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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wpy | ||||||
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タイトル | Microbacterium saccharophilum K-1 beta-fructofuranosidase mutant T47S/S200T/F447V/P500S | ||||||
![]() | Beta-fructofuranosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycoside hydrolase family 68 / Beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | ![]() levansucrase activity / carbohydrate utilization / hydrolase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yokoi, G. / Mori, M. / Sato, S. / Miyazaki, T. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enhancing thermostability and the structural characterization of Microbacterium saccharophilum K-1 beta-fructofuranosidase 著者: Ohta, Y. / Hatada, Y. / Hidaka, Y. / Shimane, Y. / Usui, K. / Ito, T. / Fujita, K. / Yokoi, G. / Mori, M. / Sato, S. / Miyazaki, T. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 330.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 266 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 90.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59363.207 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 37-578 / 変異: T47S/S200T/F447V/P500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100mM sodium acetate, 22.5% PEG 8000, 300mM Glycine, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 98429 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 93.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3WPU 解像度: 2→36.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.965 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.291 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→36.13 Å
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拘束条件 |
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