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- PDB-3wmg: Crystal structure of an inward-facing eukaryotic ABC multidrug tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wmg
タイトルCrystal structure of an inward-facing eukaryotic ABC multidrug transporter G277V/A278V/A279V mutant in complex with an cyclic peptide inhibitor, aCAP
要素
  • ATP-binding cassette, sub-family B, member 1
  • anti-CmABCB1 peptide
キーワードTRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / Rec fold / Multi drug transporter / Macrocyclic peptide / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / chloroplast / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
anti-CmABCB1 peptide / Probable ATP-dependent transporter ycf16
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kodan, A. / Yamaguchi, T. / Nakatsu, T. / Sakiyama, K. / Hipolito, C.J. / Fujioka, A. / Hirokane, R. / Ikeguchi, K. / Watanabe, B. / Hirtake, J. ...Kodan, A. / Yamaguchi, T. / Nakatsu, T. / Sakiyama, K. / Hipolito, C.J. / Fujioka, A. / Hirokane, R. / Ikeguchi, K. / Watanabe, B. / Hirtake, J. / Kimura, Y. / Suga, H. / Ueda, K. / Kato, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for gating mechanisms of a eukaryotic P-glycoprotein homolog.
著者: Kodan, A. / Yamaguchi, T. / Nakatsu, T. / Sakiyama, K. / Hipolito, C.J. / Fujioka, A. / Hirokane, R. / Ikeguchi, K. / Watanabe, B. / Hiratake, J. / Kimura, Y. / Suga, H. / Ueda, K. / Kato, H.
履歴
登録2013年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding cassette, sub-family B, member 1
B: anti-CmABCB1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0668
ポリマ－69,5312
非ポリマー2,5356
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.490, 180.490, 153.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-914-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATP-binding cassette, sub-family B, member 1


分子量: 67420.078 Da / 分子数: 1 / 断片: TMD and NBD domain, UNP RESIDUES 93-696 / 変異: G277V, A278V, A279V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
遺伝子: CYME_CMD148C / プラスミド: pABC3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): AD1-8u / 参照: UniProt: M1VAN7
#2: タンパク質・ペプチド anti-CmABCB1 peptide


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 2111.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SELECTED by the RAPID system protocol / 参照: anti-CmABCB1 peptide
#3: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 15% (w/v) PEG 2000 MME, 100mM magnesium nitrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日
放射モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 37184 / Num. obs: 36663 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.499.90.575196.7
2.49-2.5910.80.426198.7
2.59-2.711.30.311199.5
2.7-2.8511.50.225199.6
2.85-3.0211.50.166199.7
3.02-3.2611.50.126199.8
3.26-3.5811.50.097199.9
3.58-4.111.40.078199.9
4.1-5.1711.40.069199.9
5.17-5010.90.049192.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→36.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 13.899 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.2786 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24607 1852 5 %RANDOM
Rwork0.21903 ---
obs0.22039 35220 98.5 %-
all-35651 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å2-0 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4540 0 99 101 4740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.081.9826428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6865606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71823.135185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.10815722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8551531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.397→2.459 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 116 -
Rwork0.305 2434 -
obs--95.54 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7196 Å / Origin y: 51.491 Å / Origin z: 34.8452 Å
111213212223313233
T0.0716 Å20.043 Å2-0.0006 Å2-0.0826 Å20.0212 Å2--0.0139 Å2
L0.167 °2-0.0579 °2-0.1056 °2-0.1201 °20.0759 °2--0.0825 °2
S-0.0531 Å °-0.0296 Å °0.0038 Å °-0.0061 Å °0.0373 Å °0.0312 Å °0.0253 Å °0.0233 Å °0.0158 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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