PDB-3wtb: Crystal structure of Gox0525

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wtb

タイトル

Crystal structure of Gox0525

要素

Putative oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

monocarboxylic acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / lipid metabolic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Gluconobacter oxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Yuan, Y.A. / Lin, J.P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Gox0525
著者: Yuan, Y.A. / Lin, J.P.

履歴

登録	2014年4月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wtb.cif.gz	686.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wtb.ent.gz	572.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wtb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3wtb_validation.pdf.gz	470.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wtb_full_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示
XML形式データ	3wtb_validation.xml.gz	74.3 KB	表示
CIF形式データ	3wtb_validation.cif.gz	103.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/3wtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/3wtb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3wtcC 3a28S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5thk-5 6xex-1 4weo-d 4rf5-1 1zk3-1 3u5t-3 5thk-6 4ure-1 4one-d 6ixm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative oxidoreductase

B: Putative oxidoreductase

C: Putative oxidoreductase

D: Putative oxidoreductase

E: Putative oxidoreductase

F: Putative oxidoreductase

G: Putative oxidoreductase

H: Putative oxidoreductase

203 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative oxidoreductase

C: Putative oxidoreductase

G: Putative oxidoreductase

H: Putative oxidoreductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Putative oxidoreductase

D: Putative oxidoreductase

E: Putative oxidoreductase

F: Putative oxidoreductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.061, 56.033, 263.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.20, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-372- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	ALA	ALA	A	A	0 - 243	3 - 246
2	1	HIS	HIS	ALA	ALA	B	B	0 - 243	3 - 246
1	2	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 242	4 - 245
2	2	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 242	4 - 245
1	3	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 242	4 - 245
2	3	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 242	4 - 245
1	4	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 242	4 - 245
2	4	MET	MET	VAL	VAL	E	E	1 - 242	4 - 245
1	5	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 242	4 - 245
2	5	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 242	4 - 245
1	6	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 242	4 - 245
2	6	MET	MET	VAL	VAL	G	G	1 - 242	4 - 245
1	7	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 242	4 - 245
2	7	MET	MET	VAL	VAL	H	H	1 - 242	4 - 245
1	8	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 242	4 - 245
2	8	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 242	4 - 245
1	9	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 242	4 - 245
2	9	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 242	4 - 245
1	10	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 242	4 - 245
2	10	MET	MET	VAL	VAL	E	E	1 - 242	4 - 245
1	11	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 242	4 - 245
2	11	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 242	4 - 245
1	12	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 242	4 - 245
2	12	MET	MET	VAL	VAL	G	G	1 - 242	4 - 245
1	13	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 242	4 - 245
2	13	MET	MET	VAL	VAL	H	H	1 - 242	4 - 245
1	14	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 243	4 - 246
2	14	MET	MET	ALA	ALA	D	D	1 - 243	4 - 246
1	15	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 243	4 - 246
2	15	MET	MET	ALA	ALA	E	E	1 - 243	4 - 246
1	16	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 243	4 - 246
2	16	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 243	4 - 246
1	17	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 243	4 - 246
2	17	MET	MET	ALA	ALA	G	G	1 - 243	4 - 246
1	18	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 243	4 - 246
2	18	MET	MET	ALA	ALA	H	H	1 - 243	4 - 246
1	19	MET	MET	ALA	ALA	D	D	1 - 243	4 - 246
2	19	MET	MET	ALA	ALA	E	E	1 - 243	4 - 246
1	20	MET	MET	ALA	ALA	D	D	1 - 243	4 - 246
2	20	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 243	4 - 246
1	21	MET	MET	ALA	ALA	D	D	1 - 243	4 - 246
2	21	MET	MET	ALA	ALA	G	G	1 - 243	4 - 246
1	22	MET	MET	ALA	ALA	D	D	1 - 243	4 - 246
2	22	MET	MET	ALA	ALA	H	H	1 - 243	4 - 246
1	23	MET	MET	ALA	ALA	E	E	1 - 243	4 - 246
2	23	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 243	4 - 246
1	24	MET	MET	ALA	ALA	E	E	1 - 243	4 - 246
2	24	MET	MET	ALA	ALA	G	G	1 - 243	4 - 246
1	25	MET	MET	ALA	ALA	E	E	1 - 243	4 - 246
2	25	MET	MET	ALA	ALA	H	H	1 - 243	4 - 246
1	26	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 243	4 - 246
2	26	MET	MET	ALA	ALA	G	G	1 - 243	4 - 246
1	27	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 243	4 - 246
2	27	MET	MET	ALA	ALA	H	H	1 - 243	4 - 246
1	28	MET	MET	ALA	ALA	G	G	1 - 243	4 - 246
2	28	MET	MET	ALA	ALA	H	H	1 - 243	4 - 246

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Putative oxidoreductase 分子量: 25375.920 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア) 株: 621H / 遺伝子: GOX0525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5FTJ3, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 82827 / Num. obs: 80342 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / % possible all: 77.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A28

3a28

解像度: 2.2→49.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 8.873 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18555	4232	5 %	RANDOM
R_work	0.1546	-	-	-
all	0.18	82827	-	-
obs	0.15616	80342	97.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.841 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0 Å²	-0.27 Å²
2-	-	0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14124	0	0	769	14893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	14326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	14152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.72	1.97	19446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.833	3	32428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.951	5	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.141	23.985	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.387	15	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.416	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	16498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	3050

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14031	0.09
1	2	B	14031	0.09
2	1	A	13801	0.09
2	2	C	13801	0.09
3	1	A	14014	0.08
3	2	D	14014	0.08
4	1	A	13753	0.09
4	2	E	13753	0.09
5	1	A	13902	0.1
5	2	F	13902	0.1
6	1	A	13792	0.1
6	2	G	13792	0.1
7	1	A	13784	0.1
7	2	H	13784	0.1
8	1	B	13799	0.09
8	2	C	13799	0.09
9	1	B	13835	0.09
9	2	D	13835	0.09
10	1	B	13714	0.1
10	2	E	13714	0.1
11	1	B	13910	0.09
11	2	F	13910	0.09
12	1	B	13764	0.1
12	2	G	13764	0.1
13	1	B	13936	0.09
13	2	H	13936	0.09
14	1	C	13844	0.09
14	2	D	13844	0.09
15	1	C	13642	0.1
15	2	E	13642	0.1
16	1	C	13835	0.1
16	2	F	13835	0.1
17	1	C	13770	0.1
17	2	G	13770	0.1
18	1	C	13849	0.1
18	2	H	13849	0.1
19	1	D	13814	0.09
19	2	E	13814	0.09
20	1	D	13841	0.1
20	2	F	13841	0.1
21	1	D	13871	0.1
21	2	G	13871	0.1
22	1	D	13903	0.09
22	2	H	13903	0.09
23	1	E	13789	0.1
23	2	F	13789	0.1
24	1	E	13955	0.09
24	2	G	13955	0.09
25	1	E	13662	0.1
25	2	H	13662	0.1
26	1	F	14052	0.09
26	2	G	14052	0.09
27	1	F	13658	0.11
27	2	H	13658	0.11
28	1	G	13751	0.11
28	2	H	13751	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	237	-
R_work	0.172	4763	-
obs	-	-	77.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2053	0.0099	-0.1265	0.1592	0.0637	0.4381	-0.0099	-0.0034	0.0258	0.0268	-0.0054	-0.0144	0.034	0.0176	0.0154	0.0085	0.002	0.0087	0.0026	0.0101	0.0554	40.558	36.9346	50.4739
2	0.2873	-0.0091	0.1424	0.3613	0.025	0.5096	-0.0116	-0.0183	-0.0091	-0.0692	0.0117	-0.0376	-0.0065	0.0429	-0.0001	0.0142	-0.0002	0.0114	0.0091	0.0089	0.0485	40.2746	55.5096	83.3844
3	0.2572	0.0722	0.0737	0.1819	-0.219	0.6213	0.0121	-0.0008	0.0016	0.0364	-0.0073	0.0087	-0.0225	-0.0633	-0.0047	0.0127	-0.0081	0.0148	0.0219	-0.0026	0.0462	14.4159	52.7773	47.3038
4	0.2454	-0.0477	-0.0262	0.121	-0.2544	0.6083	-0.0163	0.0255	0.0064	-0.0222	0.016	-0.0068	0.06	-0.0534	0.0003	0.0141	-0.0141	0.0071	0.0149	-0.0038	0.047	13.9472	39.6296	82.9021
5	0.4688	-0.1017	-0.3843	0.4135	-0.0989	0.3999	0.0205	-0.0514	0.0206	0.0558	-0.0002	0.0024	-0.046	0.0475	-0.0203	0.0246	-0.011	-0.005	0.012	-0.0096	0.0467	34.142	62.2396	113.0422
6	0.1978	0.1946	0.2128	0.3999	-0.1046	0.7277	0.0148	-0.0171	-0.0037	0.0233	-0.0106	-0.0027	0.0114	-0.0175	-0.0042	0.0075	0.0031	0.0108	0.0086	0.0089	0.0446	15.6002	37.7186	113.6539
7	0.1459	-0.1224	-0.1544	0.3831	-0.1082	0.3655	0.0168	0.023	0.0077	-0.029	-0.0112	-0.0039	-0.004	-0.0311	-0.0056	0.0046	0.0016	0.0061	0.0066	0.0079	0.0446	20.3827	54.782	17.0466
8	0.2861	0.0406	0.2707	0.5507	0.0636	0.464	0.0397	0.0649	0.0144	-0.0635	-0.0186	-0.0167	0.0616	0.0439	-0.0211	0.0298	0.0111	0.0224	0.0174	0.008	0.049	38.8582	30.3316	20.2792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 243
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 243
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 243
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 243
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 243
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 243

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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