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- PDB-3woh: Structure of Ketoreductase SiaM from Streptomyces sp. A7248 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3woh
タイトルStructure of Ketoreductase SiaM from Streptomyces sp. A7248
要素SiaM
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme / tetramer / ketoreductase / ACP / Reduction
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, H. / Zhang, H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural insight into the tetramerization of an iterative ketoreductase siam through aromatic residues in the interfaces
著者: Wang, H. / Zhang, H. / Zou, Y. / Mi, Y. / Lin, S. / Xie, Z. / Yan, Y. / Zhang, H.
履歴
登録2013年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2014年8月6日ID: 4HSY
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SiaM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0781
ポリマ－26,0781
非ポリマー00
水27015
1
A: SiaM

A: SiaM

A: SiaM

A: SiaM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,3114
ポリマ－104,3114
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area12460 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.425, 56.425, 122.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 SiaM


分子量: 26077.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 株: A7248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9M8L2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Tris, 12%(v/v) Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→51.274 Å / Num. all: 7354 / Num. obs: 7354 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 46.72 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UVD

2uvd


解像度: 2.5→51.274 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7203 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2707 341 4.64 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
obs0.22 7349 99.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.09 Å2 / Biso mean: 67.4637 Å2 / Biso min: 26.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1707 0 0 15 1722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1422324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.084628
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-3.14970.34741610.274134253586100
3.1497-51.28510.24831800.1993583376399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.6926 Å / Origin y: -16.2395 Å / Origin z: -15.4302 Å
111213212223313233
T0.3369 Å20.0541 Å2-0.0919 Å2-0.558 Å20.0525 Å2--0.4086 Å2
L2.6928 °2-0.59 °2-0.0066 °2-2.2445 °2-0.1389 °2--3.1004 °2
S-0.123 Å °0.7325 Å °0.431 Å °-0.2929 Å °-0.17 Å °0.2406 Å °-0.5254 Å °-0.5662 Å °0.2332 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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