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- PDB-3wuw: KIR3DL1 in complex with HLA-B*57:01.I80T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wuw
タイトルKIR3DL1 in complex with HLA-B*57:01.I80T
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
  • Peptide
キーワードPROTEIN BINDING / Immune receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / CD22 mediated BCR regulation / regulation of T cell anergy ...HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / CD22 mediated BCR regulation / regulation of T cell anergy / IgG immunoglobulin complex / regulation of interleukin-6 production / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / natural killer cell mediated cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / TAP binding / FCGR activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / detection of bacterium / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / Regulation of Complement cascade / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / FCGR3A-mediated phagocytosis / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / FCERI mediated NF-kB activation / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / blood microparticle
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vivian, J.P. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014
タイトル: Mutational and structural analysis of KIR3DL1 reveals a lineage-defining allotypic dimorphism that impacts both HLA and peptide sensitivity
著者: O'connor, G.M. / Vivian, J.P. / Widjaja, J.M. / Bridgeman, J.S. / Gostick, E. / Lafont, B.A.P. / Anderson, S.K. / Price, D.A. / Brooks, A.G. / Rossjohn, J. / Mcvicar, D.W.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide
G: Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4067
ポリマ－77,7424
非ポリマー6643
水8,881493
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.058, 61.494, 66.356
Angle α, β, γ (deg.)94.66, 99.58, 109.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain / Bw-57 / MHC class I antigen B*57


分子量: 31627.004 Da / 分子数: 1
断片: HLA-B*57:01 extracellular domain, UNP residues 25-299
変異: I80T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLA-B*57:01, HLAB / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18465, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11635.002 Da / 分子数: 1 / 断片: Beta 2 Microglobulin, UNP residues 22-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, Beta 2 Microglobulin, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / CD158 antigen-like family member E / HLA-BW4-specific inhibitory NK cell receptor / MHC class I NK ...CD158 antigen-like family member E / HLA-BW4-specific inhibitory NK cell receptor / MHC class I NK cell receptor / Natural killer-associated transcript 3 / NKAT-3 / p70 natural killer cell receptor clones CL-2/CL-11 / p70 NK receptor CL-2/CL-11


分子量: 33513.816 Da / 分子数: 1
断片: KIR3DL1*001 extracellular domains, UNP residues 28-313
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD158E, KIR3DL1, KIR3DL1*001, NKAT3, NKB1 / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P43629

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タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 497分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Peptide


分子量: 966.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesised peptide / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01834*PLUS
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE ENTITY3 OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE ...THE SEQUENCE OF THE ENTITY3 OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 16% PEG3350, 2% tacsimate(pH 5.0), 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9546 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月12日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.472 Å / Num. obs: 49831 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 7177 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VH8

3vh8


解像度: 2→40 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 2528 5.08 %
Rwork0.1984 --
obs0.2005 49812 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.656 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9561 Å2-5.7528 Å2-7.0117 Å2
2---2.6459 Å26.863 Å2
3---3.602 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5325 0 42 493 5860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2937516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2892048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007983
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.03850.28931240.2569214780
2.0385-2.08010.29411550.2528262597
2.0801-2.12530.27361320.243261198
2.1253-2.17480.30761360.2278264197
2.1748-2.22920.26341430.2278262397
2.2292-2.28940.2811490.2231268598
2.2894-2.35680.30081510.2116262998
2.3568-2.43290.24161440.215262298
2.4329-2.51980.27221410.2151262198
2.5198-2.62070.26181270.223268498
2.6207-2.740.26831410.2226267398
2.74-2.88440.25231250.2154270599
2.8844-3.06510.26191340.2147265398
3.0651-3.30170.22641490.2032265699
3.3017-3.63380.22841360.1876268399
3.6338-4.15940.21591360.1655267599
4.1594-5.23920.19671430.15268199
5.2392-46.48450.21121620.1999267099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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