PDB-3wt0: Crystal Structure Analysis of Cell Division Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wt0

タイトル

Crystal Structure Analysis of Cell Division Protein

要素

Cell division protein FtsA

キーワード

CELL CYCLE / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / cytoplasmic side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kato, K. / Ishido, T. / Matsui, T. / Yao, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Cell Division Protein
著者: Kato, K. / Ishido, T. / Matsui, T. / Yao, M.

履歴

登録	2014年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wt0.cif.gz	602.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wt0.ent.gz	494.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wt0_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wt0_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3wt0_validation.xml.gz	59.1 KB	表示
CIF形式データ	3wt0_validation.cif.gz	84.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/3wt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/3wt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e4fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wqu-1 1e4g-d 3wqt-3 3wqu-3 3wqu-4 4a2a-2 3wqu-2 3wqt-1 4a2b-d 4a2a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cell division protein FtsA

B: Cell division protein FtsA

C: Cell division protein FtsA

D: Cell division protein FtsA

ヘテロ分子

181 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell division protein FtsA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cell division protein FtsA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cell division protein FtsA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cell division protein FtsA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.032, 70.628, 120.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cell division protein FtsA 分子量: 44772.746 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal Domain, UNP RESIDUES 1-384 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MW2 / 遺伝子: ftsA, MW1068 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8NX33
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.1M MES, 0.6M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.96433 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96433 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45 Å / Num. all: 116528 / Num. obs: 115953 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 41.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique all: 18693 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E4F

1e4f

解像度: 2→44.537 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2365	5758	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2078	-	-	-
obs	0.2093	114741	99.89 %	-
all	-	116528	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11683	0	128	777	12588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	11983
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	16241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.584	4391
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1895
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2092

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3655	193	0.3124	3612	100
2.0227-2.0465	0.3206	183	0.2891	3577	100
2.0465-2.0715	0.3242	201	0.2923	3607	100
2.0715-2.0977	0.3086	170	0.2759	3593	100
2.0977-2.1253	0.3204	188	0.2826	3657	100
2.1253-2.1544	0.3269	194	0.2748	3580	100
2.1544-2.1852	0.3256	222	0.2633	3603	100
2.1852-2.2178	0.3055	184	0.2666	3623	100
2.2178-2.2525	0.3212	199	0.2645	3577	100
2.2525-2.2894	0.2859	190	0.2423	3631	100
2.2894-2.3289	0.2456	189	0.245	3619	100
2.3289-2.3712	0.2876	168	0.2438	3642	100
2.3712-2.4168	0.2681	189	0.2457	3628	100
2.4168-2.4661	0.2885	180	0.2438	3628	100
2.4661-2.5198	0.279	192	0.2484	3646	100
2.5198-2.5784	0.3121	183	0.2373	3594	100
2.5784-2.6428	0.2988	184	0.246	3625	100
2.6428-2.7143	0.2914	204	0.2408	3639	100
2.7143-2.7942	0.2572	186	0.2397	3638	100
2.7942-2.8843	0.2593	208	0.2368	3592	100
2.8843-2.9874	0.2637	172	0.2364	3657	100
2.9874-3.107	0.2874	176	0.234	3694	100
3.107-3.2483	0.2451	209	0.2174	3586	100
3.2483-3.4195	0.265	182	0.2146	3663	100
3.4195-3.6337	0.2233	187	0.1893	3646	100
3.6337-3.9141	0.1901	220	0.1816	3637	100
3.9141-4.3077	0.1789	205	0.1601	3653	100
4.3077-4.9303	0.1623	206	0.1533	3663	100
4.9303-6.209	0.1884	199	0.1723	3694	100
6.209-44.5477	0.205	195	0.168	3779	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.0978 Å / Origin y: -14.5466 Å / Origin z: 28.8878 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.175 Å²	-0.0003 Å²	0.0006 Å²	-	0.1555 Å²	-0.0002 Å²	-	-	0.1704 Å²
L	0.0762 °²	0.0154 °²	-0.0082 °²	-	-0.013 °²	-0.0173 °²	-	-	0.0272 °²
S	0.0126 Å °	-0.0173 Å °	-0.0288 Å °	-0.008 Å °	0.0031 Å °	-0.0049 Å °	-0.0131 Å °	-0.0119 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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