PDB-3wwj: Crystal structure of an engineered sitagliptin-producing transami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wwj

タイトル

Crystal structure of an engineered sitagliptin-producing transaminase, ATA-117-Rd11

要素

(R)-amine transaminase

キーワード

TRANSFERASE / transaminase / amine-pyruvate aminotransferase / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Multi-domain protein (alpha and beta) / Fold class IV PLP-dependent enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter sp. KNK168 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Guan, L.J. / Ohtsuka, J. / Okai, M. / Miyakawa, T. / Mase, T. / Zhi, Y. / Hou, F. / Ito, N. / Yasohara, Y. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: A new target region for changing the substrate specificity of amine transaminases.
著者: Guan, L.J. / Ohtsuka, J. / Okai, M. / Miyakawa, T. / Mase, T. / Zhi, Y. / Hou, F. / Ito, N. / Iwasaki, A. / Yasohara, Y. / Tanokura, M.

履歴

登録	2014年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3wwj.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3wwj_validation.pdf.gz	568 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wwj_full_validation.pdf.gz	610.3 KB	表示
XML形式データ	3wwj_validation.xml.gz	151.3 KB	表示
CIF形式データ	3wwj_validation.cif.gz	209.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/3wwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/3wwj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3wwhC 3wwiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6snl-2 3wwi-2 6snl-1 4chi-d 6xu3-1 6fte-1 6xwb-1 3wwi-4 3wwi-6 6xwb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: (R)-amine transaminase

B: (R)-amine transaminase

C: (R)-amine transaminase

D: (R)-amine transaminase

E: (R)-amine transaminase

F: (R)-amine transaminase

G: (R)-amine transaminase

H: (R)-amine transaminase

I: (R)-amine transaminase

J: (R)-amine transaminase

K: (R)-amine transaminase

L: (R)-amine transaminase

ヘテロ分子

442 kDa, 12 ポリマー
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1

A: (R)-amine transaminase

B: (R)-amine transaminase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: (R)-amine transaminase

E: (R)-amine transaminase

ヘテロ分子

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3

D: (R)-amine transaminase

F: (R)-amine transaminase

ヘテロ分子

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4

G: (R)-amine transaminase

H: (R)-amine transaminase

ヘテロ分子

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5

I: (R)-amine transaminase

K: (R)-amine transaminase

ヘテロ分子

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6

J: (R)-amine transaminase

L: (R)-amine transaminase

ヘテロ分子

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73.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.010, 133.540, 195.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	(R)-amine transaminase / R-stereoselective-transaminase 分子量: 36607.051 Da / 分子数: 12 / 変異: multiple mutations / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter sp. KNK168 (バクテリア) 遺伝子: TAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: F7J696, EC: 2.1.6.18
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, 18% PEG 3350, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 235818 / Num. obs: 224341 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.2→2.4 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 8.104 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21267	10186	5 %	RANDOM
R_work	0.16791	-	-	-
obs	0.17017	191772	96.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.021 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30165	0	192	1802	32159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	31206
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	28983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.967	42686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.758	3	66679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.073	5	3862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.329	23.527	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.028	15	4771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.018	15	242
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	4765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	35476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.171	671	-
R_work	0.113	13255	-
obs	-	-	90.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2294	0.0415	-0.1275	0.266	-0.0762	0.3783	-0.0733	0.0446	-0.0225	-0.0155	0.0813	-0.0646	0.0461	-0.0427	-0.0079	0.2862	-0.0106	-0.0195	0.0369	-0.0375	0.057	-0.871	-0.971	33.748
2	0.1677	0.1275	-0.1137	0.2881	0.0757	0.4275	-0.0204	-0.0076	-0.0123	0.0152	0.0546	0.0111	0.0373	0.0246	-0.0341	0.2946	0.0048	-0.0418	0.0319	0.0019	0.0571	-16.897	-1.315	63.055
3	0.2834	0.1339	-0.1348	0.1001	-0.0231	0.6193	0.0044	0.0694	0.0506	0.0609	-0.0032	0.022	0.1105	-0.0144	-0.0012	0.1826	0.0329	-0.0349	0.1562	-0.0047	0.0363	12.447	13.919	-9.865
4	0.2693	0.03	-0.1116	0.2193	-0.2177	0.4837	-0.0958	-0.0071	0.0183	-0.053	0.0381	-0.0547	0.0547	-0.0513	0.0576	0.2456	-0.0313	-0.0178	0.049	-0.0069	0.0581	-29.672	13.713	107.1
5	0.2908	0.3333	0.0193	0.4646	0.2911	1.1117	-0.0375	0.0919	0.084	-0.0219	0.1321	0.0766	0.0043	0.2895	-0.0945	0.1249	0.0325	-0.0132	0.2807	-0.0161	0.0349	33.001	25.361	-33.597
6	0.5391	-0.1114	-0.4033	0.3757	-0.2351	0.6054	-0.011	-0.0607	0.0362	0.0342	0.1091	0.0409	-0.0408	-0.0551	-0.0981	0.2137	0.0395	-0.0009	0.0989	0.0275	0.0631	-49.904	25.243	131.093
7	0.3894	-0.0892	-0.3406	0.2792	0.175	0.3395	0.0354	0.1314	0.0446	0.0325	0.0179	-0.0116	-0.0237	-0.0973	-0.0533	0.224	0.0308	-0.046	0.0916	0.0158	0.0664	-24.488	39.483	53.062
8	0.3297	0.1319	-0.215	0.3932	-0.098	0.1869	-0.0255	-0.0313	-0.001	-0.0448	0.0719	-0.0565	-0.0052	0.0169	-0.0464	0.2075	0.0033	-0.0366	0.0721	-0.0387	0.0946	8.252	39.305	46.27
9	0.6541	-0.1152	-0.318	0.112	0.2239	0.5848	0.1152	0.0344	0.1647	0.0151	-0.0456	-0.0027	-0.0096	0.0127	-0.0697	0.2008	-0.0146	-0.0217	0.103	-0.0376	0.0888	28.784	46.359	12.443
10	0.4858	0.0068	-0.1566	0.0252	-0.1314	1.0821	0.1041	0.0621	-0.0334	0.0517	0.0052	-0.0075	-0.2175	-0.1379	-0.1093	0.2474	0.0471	-0.0476	0.0619	0.0323	0.0734	-45.496	48.121	86.185
11	0.9464	-0.1745	-0.1335	0.232	0.1029	0.0969	0.0762	0.1877	0.0811	0.0945	-0.0625	-0.0204	0.0161	0.0508	-0.0137	0.1179	-0.0176	-0.0501	0.2082	0.0042	0.0677	57.436	33.913	0.726
12	1.2608	-0.4956	-0.0424	0.4846	-0.1179	0.1919	0.0289	-0.0744	-0.2651	-0.0676	0.031	0.0336	-0.0676	-0.2562	-0.0599	0.1079	0.1841	0.0604	0.5365	0.2152	0.1648	-74.222	36.144	97.942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 330
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 330
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 330
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	9 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	10 - 330
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	9 - 330
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	10 - 330
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	10 - 330
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	11 - 330
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	12 - 330
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	11 - 330
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	13 - 330

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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