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- PDB-3wuc: X-ray crystal structure of Xenopus laevis galectin-Va -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wuc
タイトルX-ray crystal structure of Xenopus laevis galectin-Va
要素Galectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta-Sandwich / Lectin / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


laminin binding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / MALONIC ACID / Galectin
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Nonaka, Y. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Nakamura, T.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of a Xenopus laevis skin proto-type galectin, close to but distinct from galectin-1.
著者: Nonaka, Y. / Ogawa, T. / Yoshida, H. / Shoji, H. / Nishi, N. / Kamitori, S. / Nakamura, T.
履歴
登録2014年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin
B: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4758
ポリマ－31,3742
非ポリマー1,1016
水4,774265
1
A: Galectin
B: Galectin
ヘテロ分子

A: Galectin
B: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,94916
ポリマ－62,7484
非ポリマー2,20212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.650, 48.870, 61.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Galectin


分子量: 15686.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: L-14, l14-A / プラスミド: pGEX4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q91786
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.4M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.88 Å / Num. all: 36200 / Num. obs: 36200 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3558 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZW

1gzw


解像度: 1.6→37.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.745 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21659 1811 5 %RANDOM
Rwork0.18196 ---
obs0.1837 34389 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0 Å2-0.34 Å2
2--1.66 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2190 0 74 265 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192348
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2671.9863190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.32635128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5735284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82224.386114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42615412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9551516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7111.7411100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6961.741099
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2942.6061375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2972.6071376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3012.111248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2952.1081246
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8943.0381808
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.35515.8332655
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.24715.0452520
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 132 -
Rwork0.361 2459 -
obs--96.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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