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万見
- PDB-3wp9: Crystal structure of antifreeze protein from an Antarctic sea ice... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wp9
タイトルCrystal structure of antifreeze protein from an Antarctic sea ice bacterium Colwellia sp.
要素Ice-binding protein
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / Right-handed Beta-helix
機能・相同性Ice-binding protein / Ice-binding-like / extracellular region / Ice-binding protein
機能・相同性情報
生物種Colwellia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hanada, Y. / Nishimiya, Y. / Miura, A. / Tsuda, S. / Kondo, H.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Hyperactive antifreeze protein from an Antarctic sea ice bacterium Colwellia sp. has a compound ice-binding site without repetitive sequences.
著者: Hanada, Y. / Nishimiya, Y. / Miura, A. / Tsuda, S. / Kondo, H.
履歴
登録2014年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ice-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5001
ポリマ－23,5001
非ポリマー00
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.250, 106.950, 44.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

21A-352-

HOH

31A-374-

HOH

41A-414-

HOH

51A-494-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ice-binding protein / antifreeze protein


分子量: 23500.225 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Colwellia (バクテリア) / 株: SLW05 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5XB26
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M sodium acetate, 30% polypolyethylene glycol 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.17 Å / Num. all: 28529 / Num. obs: 28529 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VN3

3vn3


解像度: 1.6→37.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.147 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 1442 5.1 %RANDOM
Rwork0.19819 ---
obs0.20045 27057 99.64 %-
all-27057 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.057 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1635 0 0 205 1840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1241.9612279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9765223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34126.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28515250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.517153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2412.071895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9373.1031117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7982.413768
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.95719.8022655
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 92 -
Rwork0.282 1977 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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