PDB-3x04: Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with GMPPNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3x04

タイトル

Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with GMPPNP

要素

Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

キーワード

TRANSFERASE / LIPID KINASE / PHOSPHOINOSITIDE SIGNALING

機能・相同性

機能・相同性情報

1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Takeuchi, K. / Lo, Y.H. / Sumita, K. / Senda, M. / Terakawa, J. / Dimitoris, A. / Locasale, J.W. / Sasaki, M. / Yoshino, H. / Zhang, Y. ...

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: The Lipid Kinase PI5P4K beta Is an Intracellular GTP Sensor for Metabolism and Tumorigenesis
著者: Sumita, K. / Lo, Y.H. / Takeuchi, K. / Senda, M. / Kofuji, S. / Ikeda, Y. / Terakawa, J. / Sasaki, M. / Yoshino, H. / Majd, N. / Zheng, Y. / Kahoud, E.R. / Yokota, T. / Emerling, B.M. / ...

履歴

登録	2014年10月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3x04.cif.gz	275.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3x04.ent.gz	224.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3x04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3x04_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3x04_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3x04_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	3x04_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/3x04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/3x04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wzzSC 3x01C 3x02C 3x03C 3x05C 3x06C 3x07C 3x08C 3x09C 3x0aC 3x0bC 3x0cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3x0a-d 6ym4-d 3x06-d 6ym5-d 3x0c-d 3x07-d 2ybx-d 3x09-d 1zc3-d 3wzz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

ヘテロ分子

91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.804, 185.222, 106.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II beta / PI(5)P 4-kinase type II beta / PIP4KII-beta / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-beta 分子量: 44928.902 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 31-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2B / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) 参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月11日
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→94.454 Å / Num. obs: 33027 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 70.82 Å²
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WZZ

3wzz

解像度: 2.6→94.45 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 26.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	1648	4.99 %	Random
R_work	0.229	-	-	-
obs	0.231	33027	97.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.42 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.4789 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.3688 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.8477 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→94.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5035	0	120	17	5172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.236	7124
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.687	1996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	772
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	894

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6001-2.6389	0.5334	143	0.4706	2672	100
2.6389-2.6802	0.4754	141	0.4706	2675	100
2.6802-2.7241	0.6656	136	0.4697	2623	100
2.7241-2.7711	0.4421	137	0.3954	2693	100
2.7711-2.8215	0.4296	142	0.3767	2643	100
2.8215-2.8757	0.4097	134	0.334	2660	100
2.8757-2.9345	0.294	139	0.3296	2672	100
2.9345-2.9983	0.4076	138	0.2845	2655	100
2.9983-3.068	0.343	139	0.2696	2659	100
3.068-3.1447	0.2655	140	0.2482	2675	100
3.1447-3.2298	0.3003	141	0.2332	2652	100
3.2298-3.3248	0.2776	138	0.2337	2680	100
3.3248-3.4321	0.295	142	0.2222	2670	100
3.4321-3.5548	0.3388	143	0.2327	2635	100
3.5548-3.6971	0.3067	141	0.2692	2638	99
3.6971-3.8654	0.237	140	0.2218	2632	100
3.8654-4.0692	0.2342	142	0.1962	2650	99
4.0692-4.3241	0.2146	134	0.1814	2650	99
4.3241-4.658	0.2428	140	0.1565	2659	100
4.658-5.1267	0.1725	138	0.1486	2640	99
5.1267-5.8685	0.2147	140	0.1682	2646	99
5.8685-7.3932	0.284	135	0.1919	2622	98
7.3932-94.5162	0.2341	88	0.2285	1624	61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8329	0.4407	1.6921	3.6704	0.8031	4.6194	-0.2512	0.1814	-0.21	-0.2148	0.6163	-0.0839	0.0953	0.57	-0.3094	0.3	-0.0539	0.0886	0.4521	-0.0709	0.2732	42.7653	38.655	-12.5932
2	8.602	-0.3782	-0.64	5.7956	1.2782	6.1438	-0.3812	-0.4557	0.3899	0.1606	0.4608	0.4042	-0.0927	0.2497	-0.121	0.3328	-0.0075	0.0493	0.4579	-0.0501	0.3853	41.1115	47.4061	-2.2945
3	3.3276	0.0049	-0.0044	3.7986	1.7699	3.2038	-0.4509	0.4284	0.6308	-0.3394	0.6451	-0.3566	-0.2072	1.2149	-0.2008	0.3658	-0.2269	0.1295	0.6663	-0.0814	0.3747	51.1785	51.0588	-7.1661
4	7.3525	1.1008	-1.4406	5.8435	0.3454	8.6319	-0.487	0.3769	2.1122	-0.7175	0.6775	0.4423	-1.6379	0.3166	-0.2208	0.7675	-0.1378	-0.0456	0.524	0.0173	0.951	47.3671	73.1331	1.5211
5	4.849	-0.3082	-3.6343	4.0051	-0.2899	6.5171	-0.5305	1.0977	-0.0064	-0.4733	0.6256	-0.9056	0.1203	0.4707	-0.0351	0.3902	-0.2941	0.0876	1.0609	-0.2707	0.7573	63.1699	60.7304	0.1194
6	7.7578	0.2049	-1.9948	5.1146	1.0824	6.7122	-0.284	-0.3184	0.9494	0.4234	0.6326	-0.3725	-0.286	0.3978	-0.2587	0.4173	-0.0166	-0.0239	0.4122	-0.1629	0.5691	49.5687	63.0113	8.9618
7	6.4816	2.6305	-1.4832	3.0722	0.1993	5.2476	0.023	0.1803	-0.1042	-0.1865	0.2678	-0.303	-0.1809	0.6676	-0.2539	0.3244	0.0305	0.0279	0.3159	-0.0905	0.2668	35.4393	25.6501	-17.1144
8	7.6394	0.2297	2.1657	2.9701	-0.6965	5.9879	-0.1262	0.4822	-0.6585	-0.2856	0.1786	0.111	0.4931	0.2374	-0.0601	0.5986	-0.0344	0.0083	0.2822	-0.1164	0.4502	30.2426	13.8197	-17.625
9	2.4698	-0.3925	0.0983	3.8143	0.186	2.4566	-0.112	0.611	-1.12	-0.6212	0.5087	0.1813	1.496	0.173	-0.0846	1.099	-0.0512	-0.0961	0.4511	-0.3355	0.6668	27.8593	0.1888	-21.7005
10	0.9468	0.1196	-1.5256	3.8796	-0.3731	2.7049	0.4353	0.4802	-1.0299	-1.1761	0.066	0.3435	1.8443	-0.3225	-0.3454	1.4707	-0.1176	-0.3972	0.3194	-0.2414	1.0123	25.0174	-4.9424	-16.5916

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 33:109)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 110:153)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 154:212)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 213:253)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 254:279)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 280:416)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 33:109)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 110:173)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 174:273)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 274:416)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)