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- PDB-3wut: Structure basis of inactivating cell abscission -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wut
タイトルStructure basis of inactivating cell abscission
要素
  • Centrosomal protein of 55 kDa
  • Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
キーワードCELL CYCLE / Coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


intercellular bridge organization / negative regulation of cytokinesis / mitotic sister chromatid separation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / male meiotic nuclear division / midbody abscission / cranial skeletal system development / Flemming body / mitotic spindle assembly checkpoint signaling ...intercellular bridge organization / negative regulation of cytokinesis / mitotic sister chromatid separation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / male meiotic nuclear division / midbody abscission / cranial skeletal system development / Flemming body / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / intercellular bridge / cellular response to leukemia inhibitory factor / establishment of protein localization / centriole / kinetochore / midbody / protein kinase activity / cell division / centrosome / protein kinase binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14 / Centrosomal protein of 55kDa / TSG101 and ALIX binding domain of CEP55 / TSG101 and ALIX binding domain of CEP55 / Geminin coiled-coil domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats ...Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14 / Centrosomal protein of 55kDa / TSG101 and ALIX binding domain of CEP55 / TSG101 and ALIX binding domain of CEP55 / Geminin coiled-coil domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 55 kDa / Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Kim, H.J. / Matsuura, A. / Lee, H.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical insights into the role of testis-expressed gene 14 (TEX14) in forming the stable intercellular bridges of germ cells.
著者: Kim, H.J. / Yoon, J. / Matsuura, A. / Na, J.H. / Lee, W.K. / Kim, H. / Choi, J.W. / Park, J.E. / Park, S.J. / Kim, K.T. / Chang, R. / Lee, B.I. / Yu, Y.G. / Shin, Y.K. / Jeong, C. / Rhee, K. / Lee, H.H.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein of 55 kDa
B: Centrosomal protein of 55 kDa
C: Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
D: Centrosomal protein of 55 kDa
E: Centrosomal protein of 55 kDa
F: Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
G: Centrosomal protein of 55 kDa
H: Centrosomal protein of 55 kDa
I: Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
J: Centrosomal protein of 55 kDa
K: Centrosomal protein of 55 kDa
L: Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,94014
ポリマ－63,75612
非ポリマー1842
水3,387188
1
A: Centrosomal protein of 55 kDa
B: Centrosomal protein of 55 kDa
C: Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0314
ポリマ－15,9393
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
2
D: Centrosomal protein of 55 kDa
E: Centrosomal protein of 55 kDa
F: Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0314
ポリマ－15,9393
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
3
G: Centrosomal protein of 55 kDa
H: Centrosomal protein of 55 kDa
I: Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9393
ポリマ－15,9393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
4
J: Centrosomal protein of 55 kDa
K: Centrosomal protein of 55 kDa
L: Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9393
ポリマ－15,9393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.913, 102.622, 132.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Centrosomal protein of 55 kDa / Cep55 / Up-regulated in colon cancer 6


分子量: 7243.210 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 160-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP55 / プラスミド: pGST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53EZ4
#2: タンパク質・ペプチド
Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14 / Protein kinase-like protein SgK307 / Sugen kinase 307 / Testis-expressed sequence 14 / Testis- ...Protein kinase-like protein SgK307 / Sugen kinase 307 / Testis-expressed sequence 14 / Testis-expressed sequence 14 protein


分子量: 1452.650 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 792-804 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IWB6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1M ammonium phosphate dibasic, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月3日
放射モノクロメーター: Si 111 DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 34110 / Num. obs: 31519 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 43.14 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.301→28.884 Å / FOM work R set: 0.801 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 1589 5.04 %RANDOM
Rwork0.2202 ---
all0.2221 34110 --
obs0.2221 31519 94.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.37 Å2 / Biso mean: 61.47 Å2 / Biso min: 31.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→28.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3706 0 12 188 3906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8945074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6461461
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3011-2.37540.29691220.25272409253184
2.3754-2.46020.24721350.24532553268889
2.4602-2.55870.31041400.24932545268590
2.5587-2.6750.29241100.25012643275392
2.675-2.81590.31761560.26012632278893
2.8159-2.99220.33621430.25472766290996
2.9922-3.2230.25551470.24282781292897
3.223-3.54680.27351300.22852841297198
3.5468-4.05880.22051450.20342877302299
4.0588-5.1090.22751710.18692901307299
5.109-28.88610.25721900.21122982317298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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