PDB-3wme: Crystal structure of an inward-facing eukaryotic ABC multidrug tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wme

タイトル

Crystal structure of an inward-facing eukaryotic ABC multidrug transporter

要素

ATP-binding cassette, sub-family B, member 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Rec fold / Multi drug transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type transporter activity / chloroplast / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyanidioschyzon merolae (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.751 Å

データ登録者

Kodan, A. / Yamaguchi, T. / Nakatsu, T. / Kato, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for gating mechanisms of a eukaryotic P-glycoprotein homolog.
著者: Kodan, A. / Yamaguchi, T. / Nakatsu, T. / Sakiyama, K. / Hipolito, C.J. / Fujioka, A. / Hirokane, R. / Ikeguchi, K. / Watanabe, B. / Hiratake, J. / Kimura, Y. / Suga, H. / Ueda, K. / Kato, H.

履歴

登録	2013年11月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wme.cif.gz	236.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wme.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wme_validation.pdf.gz	795.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wme_full_validation.pdf.gz	800.7 KB	表示
XML形式データ	3wme_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	3wme_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/3wme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/3wme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wmfC 3wmgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wmf-d 6a6n-d 4ayw-d 5caw-d 3wmg-d 1jck-d 2ffh-8 4u0n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ATP-binding cassette, sub-family B, member 1

ヘテロ分子

66.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: ATP-binding cassette, sub-family B, member 1

ヘテロ分子

A: ATP-binding cassette, sub-family B, member 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.312, 180.312, 152.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	ATP-binding cassette, sub-family B, member 1 分子量: 66133.680 Da / 分子数: 1 / 断片: TMD and NBD domain, UNP RESIDUES 93-696 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (真核生物) 株: 10D / 遺伝子: CMD148C, CYME_CMD148C / プラスミド: pPICZ-A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: M1VAN7
#2: 糖	ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₄₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.86 % / Mosaicity: 0.441 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 15% (w/v) PEG 2000 MME, 100mM magnesium nitrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9929, 1.0000, 1.0053, 1.0060, 1.0091

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月3日

放射

モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9929	1
2	1	1
3	1.0053	1
4	1.006	1
5	1.0091	1

Reflection

冗長度: 11.3 % / 数: 204173 / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 2.54 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18055 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
8.4	50	96.2	1	0.042	5.722	10.5
6.67	8.4	100	1	0.054	5.017	11.1
5.83	6.67	100	1	0.077	5.535	10.9
5.3	5.83	100	1	0.073	4.42	10.8
4.92	5.3	100	1	0.069	3.772	11.2
4.63	4.92	100	1	0.059	2.927	11.3
4.4	4.63	100	1	0.056	2.421	11.4
4.21	4.4	100	1	0.06	2.212	11.4
4.04	4.21	100	1	0.068	2.089	11.4
3.91	4.04	100	1	0.078	1.855	11.5
3.78	3.91	100	1	0.093	1.81	11.4
3.68	3.78	100	1	0.105	1.683	11.4
3.58	3.68	100	1	0.12	1.576	11.5
3.49	3.58	100	1	0.138	1.524	11.4
3.41	3.49	100	1	0.165	1.515	11.5
3.34	3.41	100	1	0.18	1.441	11.5
3.27	3.34	100	1	0.225	1.475	11.5
3.21	3.27	100	1	0.272	1.404	11.4
3.15	3.21	100	1	0.316	1.412	11.5
3.1	3.15	100	1	0.365	1.395	11.4

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 24769 / Num. obs: 24596 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 69.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.75-2.8	6.7	0.371	1220	1	100
2.8-2.85	8.1	0.295	1238	1	100
2.85-2.9	8.2	0.259	1221	1	100
2.9-2.96	8.2	0.208	1227	1	100
2.96-3.03	8.2	0.181	1226	1	100
3.03-3.1	8.2	0.168	1214	1	100
3.1-3.17	8.1	0.134	1238	1	100
3.17-3.26	8.2	0.113	1215	1	100
3.26-3.36	8.2	0.096	1225	1	100
3.36-3.46	8.2	0.084	1262	1	100
3.46-3.59	8.2	0.072	1202	1	100
3.59-3.73	8.2	0.064	1255	1	100
3.73-3.9	8.1	0.058	1219	1	100
3.9-4.11	8.2	0.053	1243	1	100
4.11-4.36	8.1	0.049	1238	1	100
4.36-4.7	8.1	0.049	1229	1	100
4.7-5.17	7.8	0.056	1258	1	100
5.17-5.92	7.2	0.053	1246	1	100
5.92-7.46	7.6	0.051	1262	1	100
7.46-50	7.3	0.038	1158	1	87.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3
4

Phasing MAD

D res high: 3.1 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.64 / 反射: 18071

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
4 wavelength	1	1	1.006	11.64	-15.22
4 wavelength	1	2	1.0091	8.21	-17.63
4 wavelength	1	3	0.9929	11.21	-9.39
4 wavelength	1	4	1.0053	10.82	-14.63

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Hg	60	0.79	0.876	0.393	0.34
2	Hg	60	0.807	0.652	0.26	0.28
3	Hg	60	0.479	0.606	0.525	0.138
4	Hg	60	0.507	0.626	0.534	0.125

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
11.32-1000	0.85	819
7.09-11.32	0.88	1485
5.53-7.09	0.82	1917
4.68-5.53	0.81	2244
4.13-4.68	0.76	2537
3.74-4.13	0.61	2798
3.44-3.74	0.47	3034
3.2-3.44	0.33	3237

Phasing dm

FOM : 0.77 / FOM acentric: 0.77 / FOM centric: 0.71 / 反射: 18025 / Reflection acentric: 16706 / Reflection centric: 1319

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.9-37.82	0.98	0.98	0.96	788	648	140
5.5-8.9	0.95	0.95	0.88	2420	2163	257
4.4-5.5	0.92	0.93	0.82	3029	2793	236
3.9-4.4	0.87	0.88	0.74	3035	2830	205
3.3-3.9	0.71	0.72	0.54	5409	5100	309
3.1-3.3	0.47	0.47	0.33	3344	3172	172

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.15	位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DENZO		データ削減
PHENIX	1.7.3_928	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.751→37.817 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7478 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2751	1249	5.08 %	RANDOM
R_work	0.2092	-	-	-
all	0.2125	24796	-	-
obs	0.2125	24575	99.11 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.684 Å² / k_sol: 0.317 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.99 Å² / B_iso mean: 88.3188 Å² / B_iso min: 30.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.1474 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-16.1474 Å²	-0 Å²
3-	-	-	32.2949 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.751→37.817 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4329	0	23	20	4372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4435
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	6031
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	777
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.122	1518

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7511-2.8612	0.3887	125	0.3122	2543	2668	98
2.8612-2.9914	0.3773	142	0.2615	2584	2726	100
2.9914-3.1491	0.3239	153	0.2404	2588	2741	100
3.1491-3.3462	0.3016	133	0.2296	2583	2716	100
3.3462-3.6044	0.2763	134	0.2097	2611	2745	100
3.6044-3.9668	0.2536	154	0.2055	2580	2734	100
3.9668-4.54	0.227	145	0.1792	2628	2773	100
4.54-5.7167	0.2343	133	0.1812	2642	2775	100
5.7167-37.8202	0.3073	130	0.2185	2567	2697	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0415	-0.3512	-0.2297	0.6037	-0.0003	0.3635	-0.2463	-0.1919	-0.3809	-0.1452	-0.0625	-0.2404	0.4149	0.2123	0.0763	0.3826	0.5943	0.3752	0.2564	0.2738	0.4924	31.1812	27.701	35.0691
2	0.3194	-1.0485	0.1967	3.5373	-0.624	0.1149	-0.3447	-0.4419	-0.403	0.7035	-0.052	-0.7972	0.1793	0.4903	0.1435	0.6783	0.1956	0.1858	0.623	0.3708	0.8671	46.4884	52.1477	28.6144
3	0.0126	0.0253	0.0269	0.0765	0.0563	0.1097	-0.1905	-0.3452	-0.3799	-0.2393	-0.0234	-0.2013	0.3481	0.3121	0.1101	0.6427	0.4027	0.1921	0.4614	0.2948	0.8125	49.9403	36.6226	30.0977
4	1.0702	-0.318	0.2433	4.3881	0.1144	2.1586	-0.0441	0.1622	0.4363	-0.1557	-0.1248	0.1335	-0.197	0.029	0.1455	0.2287	0.0166	-0.0262	0.2944	0.127	0.5852	-2.0204	71.0605	37.3361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 102:258)	A	102 - 258
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 259:317)	A	259 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 318:418)	A	318 - 418
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 419:689)	A	419 - 689

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)