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- PDB-3wrt: Wild type beta-lactamase DERIVED FROM CHROMOHALOBACTER SP.560 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wrt
タイトルWild type beta-lactamase DERIVED FROM CHROMOHALOBACTER SP.560
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / CEPHALOSPORINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chromohalobacter sp. 560 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Arai, S. / Yonezawa, Y. / Okazaki, N. / Matsumoto, F. / Shimizu, R. / Yamada, M. / Adachi, M. / Tamada, T. / Tokunaga, H. / Ishibashi, M. ...Arai, S. / Yonezawa, Y. / Okazaki, N. / Matsumoto, F. / Shimizu, R. / Yamada, M. / Adachi, M. / Tamada, T. / Tokunaga, H. / Ishibashi, M. / Tokunaga, M. / Kuroki, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of a highly acidic beta-lactamase from the moderate halophile Chromohalobacter sp. 560 and the discovery of a Cs(+)-selective binding site
著者: Arai, S. / Yonezawa, Y. / Okazaki, N. / Matsumoto, F. / Shibazaki, C. / Shimizu, R. / Yamada, M. / Adachi, M. / Tamada, T. / Kawamoto, M. / Tokunaga, H. / Ishibashi, M. / Blaber, M. / Tokunaga, M. / Kuroki, R.
履歴
登録2014年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7043
ポリマ－118,7043
非ポリマー00
水41423
1
A: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5681
ポリマ－39,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5681
ポリマ－39,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5681
ポリマ－39,5681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.171, 116.171, 68.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA8 - 3628 - 362
21GLYGLYBB8 - 3628 - 362
12GLYGLYAA8 - 3628 - 362
22GLYGLYCC8 - 3628 - 362
13ALAALABB8 - 3638 - 363
23ALAALACC8 - 3638 - 363

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 39568.043 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 22-388 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromohalobacter sp. 560 (バクテリア)
遺伝子: bla / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. COLI BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: Q76LX5, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 0.2M NACL, 0.2M MAGNESIUM FORMATE, 30% PEG3350, 50MM HEPES BUFFER, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 21572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.9→3.007 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 5.16 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZKJ

1zkj


解像度: 2.9→40.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 30.816 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1163 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 21572 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.06 Å2-0 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8093 0 0 23 8116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198260
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.027739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.97911264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.327317850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90951065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12624.738363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.184151300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4061552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0062.7974272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0062.7974271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2594.195333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2594.1915334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3073.0363988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3063.0363989
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.784.4675932
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.85726.535967
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.85726.535968
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A207140.12
12B207140.12
21A208540.11
22C208540.11
31B209100.11
32C209100.11
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 93 -
Rwork0.293 1598 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3405-0.56730.38970.9081-0.48420.61740.05410.10560.0787-0.0477-0.0694-0.1630.14430.00620.01530.10210.0483-0.01170.1010.02010.0433-42.770220.58881.0968
20.738-0.00040.0281.106-0.03980.3166-0.08270.12120.06220.0883-0.0126-0.08060.02-0.04470.09530.0359-0.0654-0.02120.15730.03330.0673-48.2572-15.939327.8984
31.2566-0.5660.0540.5405-0.07310.48140.00670.09880.4136-0.01780.0749-0.11480.1406-0.0567-0.08160.0557-0.0024-0.05270.07610.0440.2081-8.088718.6013-28.5029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 364
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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