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- PDB-3wov: Crystal structure of the C-terminal globular domain of oligosacch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wov
タイトルCrystal structure of the C-terminal globular domain of oligosaccharyltransferase (PaAglB-L, Q9V250_PYRAB, PAB2202) from Pyrococcus abyssi
要素Oligosaccharyl transferase
キーワードTRANSFERASE / oligosaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / protein glycosylation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #390 / Immunoglobulin-like - #3020 / Immunoglobulin-like - #3030 / Oligosaccharyltransferase, peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase insert domain / : / Oligosaccharyltransferase Peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase Insert domain / Oligosaccharyl transferase, Peripheral 1 domain / Rossmann fold - #12610 ...Lipocalin - #390 / Immunoglobulin-like - #3020 / Immunoglobulin-like - #3030 / Oligosaccharyltransferase, peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase insert domain / : / Oligosaccharyltransferase Peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase Insert domain / Oligosaccharyl transferase, Peripheral 1 domain / Rossmann fold - #12610 / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Lipocalin / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Matsuoka, R. / Nyirenda, J. / Maita, N. / Kohda, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal globular domain of oligosaccharyltransferase (PaAglB-L, Q9V250_PYRAB, PAB2202) from Pyrococcus abyssi
著者: Matsuoka, R. / Nyirenda, J. / Maita, N. / Kohda, D.
履歴
登録2014年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligosaccharyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8482
ポリマ－57,8081
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.748, 70.748, 204.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Oligosaccharyl transferase / PaAglB-L / Oligosaccharyl transferase / STT3 subunit


分子量: 57807.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 476-976 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB2202, PYRAB02240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V250
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% Jeffamine ED 2001, pH 7.0, 0.1M HEPES, 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→204.75 Å / Num. obs: 11310 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 102.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→23.616 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.81 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 1124 10.02 %RANDOM
Rwork0.2284 10096 --
obs0.2322 11220 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 264.16 Å2 / Biso mean: 116.2318 Å2 / Biso min: 33.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→23.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3649 0 1 0 3650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.815068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7231366
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.11-3.25120.34521350.287312241359100
3.2512-3.42220.34141370.286512421379100
3.4222-3.63590.31041410.26312381379100
3.6359-3.91540.25421390.247612611400100
3.9154-4.30730.25171390.211712401379100
4.3073-4.92560.24591410.196212721413100
4.9256-6.18730.24391480.233912901438100
6.1873-23.61680.26831440.21921329147397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.38492.6258-0.74811.5618-1.04074.52990.1618-1.8439-0.01080.9985-0.43060.21930.0760.13750.0951.4565-0.11160.09511.18180.07850.8105-35.304817.7946-2.4735
28.40163.76670.89631.29680.44253.8666-0.2938-0.6421-0.82410.35160.1494-0.23320.70330.28510.16831.06290.1047-0.01460.63260.1290.747-22.22117.5187-12.7406
38.43213.2302-0.29834.5051.04198.00190.1653-0.54920.06460.3951-0.053-0.572-0.55381.16820.03970.9547-0.0991-0.07970.863-0.0140.9067-9.057430.0185-18.7527
45.0803-1.41841.86491.5846-0.34495.1133-0.09190.29850.17640.0043-0.09550.0388-0.0897-0.76930.17391.0037-0.0453-0.0030.7411-0.02980.7421-42.538828.5176-23.4068
54.1351-0.2202-2.01020.9105-0.77015.5396-0.5064-0.2574-0.73020.22660.0182-0.06680.4929-0.56510.2080.6819-0.1309-0.02010.74740.00640.7492-50.873716.4547-14.7518
64.4477-0.7062-1.62251.51650.65153.9847-0.6438-0.0291-1.6723-0.22530.00910.45520.9794-0.66130.28131.3185-0.29010.29340.6223-0.00661.2002-44.9724.942-15.434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 492:550)A492 - 550
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 551:617)A551 - 617
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 618:690)A618 - 690
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 691:804)A691 - 804
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 805:850)A805 - 850
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 851:970)A851 - 970

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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