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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wr4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the anaerobic DesB-gallate complex | ||||||
要素 | Gallate dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / type II extradiol dioxygenase / domain-swap dimer / extradiol dioxygenase / Fe2+ binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sphingobium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sugimoto, K. / Senda, M. / Kasai, D. / Fukuda, M. / Masai, E. / Senda, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Molecular Mechanism of Strict Substrate Specificity of an Extradiol Dioxygenase, DesB, Derived from Sphingobium sp. SYK-6 著者: Sugimoto, K. / Senda, M. / Kasai, D. / Fukuda, M. / Masai, E. / Senda, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wr4.cif.gz | 169.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wr4.ent.gz | 134.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wr4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/3wr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/3wr4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3wkuSC 3wpmC 3wr3C 3wr8C 3wr9C 3wraC 3wrbC 3wrcC 3vju 3vjv 3vjw 3vjx 3vjy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46953.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingobium (バクテリア) / 株: SYK-6 / 遺伝子: desB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: G2IKE5, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GDE / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.75 詳細: 25% PEG8000, 0.1M sodium acetate, 0.1M HEPES-NaOH, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.73912 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.73912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 66303 / Num. obs: 56954 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 40.14 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.52 Å / % possible all: 66.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WKU 解像度: 2.4→19.99 Å / FOM work R set: 0.6929 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.66 Å2 / Biso mean: 51.9 Å2 / Biso min: 21.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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