PDB-3wmx: GalE-like L-Threonine dehydrogenase from Cupriavidus necator (hol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wmx

タイトル

GalE-like L-Threonine dehydrogenase from Cupriavidus necator (holo form)

要素

NAD dependent epimerase/dehydratase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / extended short-chain dehydrogenase/reductase superfamily / Rossmann Fold / dehydrogenase / NAD+ binding

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの / L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine catabolic process / isomerase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia eutropha (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Nakano, S. / Okazaki, S. / Tokiwa, H. / Asano, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Binding of NAD+ and L-Threonine Induces Stepwise Structural and Flexibility Changes in Cupriavidus necator L-Threonine Dehydrogenase
著者: Nakano, S. / Okazaki, S. / Tokiwa, H. / Asano, Y.

履歴

登録	2013年11月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wmx.cif.gz	251.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wmx.ent.gz	202 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wmx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wmx_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wmx_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3wmx_validation.xml.gz	44.8 KB	表示
CIF形式データ	3wmx_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/3wmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/3wmx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wmwC 3a4vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oqk-d 5upk-d 4bl5-5 3k1g-12 2wg3-2 5sz9-d 4jpz-1 4bl5-3 6ii2-3 4mul-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD dependent epimerase/dehydratase

B: NAD dependent epimerase/dehydratase

C: NAD dependent epimerase/dehydratase

D: NAD dependent epimerase/dehydratase

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD dependent epimerase/dehydratase

C: NAD dependent epimerase/dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NAD dependent epimerase/dehydratase

D: NAD dependent epimerase/dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.598, 88.109, 113.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	6 - 312	26 - 332
2	1	LEU	LEU	B	B	6 - 312	26 - 332
1	2	LEU	LEU	A	A	6 - 312	26 - 332
2	2	LEU	LEU	C	C	6 - 312	26 - 332
1	3	LEU	LEU	A	A	6 - 312	26 - 332
2	3	LEU	LEU	D	D	6 - 312	26 - 332
1	4	LYS	LYS	B	B	6 - 313	26 - 333
2	4	LYS	LYS	C	C	6 - 313	26 - 333
1	5	LEU	LEU	B	B	6 - 312	26 - 332
2	5	LEU	LEU	D	D	6 - 312	26 - 332
1	6	LEU	LEU	C	C	6 - 312	26 - 332
2	6	LEU	LEU	D	D	6 - 312	26 - 332

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	NAD dependent epimerase/dehydratase 分子量: 38874.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: H16_B0820, h16_B0820 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0K312, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-THR / THREONINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20%(w/v) PEG3350, 0.2M potassium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40.9 Å / Num. obs: 60238 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A4V

3a4v

解像度: 2.5→40.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 7.716 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23901	2997	5 %	RANDOM
R_work	0.20409	-	-	-
obs	0.20582	57476	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9479	0	192	67	9738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	9924
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	9239
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.229	1.969	13560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	3	21231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.088	5	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.382	23.714	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.104	15	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.855	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18523	0.1
1	2	B	18523	0.1
2	1	A	18357	0.12
2	2	C	18357	0.12
3	1	A	17991	0.13
3	2	D	17991	0.13
4	1	B	18390	0.13
4	2	C	18390	0.13
5	1	B	17984	0.14
5	2	D	17984	0.14
6	1	C	17971	0.13
6	2	D	17971	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	227	-
R_work	0.295	4223	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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