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- PDB-3wqb: Crystal structure of aeromonas sobria serine protease (ASP) and t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wqb
タイトルCrystal structure of aeromonas sobria serine protease (ASP) and the chaperone (ORF2) complex
要素
  • Extracellular serine protease
  • Open reading frame 2
キーワードHYDROLASE/CHAPERONE / ASP / serine protease / ORF2 / chaperone / Calcium Binding / extracellular space / HYDROLASE-CHAPERONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Lys-Lys/Arg-Xaa endopeptidase / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Open reading frame 2 N-terminal domain / Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. ...: / Open reading frame 2 N-terminal domain / Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Galactose-binding domain-like / Subtilase family / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aeromonas extracellular serine protease / ASP external chaperone
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas sobria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Kobayashi, H. / Yoshida, T. / Miyakawa, T. / Kato, R. / Tashiro, M. / Yamanaka, H. / Tanokura, M. / Tsuge, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Action of the External Chaperone for a Propeptide-deficient Serine Protease from Aeromonas sobria.
著者: Kobayashi, H. / Yoshida, T. / Miyakawa, T. / Tashiro, M. / Okamoto, K. / Yamanaka, H. / Tanokura, M. / Tsuge, H.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular serine protease
B: Open reading frame 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1115
ポリマ－79,9912
非ポリマー1203
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.062, 152.062, 51.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Extracellular serine protease


分子量: 64254.121 Da / 分子数: 1 / 変異: S336A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas sobria (バクテリア) / プラスミド: pSA19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q9L5A4
#2: タンパク質 Open reading frame 2 / ORF2


分子量: 15736.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas sobria (バクテリア) / プラスミド: pSA19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: W5JXD7*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF ORF2 (ENTITY 2) WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...THE SEQUENCE OF ORF2 (ENTITY 2) WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 % / Mosaicity: 0.475 ° / Mosaicity esd: 0.003 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7.5% PEG 3000, 0.05M HEPES, 0.05M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→50 Å / Num. obs: 130476 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 6.126 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.41-1.432.50.38164392.09797.9
1.43-1.462.50.32563632.36498.2
1.46-1.492.60.30263972.77797.7
1.49-1.522.60.27664513.09498.1
1.52-1.552.70.24264173.32298.8
1.55-1.592.80.21564833.199.2
1.59-1.636.40.23165603.48599.9
1.63-1.677.40.21165793.895100
1.67-1.727.60.1965484.157100
1.72-1.787.70.17265314.449100
1.78-1.847.90.15365914.956100
1.84-1.9180.13765565.821100
1.91-28.20.12165486.699100
2-2.118.30.1165857.212100
2.11-2.248.40.09966067.336100
2.24-2.418.40.09265547.556100
2.41-2.658.40.08566027.665100
2.65-3.048.40.07766458.354100
3.04-3.8380.06866319.03699.5
3.83-5070.06563908.61793.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å28.74 Å
Translation3 Å28.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HJR

3hjr


解像度: 1.41→28.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2087 / WRfactor Rwork: 0.1874 / FOM work R set: 0.8837 / SU B: 1.903 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0743 / SU Rfree: 0.0633 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 6544 5 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
obs0.1877 130244 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.91 Å2 / Biso mean: 16.733 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å2-0.29 Å20 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→28.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5208 0 3 392 5603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0215297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.9597203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0885693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.40224.873236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53715852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5711537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7911.53443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3325508
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10931854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1614.51695
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.86635297
LS精密化 シェル解像度: 1.408→1.445 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 466 -
Rwork0.214 8791 -
all-9257 -
obs--95.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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