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- PDB-3wqy: Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus alanyl-tRNA synthetas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wqy
タイトルCrystal structure of Archaeoglobus fulgidus alanyl-tRNA synthetase in complex with wild-type tRNA(Ala) having G3.U70
要素
  • Alanine--tRNA ligase
  • RNA (75-MER)
キーワードLIGASE/RNA / aminoacyl-tRNA synthetases / protein-RNA complex / ligase / alanyladenylate analogue / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #40 / Alanine-tRNA ligase, archaea / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #130 / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #20 / Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal ...Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #40 / Alanine-tRNA ligase, archaea / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #130 / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #20 / Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Roll / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
'5'-O-(N-(L-ALANYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / RNA / RNA (> 10) / Alanine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Naganuma, M. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: The selective tRNA aminoacylation mechanism based on a single G.U pair
著者: Naganuma, M. / Sekine, S. / Chong, Y.E. / Guo, M. / Yang, X.L. / Gamper, H. / Hou, Y.M. / Schimmel, P. / Yokoyama, S.
履歴
登録2014年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine--tRNA ligase
B: Alanine--tRNA ligase
C: RNA (75-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,5298
ポリマ－229,6223
非ポリマー9085
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10830 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area91940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.742, 169.836, 175.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alanine--tRNA ligase / Alanyl-tRNA synthetase / AlaRS


分子量: 102679.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_2255, alaS / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta2 / 参照: UniProt: O28029, alanine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 RNA (75-MER)


分子量: 24262.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
#3: 化合物 ChemComp-A5A / '5'-O-(N-(L-ALANYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(アラニルスルファモイル)アデノシン


分子量: 417.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N7O7S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, citrate buffer, CdCl2, MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 45965 / Num. obs: 45365 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.141
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 4570 / Rsym value: 0.654 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→41.765 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2893 2329 5.14 %RANDOM
Rwork0.2503 ---
obs0.2523 45304 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 96.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→41.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14421 1609 59 7 16096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88622720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8796521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0152670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2989-3.36620.38991210.37752432255397
3.3662-3.43940.36281310.354725112642100
3.4394-3.51940.35931470.354424552602100
3.5194-3.60730.33311380.33252488262699
3.6073-3.70480.38221440.32032507265199
3.7048-3.81370.32871180.298125102628100
3.8137-3.93680.3311400.284525162656100
3.9368-4.07730.29331340.270324802614100
4.0773-4.24040.33231460.246624942640100
4.2404-4.43320.29771400.240625162656100
4.4332-4.66670.24051320.224325232655100
4.6667-4.95860.24641150.206525692684100
4.9586-5.34080.26761430.21925462689100
5.3408-5.87690.26371490.236425512700100
5.8769-6.72430.26681500.249525632713100
6.7243-8.46030.27261370.216726052742100
8.4603-41.76780.22981440.18212709285399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0176-0.03020.00040.02420.00190.003-0.0334-0.06480.0643-0.0096-0.1501-0.0529-0.0387-0.002400.62110.23070.07830.5219-0.21120.5586-76.237539.439332.4297
2-0.0274-0.0897-0.05370.026-0.1212-0.0083-0.09260.40710.6487-0.23730.0589-0.0240.0342-0.0991-0-0.73971.23570.87-1.146-1.052-0.4398-59.982824.549123.2599
30.0088-0.1579-0.057-0.1199-0.00950.0080.17020.0438-0.09020.2446-0.1750.17110.0001-0.1686-0-0.14660.28790.08620.1181-0.31740.1077-47.6994-4.621745.9912
40.11-0.10720.12380.00270.02470.0195-0.08290.11840.01460.1262-0.04790.03870.1080.13100.09910.04010.0109-0.1048-0.5062-0.3434-44.9641-22.798815.5284
5-0.00020.02750.0210.04170.0090.0235-0.122-0.019-0.02240.0063-0.0135-0.05390.09840.0055-00.19510.1833-0.0655-0.0081-0.15130.228221.5984-35.129266.41
60.082-0.08830.06070.0561-0.04790.0911-0.5278-0.02280.034-0.19030.3014-0.28520.5936-0.2858-00.20280.3325-0.0979-0.1154-0.05430.266513.0406-41.548856.7437
70.11330.01830.0066-0.00020.03030.0657-0.13420.12830.0846-0.0638-0.13350.04980.05320.257900.6418-0.0656-0.03670.31310.0420.559511.1754-15.716832.896
80.0137-0.04830.01160.03480.01240.0008-0.00540.02140.03340.0265-0.0177-0.0276-0.1055-0.135300.28-0.1269-0.4039-0.5731-0.38180.3995-6.5422-13.942744.5787
9-0.0981-0.04310.09190.0543-0.10640.07750.14340.39790.3142-0.1004-0.4553-0.06260.00820.0517-0-0.1371-0.4411-0.4971-0.5803-0.9612-0.6253-26.2576-40.8934-0.6675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:61)A2 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 62:466)A62 - 466
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 467:641)A467 - 641
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 642:906)A642 - 906
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 1:108)B1 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 109:424)B109 - 424
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 425:589)B425 - 589
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 590:701)B590 - 701
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 702:905)B702 - 905

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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