PDB-3wv7: HcgE from Methanothermobacter marburgensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wv7

タイトル

HcgE from Methanothermobacter marburgensis

要素

Hmd co-occurring protein HcgE

キーワード

TRANSFERASE / E1 enzyme superfamily / UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold / Adenylyltransferase / ATP binding

機能・相同性

Uncharacterised conserved protein UCP006529, dinucleotide-utilising ThiF/HesA / ATP binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Hmd co-occurring protein HcgE

機能・相同性情報

生物種

Methanothermobacter marburgensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Protein-pyridinol thioester precursor for biosynthesis of the organometallic acyl-iron ligand in [Fe]-hydrogenase cofactor
著者: Fujishiro, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2014年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wv7.cif.gz	241.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wv7.ent.gz	195.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wv7_validation.pdf.gz	751.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wv7_full_validation.pdf.gz	759.2 KB	表示
XML形式データ	3wv7_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	3wv7_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wv8C 3wv9C 3wvaC 3wvbC 3wvcC 1zudS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wv9-6 2xqr-5 3wv9-7 7dk8-d 3wv9-5 6avh-1 6obp-d 6avh-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hmd co-occurring protein HcgE

B: Hmd co-occurring protein HcgE

C: Hmd co-occurring protein HcgE

ヘテロ分子

71.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.390, 73.520, 68.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 210 / Label seq-ID: 10 - 210

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Hmd co-occurring protein HcgE 分子量: 23738.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter marburgensis (古細菌) 株: DSM 2133 / 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg / 遺伝子: hcgE, MTBMA_c15310 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: D9PY12, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15%(w/v) PEG6000, 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月10日

放射

モノクロメーター: Si(111)double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 78396 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.35 % / B_iso Wilson estimate: 29.534 Å² / R_merge(I) obs: 0.028 / Χ²: 1.035 / Net I/σ(I): 24.03

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.85		0.942	0.267	5.41	92753	27867	27667	0.318	99.3
1.85-2		0.986	0.114	12.06	36069	10648	10523	0.135	98.8
2-2.3		0.995	0.056	20.64	44978	13847	13672	0.067	98.7
2.3-2.8		0.998	0.031	34.71	40214	11905	11812	0.037	99.2
2.8-3.3		0.999	0.02	50.34	19458	5787	5722	0.024	98.9
3.3-4.3		0.999	0.016	61.4	15521	5014	4876	0.019	97.2
4.3-5.9		1	0.012	79.91	8444	2549	2508	0.015	98.4
5.9-8		0.999	0.014	72.6	2953	973	956	0.017	98.3
8-12		1	0.012	86.62	1535	475	459	0.014	96.6
	12	0.999	0.012	88.41	664	214	201	0.015	93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0071	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZUD

1zud

解像度: 1.6→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.349 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1987	3936	5 %	RANDOM
R_work	0.1654	-	-	-
obs	0.1671	78334	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.09 Å² / B_iso mean: 27.257 Å² / B_iso min: 12.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	-0.14 Å²
2-	-	0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4572	0	27	366	4965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.019	4670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.308	1.984	6330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.815	5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.239	24	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.554	15	807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.729	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.183	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.161	1.71	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.092	2.553	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.817	2.132	2261

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	239	0.11
1	2	B	239	0.11
2	1	A	241	0.09
2	2	C	241	0.09
3	1	B	240	0.11
3	2	C	240	0.11

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	274	-
R_work	0.234	5466	-
all	-	5740	-
obs	-	-	99.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7517	0.3559	-0.0403	0.9033	0.0451	1.0975	-0.0177	0.0102	-0.1959	-0.0685	-0.0414	0.0109	0.1458	0.1274	0.0591	0.0528	0.0281	-0.0089	0.031	0.0097	0.0451	56.443	32.1672	46.8058
2	1.223	0.3523	-0.119	0.7488	0.3665	1.2259	-0.0451	-0.0316	0.1347	-0.0308	-0.0196	0.1376	-0.0921	-0.0194	0.0647	0.033	0.0073	-0.0291	0.0121	0.0029	0.0617	50.3192	48.1051	49.7878
3	0.7309	-0.0411	0.5322	0.8439	0.1547	1.6541	0.0731	0.0453	-0.0586	0.06	0.0091	0.0098	0.3734	-0.0824	-0.0822	0.1247	-0.0373	-0.0257	0.0547	-0.0163	0.0207	31.6316	25.0367	26.2721
4	0.5869	-0.0566	-0.021	0.5326	-0.4992	2.5974	-0.0288	0.0343	0.0401	0.0396	-0.0182	-0.0297	-0.1277	-0.0747	0.0471	0.0473	-0.0086	-0.0222	0.063	0.0004	0.0188	35.377	41.0953	20.1499
5	1.4414	0.0463	-0.3028	1.0308	-0.2198	1.1027	-0.0871	-0.0076	-0.1849	-0.0241	0.0044	-0.0813	0.1412	0.0572	0.0827	0.0382	-0.0017	0.0014	0.0139	0.0179	0.0535	26.5021	27.9202	56.1547
6	1.735	-0.237	-0.6262	0.3186	0.0693	0.7391	0.051	0.1761	0.0767	-0.0299	-0.0128	-0.0305	-0.0359	-0.1394	-0.0382	0.0345	-0.0007	-0.0107	0.0721	0.0252	0.0218	18.3755	43.3102	51.7836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	135 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	10 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	114 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	10 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	100 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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