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万見
- PDB-3wvr: Structure of ATP grasp protein with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wvr
タイトルStructure of ATP grasp protein with AMP
要素PGM1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ATP grasp domain / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pre ATP-grasp domain / PGM1 C-terminal domain / PGM1 C-terminal domain / Pre ATP-grasp domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PGM1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces cirratus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 単波長異常分散 / 解像度: 2.175 Å
データ登録者Matsui, T. / Noike, M. / Ooya, K. / Sasaki, I. / Hamano, Y. / Maruyama, C. / Ishikawa, J. / Satoh, Y. / Ito, H. / Dairi, T. / Morita, H.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: A peptide ligase and the ribosome cooperate to synthesize the peptide pheganomycin.
著者: Noike, M. / Matsui, T. / Ooya, K. / Sasaki, I. / Ohtaki, S. / Hamano, Y. / Maruyama, C. / Ishikawa, J. / Satoh, Y. / Ito, H. / Morita, H. / Dairi, T.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PGM1
B: PGM1
C: PGM1
D: PGM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,23125
ポリマ－194,4654
非ポリマー2,76721
水8,053447
1
A: PGM1
D: PGM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,44012
ポリマ－97,2322
非ポリマー1,20810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PGM1
C: PGM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,79113
ポリマ－97,2322
非ポリマー1,55911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: PGM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9044
ポリマ－48,6161
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: PGM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2525
ポリマ－48,6161
非ポリマー6354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: PGM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5408
ポリマ－48,6161
非ポリマー9247
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: PGM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5368
ポリマ－48,6161
非ポリマー9207
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.600, 86.720, 94.140
Angle α, β, γ (deg.)73.870, 86.060, 68.230
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
PGM1


分子量: 48616.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cirratus (バクテリア)
株: MD227-A9 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0A6YVN3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.1, 1.25M Lithium Sulfate, 10mM AMPPNP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.17 Å / Num. obs: 112313 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 29.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 8.04
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.17-2.30.7910.7532.086641418653173180.87492.8
2.3-2.460.890.5352.866725817455170400.61997.6
2.46-2.660.9270.4073.696279116274159480.47198
2.66-2.910.9640.2685.255792615006147350.3198.2
2.91-3.260.9850.1538.325210513562133640.17798.5
3.26-3.760.9930.09113.054555011990118270.10698.6
3.76-4.590.9950.06617.36376451010199750.07698.8
4.59-6.460.9950.06118.6429129785077720.07199
6.460.9970.0522.6216326439343340.05898.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: molecular replacement-SAD
開始モデル: 3WVQ

3wvq


解像度: 2.175→45.184 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.02 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 5580 5 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2039 111585 97.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 234.59 Å2 / Biso mean: 39.5202 Å2 / Biso min: 14.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.175→45.184 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12974 0 160 447 13581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15618278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051999
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0954793
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1745-2.19930.38761520.32922874302679
2.1993-2.22510.34661880.29253579376797
2.2251-2.25230.35081850.28513497368297
2.2523-2.28080.30231880.27253586377497
2.2808-2.31080.3561860.27353537372398
2.3108-2.34240.28941880.26993572376097
2.3424-2.37590.33041860.25723519370598
2.3759-2.41140.30221890.25553596378598
2.4114-2.4490.31781850.24833505369098
2.449-2.48920.28791890.23913594378398
2.4892-2.53210.31271870.25423546373398
2.5321-2.57810.32461880.2433585377398
2.5781-2.62770.36561890.2493579376898
2.6277-2.68140.27831890.23523590377998
2.6814-2.73970.28721860.2313543372998
2.7397-2.80340.28061900.22233591378198
2.8034-2.87350.27571890.21583606379598
2.8735-2.95110.24091870.21283552373998
2.9511-3.0380.26211870.22423542372998
3.038-3.1360.29451890.21683599378898
3.136-3.24810.26341870.2123544373198
3.2481-3.37810.20991880.19523575376398
3.3781-3.53180.24591880.18853567375598
3.5318-3.71790.23081870.17883551373898
3.7179-3.95070.2091840.16673506369097
3.9507-4.25550.18991860.15533537372397
4.2555-4.68340.17331860.14393517370397
4.6834-5.36010.20511870.14923556374398
5.3601-6.74960.20641860.18653547373397
6.7496-45.19330.16731840.16423513369796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72930.43320.38850.89840.21680.75720.0051-0.0494-0.00930.03510.04550.1477-0.0001-0.266100.26480.00940.00130.4409-0.06580.381639.249723.908616.8855
21.452-0.08450.50862.71020.45052.36260.0035-0.1453-0.15880.42020.06330.00260.21950.051200.35810.00620.00160.32290.0030.299167.37222.946436.631
32.38070.27060.41841.05310.38981.304-0.0673-0.440.65630.1719-0.10210.2728-0.3422-0.2686-0.02230.44670.03510.03090.3497-0.04120.419649.377841.682123.9352
41.9638-1.152-0.11071.52250.53731.26090.11640.2471-0.2019-0.0657-0.0256-0.04550.072-0.2321-00.1639-0.0335-0.00930.339-0.06280.29128.892324.426-18.8357
51.5159-0.0301-0.75670.85680.56251.8335-0.01170.16070.0391-0.23920.00590.1051-0.1938-0.0323-00.2144-0.0107-0.02160.184-0.03480.179657.72427.4905-32.7091
62.7947-0.7532-0.57031.16150.97491.6562-0.01430.4922-0.5909-0.1653-0.1320.2960.2431-0.2859-0.02240.3444-0.0232-0.05530.2797-0.08270.388642.70627.9208-25.17
71.972-0.1619-0.23210.70370.35770.55370.0430.3742-0.0723-0.05170.0194-0.14430.00260.128800.17420.0251-0.00070.2219-0.02630.218476.9140.2392-18.5341
80.4691-0.63290.1631.51540.29421.28780.06560.1244-0.0309-0.15120.01060.1416-0.2393-0.1637-00.29120.0584-0.00510.2816-0.03280.278346.691653.2214-18.4036
91.769-0.10180.57720.4750.07251.57360.01670.0990.20210.067-0.0381-0.0445-0.1616-0.065200.2134-0.01690.00340.1705-0.02170.208363.358144.8395-2.9268
102.6995-0.0346-0.29591.96620.83011.11550.01640.09990.5464-0.14980.0237-0.1367-0.2366-0.11700.2497-0.0139-0.03720.2369-0.07410.382180.694958.6006-1.9286
110.304-0.0448-0.19130.1144-0.0960.2464-0.42660.28990.52740.0450.13480.19-0.8231-0.47340.00170.3750.0102-0.13240.2075-0.14040.621579.828368.5607-0.274
122.34680.1170.24470.70270.1430.49560.072-0.2901-0.00410.0829-0.0305-0.13960.0350.091-00.1731-0.0149-0.00270.2187-0.05050.25483.53859.47217.0251
130.64010.4515-0.5791.7910.09431.11460.0913-0.1229-0.14250.2099-0.03680.12810.2997-0.004200.2774-0.0487-0.010.2937-0.08580.419453.4386-3.495416.7496
142.2392-1.3817-0.71371.65270.55710.70160.01350.1887-0.3849-0.0609-0.10440.1120.1288-0.0836-00.23650.0147-0.00420.2504-0.03760.268577.2692-0.4664-0.5292
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:151 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 152:249 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 250:430 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 1:118 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 119:249 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 250:428 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resid 1:164 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resid 165:249 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resid 250:344 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain C and (resid 345:424 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and (resid 425:433 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and (resid 1:164 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain D and (resid 165:249 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain D and (resid 250:430 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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