[日本語] English
万見
- PDB-3wsa: The Tuberculosis Drug SQ109 Inhibits Trypanosoma cruzi Cell Proli... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wsa
タイトルThe Tuberculosis Drug SQ109 Inhibits Trypanosoma cruzi Cell Proliferation and acts Synergistically with Posaconazole
要素Squalene synthase
キーワードTRANSFERASE / isoprenoids / drug discovery / human squalene synthase / SQ-109
機能・相同性
機能・相同性情報


squalene synthase / farnesyl diphosphate metabolic process / squalene synthase [NAD(P)H] activity / Cholesterol biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / PPARA activates gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum ...squalene synthase / farnesyl diphosphate metabolic process / squalene synthase [NAD(P)H] activity / Cholesterol biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / PPARA activates gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Squalene synthase-like / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, eukaryotic-type / Squalene and phytoene synthases signature 2. / Squalene/phytoene synthase, conserved site / Squalene and phytoene synthases signature 1. / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, head-to-head / Squalene/phytoene synthase / Squalene/phytoene synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Squalene synthase-like / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, eukaryotic-type / Squalene and phytoene synthases signature 2. / Squalene/phytoene synthase, conserved site / Squalene and phytoene synthases signature 1. / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, head-to-head / Squalene/phytoene synthase / Squalene/phytoene synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RWZ / Squalene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shang, N. / Li, Q. / Huang, C.H. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: SQ109, a new drug lead for Chagas disease.
著者: Veiga-Santos, P. / Li, K. / Lameira, L. / de Carvalho, T.M. / Huang, G. / Galizzi, M. / Shang, N. / Li, Q. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Hernandez-Rodriguez, V. / Benaim, G. / Guo, R.T. / ...著者: Veiga-Santos, P. / Li, K. / Lameira, L. / de Carvalho, T.M. / Huang, G. / Galizzi, M. / Shang, N. / Li, Q. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Hernandez-Rodriguez, V. / Benaim, G. / Guo, R.T. / Urbina, J.A. / Docampo, R. / de Souza, W. / Oldfield, E.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Squalene synthase
B: Squalene synthase
C: Squalene synthase
D: Squalene synthase
E: Squalene synthase
F: Squalene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,05610
ポリマ－247,7346
非ポリマー1,3224
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Squalene synthase
B: Squalene synthase
C: Squalene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,8596
ポリマ－123,8673
非ポリマー9923
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area38920 Å2
手法PISA
3
D: Squalene synthase
E: Squalene synthase
F: Squalene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,1984
ポリマ－123,8673
非ポリマー3311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area38740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.750, 154.006, 90.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Squalene synthase / SQS / SS / FPP:FPP farnesyltransferase / Farnesyl-diphosphate farnesyltransferase


分子量: 41288.988 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 31-370 / 変異: K248L, K315L, K318L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDFT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37268, squalene synthase
#2: 化合物
ChemComp-RWZ / N-[(2Z)-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-yl]-N'-[(1R,3S,5R,7R)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-2-yl]ethane-1,2-diamine


分子量: 330.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H38N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (FDFT_HUMAN, P37268) SHOWS CONFLICT AT THIS POSITION: D -> N

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.2M sodium citrate, pH 8.2, 28% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 48462 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 16426 / % possible all: 81.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EZF

1ezf


解像度: 2.9→25 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.261 2305 RANDOM
Rwork0.206 --
all-52014 -
obs-46281 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15964 0 96 219 16279
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree: 0.33 / Rfactor Rwork: 0.313

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る