PDB-3woe: Crystal structure of P23-45 gp39 (6-109) bound to Thermus thermop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3woe

タイトル

Crystal structure of P23-45 gp39 (6-109) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain

要素

DNA-directed RNA polymerase subunit beta
Putative uncharacterized protein

キーワード

TRANSFERASE/TRANSCRIPTION / Transcription / RNA polymerase / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

Thermus phage P23-45 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 2.351 Å

データ登録者

Tagami, S. / Sekine, S. / Minakhin, L. / Esyunina, D. / Akasaka, R. / Shirouzu, M. / Kulbachinskiy, A. / Severinov, K. / Yokoyama, S.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for promoter specificity switching of RNA polymerase by a phage factor.
著者: Tagami, S. / Sekine, S. / Minakhin, L. / Esyunina, D. / Akasaka, R. / Shirouzu, M. / Kulbachinskiy, A. / Severinov, K. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2013年12月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3woe.cif.gz	197.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3woe.ent.gz	160.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3woe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3woe_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3woe_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	3woe_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	3woe_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/3woe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/3woe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wodC 3wofC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wof-5 3jzb-d 3wof-8 3a8q-3 3wof-4 3wof-6 1s0x-d 1mvx-d 3a8q-4 5udz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (5) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

B: Putative uncharacterized protein

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: Putative uncharacterized protein

53.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

B: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.232, 99.232, 117.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 14481.525 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 703-830 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: rpoB, TTHA1813 / プラスミド: pGEX-6P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	Putative uncharacterized protein / gp39 分子量: 12160.743 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 4-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage P23-45 (ファージ) / 株: Thermus phage P23-45 / 遺伝子: gp39 (P23p39), P23p39 / プラスミド: pET-47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7XX65
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 293 K / pH: 8 詳細: 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 12% PEG 8000, 8% 2-propanol, 3% 1,6-hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.978
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月24日
放射	モノクロメーター: LIQUID NITROGEN COOLED DOUBLE CRYSTAL, SI (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 24886 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 6.5 / 冗長度: 17.7 % / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 19.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: molecular replacementSAD / 解像度: 2.351→49.616 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_ PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2253	2380	5.14 %
R_work	0.1813	-	-
obs	0.1836	24861	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.351→49.616 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3730	0	0	101	3831

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	5170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.398	1486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3508-2.3987	0.2639	112	0.2227	2540	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3987-2.4509	0.2626	132	0.2154	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4509-2.5079	0.2644	154	0.2063	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5079-2.5706	0.2808	145	0.2069	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5706-2.6401	0.3179	137	0.21	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6401-2.7178	0.302	153	0.2102	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7178-2.8055	0.2712	174	0.1986	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8055-2.9058	0.2775	138	0.171	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9058-3.0221	0.1927	132	0.1721	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0221-3.1596	0.2619	128	0.1801	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1596-3.3262	0.2298	141	0.1964	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3262-3.5345	0.2549	136	0.1848	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5345-3.8073	0.2101	167	0.1726	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8073-4.1903	0.2061	120	0.1637	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1903-4.7962	0.1549	149	0.145	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7962-6.041	0.2206	138	0.1734	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
6.041-49.627	0.1709	124	0.1925	2593	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.874	-1.0265	-0.5045	3.3676	0.4637	1.253	0.0636	-0.0287	-0.3331	-0.0293	-0.0438	0.1581	-0.0317	-0.1406	0.0102	0.1819	-0.0135	0.0013	0.1539	0.0182	0.1524	47.2311	19.7441	40.6525
2	3.6395	-1.497	-0.6635	3.2027	0.0579	1.6312	0.0505	0.0665	0.1909	-0.043	-0.0424	-0.0904	-0.0918	-0.0209	-0.0164	0.1968	-0.0174	-0.0292	0.1587	0.0198	0.1658	43.8119	42.1177	44.1661
3	3.6449	1.5313	-0.1241	3.0646	-0.9489	1.3944	-0.0412	-0.143	-0.2627	-0.0041	-0.012	-0.1945	-0.0504	0.1616	0.0664	0.1866	0.0321	0.02	0.1602	-0.0132	0.1518	50.7663	-29.5575	47.0212
4	2.8879	0.9751	-0.8084	3.4786	-0.6957	2.453	0.0501	-0.0523	0.25	-0.0709	-0.0322	-0.2562	-0.0805	0.0586	-0.0354	0.156	0.0332	0.0052	0.1524	-0.0014	0.1866	54.0624	-7.3857	41.9676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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