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- PDB-3x03: Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x03
タイトルCrystal structure of PIP4KIIBETA complex with AMPPNP
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
キーワードTRANSFERASE / LIPID KINASE / PHOSPHOINOSITIDE SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process ...1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / autophagosome / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. ...Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Takeuchi, K. / Lo, Y.H. / Sumita, K. / Senda, M. / Terakawa, J. / Dimitoris, A. / Locasale, J.W. / Sasaki, M. / Yoshino, H. / Zhang, Y. ...Takeuchi, K. / Lo, Y.H. / Sumita, K. / Senda, M. / Terakawa, J. / Dimitoris, A. / Locasale, J.W. / Sasaki, M. / Yoshino, H. / Zhang, Y. / Kahoud, E.R. / Takano, T. / Yokota, T. / Emerling, B. / Asara, J.A. / Ishida, T. / Shimada, I. / Daikoku, T. / Cantley, L.C. / Senda, T. / Sasaki, A.T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: The Lipid Kinase PI5P4K beta Is an Intracellular GTP Sensor for Metabolism and Tumorigenesis
著者: Sumita, K. / Lo, Y.H. / Takeuchi, K. / Senda, M. / Kofuji, S. / Ikeda, Y. / Terakawa, J. / Sasaki, M. / Yoshino, H. / Majd, N. / Zheng, Y. / Kahoud, E.R. / Yokota, T. / Emerling, B.M. / ...著者: Sumita, K. / Lo, Y.H. / Takeuchi, K. / Senda, M. / Kofuji, S. / Ikeda, Y. / Terakawa, J. / Sasaki, M. / Yoshino, H. / Majd, N. / Zheng, Y. / Kahoud, E.R. / Yokota, T. / Emerling, B.M. / Asara, J.M. / Ishida, T. / Locasale, J.W. / Daikoku, T. / Anastasiou, D. / Senda, T. / Sasaki, A.T.
履歴
登録2014年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3765
ポリマ－89,8582
非ポリマー1,5193
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area30680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.637, 182.980, 105.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II beta / PI(5)P 4-kinase type II beta / PIP4KII-beta / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-beta


分子量: 44928.902 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 31-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2B / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌)
参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月24日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→91.49 Å / Num. obs: 29012 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 75.03 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WZZ

3wzz


解像度: 2.7→53.18 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 27.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1454 5.01 %Random
Rwork0.234 ---
obs0.236 29012 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.08 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 98.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3988 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.2137 Å20 Å2
3----2.1851 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→53.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5119 0 93 25 5237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0195336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.3817203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4862005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007910
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.74660.47831410.43592661100
2.7466-2.79650.47871400.4119268199
2.7965-2.85030.50261380.3902260499
2.8503-2.90850.52741380.4262264799
2.9085-2.97170.50231410.3652266099
2.9717-3.04080.36921370.3198264599
3.0408-3.11690.36031420.2809265799
3.1169-3.20110.36131410.2652262699
3.2011-3.29530.2841410.24462671100
3.2953-3.40170.33811400.23462654100
3.4017-3.52320.30841400.21512641100
3.5232-3.66430.23881410.21172650100
3.6643-3.8310.27031400.20062643100
3.831-4.03290.22691380.1931263899
4.0329-4.28550.21991400.1824263199
4.2855-4.61620.19081390.15162664100
4.6162-5.08040.16081440.13412661100
5.0804-5.81480.26151420.16162649100
5.8148-7.32290.24621350.19832657100
7.3229-53.19460.19421120.1909219382
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.59471.94923.36363.77131.48755.38720.13740.0275-0.18220.05060.277-0.16850.38170.4979-0.340.36880.10980.05050.4518-0.00960.304142.347338.3553-12.6546
26.9714-0.40382.83997.37261.59088.16720.5226-1.06380.50560.11730.00840.37290.8466-0.023-0.35410.4070.05830.11410.6668-0.02530.404740.489944.7419-2.3259
37.60380.91971.5724.77880.12492.0916-0.30380.04130.8955-0.40820.6555-0.4328-0.19931.1634-0.27350.398-0.0470.03590.7434-0.16170.388550.970650.9067-8.3588
43.93911.14070.74214.74993.78164.9352-0.2671-0.0660.5703-0.09970.41050.037-0.33220.654-0.17480.3677-0.04150.06160.5550.02820.470346.968257.2216-4.3862
55.82360.6019-3.97865.668-2.4134.8676-0.093-0.02381.96930.53580.46890.1833-0.7346-0.096-0.26540.64960.02650.0450.5846-0.16270.896245.34773.03953.6878
66.68680.62140.13794.76940.74314.8252-0.4599-0.25490.43470.26940.2383-0.004-0.1173-0.01570.14390.4118-0.04610.0120.4953-0.17490.376149.891261.14066.9997
76.08310.3575-0.56275.84022.08196.0326-0.1678-0.67331.03590.02730.8031-0.5566-0.38910.86-0.58870.47970.0154-0.02280.7666-0.24780.77753.931163.17885.9193
87.32842.2723-2.61082.9613-0.26724.4176-0.0093-0.1271-0.0646-0.13950.1343-0.30040.00230.3183-0.11990.40440.07070.01980.4118-0.04840.289135.251725.3158-17.2316
96.59020.60614.14458.8655-6.07788.99920.17640.0038-0.89870.123-0.13440.0960.54930.49730.02980.51480.03520.04820.3554-0.03290.554136.709812.203-14.0976
103.31550.6025-0.48654.34510.07463.0145-0.17030.5351-0.6442-0.41910.31950.11150.9327-0.2689-0.09960.7406-0.0862-0.05680.5408-0.18180.530727.18289.4158-21.452
114.4594-1.19081.50214.1623-0.07832.22310.42340.795-1.6206-0.3575-0.33270.66011.1053-0.0644-0.11831.4757-0.1889-0.05450.728-0.29711.193724.1459-6.7207-22.1736
122.09920.4776-0.73973.1175-0.48642.58050.30680.2485-1.1927-1.12190.07570.1011.8451-0.6909-0.12211.6191-0.1753-0.21040.4948-0.19131.120125.8344-5.6826-15.4813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 32:109)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 110:138)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 139:173)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 174:227)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 228:253)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 254:303)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 304:416)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 33:109)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 110:153)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 154:223)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 224:274)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 275:416)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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