.23051220.2003128686
5.1121-40.5670.21291490.1986157598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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