PDB-3wxx: Crystal Structure of a T3SS complex from Aeromonas hydrophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wxx

タイトル

Crystal Structure of a T3SS complex from Aeromonas hydrophila

要素

AcrH
AopB

キーワード

Membrane protein/Chaperone / Translocator / Membrane protein-Chaperone complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Nguyen, V.S. / Jobichen, C. / Sivaraman, J. / Henry, Y.K.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of AcrH-AopB Chaperone-Translocator Complex Reveals a Role for Membrane Hairpins in Type III Secretion System Translocon Assembly
著者: Nguyen, V.S. / Jobichen, C. / Tan, K.W. / Tan, Y.W. / Chan, S.L. / Ramesh, K. / Yuan, Y. / Hong, Y. / Seetharaman, J. / Leung, K.Y. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.

履歴

登録	2014年8月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wxx.cif.gz	254.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wxx.ent.gz	207.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wxx_validation.pdf.gz	479 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wxx_full_validation.pdf.gz	500.9 KB	表示
XML形式データ	3wxx_validation.xml.gz	53.1 KB	表示
CIF形式データ	3wxx_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/3wxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/3wxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rj6-d 5t0n-4 5lt4-2 2b7a-1 6n0m-5 5dj4-5 5t0n-2 1pca-d 4tsd-d 3igx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AcrH

B: AopB

C: AcrH

D: AopB

E: AcrH

F: AopB

G: AcrH

H: AopB

ヘテロ分子

161 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AcrH

B: AopB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: AcrH

D: AopB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: AcrH

F: AopB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: AcrH

H: AopB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.662, 151.942, 106.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	10 - 159	2 - 151
2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	10 - 159	2 - 151
1	2	GLU	GLU	MSE	MSE	A	A	10 - 158	2 - 150
2	2	GLU	GLU	MSE	MSE	E	E	10 - 158	2 - 150
1	3	GLU	GLU	MSE	MSE	A	A	10 - 158	2 - 150
2	3	GLU	GLU	MSE	MSE	G	G	10 - 158	2 - 150
1	4	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	45 - 263	1 - 219
2	4	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	45 - 263	1 - 219
1	5	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	45 - 263	1 - 219
2	5	GLY	GLY	ASP	ASP	F	F	45 - 263	1 - 219
1	6	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	45 - 263	1 - 219
2	6	GLY	GLY	ASP	ASP	H	H	45 - 263	1 - 219
1	7	GLU	GLU	MSE	MSE	C	C	10 - 158	2 - 150
2	7	GLU	GLU	MSE	MSE	E	E	10 - 158	2 - 150
1	8	GLU	GLU	MSE	MSE	C	C	10 - 158	2 - 150
2	8	GLU	GLU	MSE	MSE	G	G	10 - 158	2 - 150
1	9	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	45 - 263	1 - 219
2	9	GLY	GLY	ASP	ASP	F	F	45 - 263	1 - 219
1	10	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	45 - 263	1 - 219
2	10	GLY	GLY	ASP	ASP	H	H	45 - 263	1 - 219
1	11	ASN	ASN	GLU	GLU	E	E	9 - 159	1 - 151
2	11	ASN	ASN	GLU	GLU	G	G	9 - 159	1 - 151
1	12	GLY	GLY	ASP	ASP	F	F	45 - 263	1 - 219
2	12	GLY	GLY	ASP	ASP	H	H	45 - 263	1 - 219

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	AcrH 分子量: 16888.354 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 9-159 / 変異: R107H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: acrH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21De3 / 参照: UniProt: Q6TLM1
#2: タンパク質	AopB 分子量: 23243.404 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 45-263 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: aopB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q6TLM0
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1M Sodium Malonate, 0.1M HEPES, 0.5% Jeffamine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月8日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 48982 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
Auto-Rickshaw		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 11.916 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.685 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25222	2484	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21293	-	-	-
obs	0.21493	46394	93.18 %	-
all	-	49886	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.348 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	-1.19 Å²
2-	-	-4.25 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9660	0	1	56	9717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	9806
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	9614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.991	13216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.249	3	22038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.423	5.008	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.054	25.282	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.337	15	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.292	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.073	6.796	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.073	6.795	5323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.26	10.162	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.151	10.334	6620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.707	7.053	4482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.509	7.126	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.624	10.469	6585
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.763	53.685	11239
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.764	53.695	11231
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8574	0.07
1	2	C	8574	0.07
2	1	A	8599	0.05
2	2	E	8599	0.05
3	1	A	8494	0.07
3	2	G	8494	0.07
4	1	B	8435	0.13
4	2	D	8435	0.13
5	1	B	8586	0.13
5	2	F	8586	0.13
6	1	B	8529	0.12
6	2	H	8529	0.12
7	1	C	8566	0.05
7	2	E	8566	0.05
8	1	C	8574	0.05
8	2	G	8574	0.05
9	1	D	8498	0.13
9	2	F	8498	0.13
10	1	D	8622	0.11
10	2	H	8622	0.11
11	1	E	8554	0.06
11	2	G	8554	0.06
12	1	F	8498	0.13
12	2	H	8498	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	166	-
R_work	0.293	3028	-
obs	-	-	84.86 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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