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万見
- PDB-3wwg: Crystal structure of the N-glycan-deficient variant N448A of isop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wwg
タイトルCrystal structure of the N-glycan-deficient variant N448A of isopullulanase complexed with isopanose
要素Isopullulanase
キーワードHYDROLASE / beta-helix / glycoside hydrolase family 49
機能・相同性
機能・相同性情報


isopullulanase / isopullulanase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Dex49a from penicillium minioluteum complex, domain 1 / Dextranase, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 49, C-terminal / Glycoside hydrolase, family 49, N-terminal domain / Dextranase, N-terminal / Isopullulanase beta-solenoid repeat / Dextranase, beta solenoid repeat / Glycosyl hydrolase family 49 / Glycosyl hydrolase family 49 N-terminal Ig-like domain / Isopullulanase beta-solenoid repeat ...Dex49a from penicillium minioluteum complex, domain 1 / Dextranase, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 49, C-terminal / Glycoside hydrolase, family 49, N-terminal domain / Dextranase, N-terminal / Isopullulanase beta-solenoid repeat / Dextranase, beta solenoid repeat / Glycosyl hydrolase family 49 / Glycosyl hydrolase family 49 N-terminal Ig-like domain / Isopullulanase beta-solenoid repeat / Beta solenoid repeat from Dextranase / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Isopullulanase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Miyazaki, T. / Yashiro, H. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2015
タイトル: The side chain of a glycosylated asparagine residue is important for the stability of isopullulanase
著者: Miyazaki, T. / Yashiro, H. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopullulanase
B: Isopullulanase
C: Isopullulanase
D: Isopullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,74638
ポリマ－239,9834
非ポリマー7,76334
水11,223623
1
A: Isopullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7659
ポリマ－59,9961
非ポリマー1,7708
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isopullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8869
ポリマ－59,9961
非ポリマー1,8918
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Isopullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,32911
ポリマ－59,9961
非ポリマー2,33310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Isopullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7659
ポリマ－59,9961
非ポリマー1,7708
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.400, 108.100, 116.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Isopullulanase


分子量: 59995.695 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 20-564 / 変異: N448A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: ATCC 9642 / 遺伝子: ipuA / プラスミド: pHIL-S1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: O00105, isopullulanase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 10% PEG8000, 50mM sodium acetate buffer, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 114159 / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X0C

1x0c


解像度: 2.2→34.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22366 5738 5 %RANDOM
Rwork0.18254 ---
obs0.18458 108391 97.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.857 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16694 0 494 623 17811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0217675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0215603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.95524207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.735335679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48152147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.68624.774817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.182152434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5781564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.22722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02120406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.024218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 443 -
Rwork0.246 7456 -
obs--91.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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