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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wsy | ||||||
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タイトル | SorLA Vps10p domain in complex with its own propeptide fragment | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / Beta-Propeller / Receptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of early endosome to recycling endosome transport / negative regulation of neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / perinucleolar compartment / positive regulation of endocytic recycling / Golgi cisterna / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / adaptive thermogenesis / protein retention in Golgi apparatus ...positive regulation of early endosome to recycling endosome transport / negative regulation of neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / perinucleolar compartment / positive regulation of endocytic recycling / Golgi cisterna / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / adaptive thermogenesis / protein retention in Golgi apparatus / low-density lipoprotein particle receptor activity / endosome to plasma membrane protein transport / negative regulation of triglyceride catabolic process / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of protein localization to early endosome / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / protein targeting to lysosome / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / multivesicular body membrane / neuropeptide binding / regulation of smooth muscle cell migration / transport vesicle membrane / insulin receptor recycling / nuclear envelope lumen / diet induced thermogenesis / negative regulation of amyloid-beta formation / protein maturation / negative regulation of BMP signaling pathway / neuropeptide signaling pathway / protein targeting / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / multivesicular body / receptor-mediated endocytosis / trans-Golgi network / recycling endosome / small GTPase binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of protein catabolic process / recycling endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / amyloid-beta binding / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / endosome / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kitago, Y. / Nakata, Z. / Nagae, M. / Nogi, T. / Takagi, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for amyloidogenic peptide recognition by sorLA. 著者: Kitago, Y. / Nagae, M. / Nakata, Z. / Yagi-Utsumi, M. / Takagi-Niidome, S. / Mihara, E. / Nogi, T. / Kato, K. / Takagi, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76568.766 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 86-753 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() Variant (発現宿主): lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q92673 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1698.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence exists at the upstream of Sortilin-related receptor 由来: (合成) ![]() | ||
#3: 糖 | ChemComp-NAG / 配列の詳細 | THIS RESIDUE BELONGS TO PROTEIN SEQUENCE, 29TH GLU OF Q92673. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Cacodylate, 1.2M Sodium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月26日 詳細: The double crystal monochromator and the K-B mirror system |
放射 | モノクロメーター: Double Si 111 crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50.02 Å / Num. all: 31939 / Num. obs: 31428 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 66.7 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / Num. unique all: 3182 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3WSX 解像度: 3.11→50.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 12.825 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.555 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.635 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.11→50.02 Å
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拘束条件 |
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